ŠEJNOHA, R. Nástroj pro analýzu pohybu subjektů při měření funkční magnetickou rezonancí [online]. Brno: Vysoké učení technické v Brně. Fakulta elektrotechniky a komunikačních technologií. 2016.
Diplomová práce Radima Šejnohy se zabývá analýzou pohybových artefaktů v obrazových datech získaných funkční magnetickou rezonancí. Pohybové artefakty mohou značně limitovat kvalitu tohoto typu dat, proto je jejich monitorování a odstraňování důležité. Cílem diplomové práce v teoretické části bylo vytvořit literární rešerši v oblasti detekce a odstranění pohybových artefaktů z dat funkční magnetické rezonance a v praktické části vytvořit prohlížeč pohybových regresorů měřených subjektů v grafickém rozhraní prostředí MATLAB a tento prohlížeč doplnit o relevantní metriky pohybu subjektů při fMRI měření. Následně měl student otestovat nástroj na poskytnutých datech a porovnat míru pohybu u zdravých subjektů a pacientů s Parkinsonovou chorobou a navrhnout kritérium pro vyřazení subjektu ze studie z důvodu excesivního pohybu. Student splnil zadání práce v plném rozsahu a nad rámec zadání vybavil nástroj funkcionalitou pro vytváření pohybových regresorů, možností zobrazovat u studií s úkolem časový průběh stimulace subjektu a možností exportovat informaci o míře pohybu u jednotlivých skenů do textových souborů pro další využití v následné statistické analýze dat (například pomocí obecného lineárního modelu). Studentem realizovaný nástroj najde uplatnění při rutinní práci s daty na pracovišti neurověd na CEITEC MU. Kapitoly jsou přehledné a logicky provázané a napsané tak, aby textu porozuměl i čtenář, který není specialistou na zobrazování funkční magnetickou rezonancí. Student v práci cituje relevantní zdroje. Obzvlášť pozitivně hodnotím kapitolu o zobrazování magnetickou rezonancí, která je psána velmi názorně, kapitolu, shrnující existující softwarové nástroje k této problematice a také srovnání funkcionalit vytvořeného nástroje s existujícími nástroji. Vytvořené grafické rozhraní je funkční a uživateli umožňuje rychle a přehledně zobrazit souvislosti mezi čtyřrozměrnými daty z funkční magnetické rezonance a přítomností pohybových artefaktů. Nástroj je navíc srozumitelně a přehledně popsán v práci a také vlastní kód je přehledný a okomentovaný. Student přiměřeně využíval konzultací a práci řešil aktivně. Jedinou výtku mám k nerovnoměrnému rozložení úsilí ve vypracování práce, které by nemuselo být tak intenzivní před odevzdáním práce, kdyby bylo intenzivnější na začátku semestru. Na výsledek práce to však mělo malý vliv a diplomová práce obsahuje minimum chyb, které jsou převážně formálního charakteru (například některé obrázky by pro lepší čitelnost mohly být větší, či špatně vysvětlená zkratka). Považuji práci za velmi zdařilou a navrhuji hodnocení známkou A.
Potlačení pohybového šumu ve funkčních neurozobrazovacích studiích je z metodologického pohledu velmi aktuálním tématem. Diplomová práce Radima Šejnohy je v tomto směru přínosem, protože díky vytvořeným programům usnadňuje kontrolu míry pohybu v datech funkční magnetické rezonance u skupiny subjektů a dále také tento pohyb kvantifikuje pomocí několika metrik, které doposud nebyly integrovány v jedné aplikaci. Kvalita práce je na vysoké úrovni a zadání považuji za kompletně splněné. V kapitole zpracování reálných dat bych však uvítal, kdyby bylo ukázáno, jaký efekt pro analýzu dat mají autorovy dosažené výsledky - např. v podobě, kdy by na základě použitých metrik míry pohybu bylo rozhodnuto o vyřazení konkrétních jedinců, což by pravděpodobně vedlo ke vzrůstu hodnoty t statistiky v aktivovaných oblastech mozku (ve skupinové aktivační mapě). Vysokou kvalitu práce nakonec snižují jen drobné nepřesnosti odborného a formálního charakteru jako použití pojmu amplituda pro neharmonický signál, nejednotná forma rovnic, kdy je někdy těžké rozlišit, jestli daná proměnná je skalární či vektorová nebo občasné použití nevhodného názvosloví (např. zdravý pacient jako označení kontrolní skupiny k pacientům s Parkinsonovou nemocí). Navrhuji hodnocení A, 90 bodů.
eVSKP id 93562