PRAŽÁK, O. Grafická reprezentace genomických a proteomických sekvencí [online]. Brno: Vysoké učení technické v Brně. Fakulta elektrotechniky a komunikačních technologií. 2011.

Posudek vedoucího

Maděránková, Denisa

Formální zpracování práce je na přijatelné úrovni, je zde ale množství gramatických chyb a pár nevhodně formulovaných vět. V práci se vyskytují obrázky převzaté z anglické literatury, v nichž byly ponechány původní anglické popisky. V české práci by bylo vhodné popisky upravit do českého jazyka. Číslování rovnic je ve špatném formátu. Dále se v práci objevuje několik anglických odborných výrazů, aniž by je student vysvětlil (např. chemická vlastnost nukleotidů Weak a Strong). Dále student často používá pojem nuklid, správně se jedná o nukleotid. Student prakticky vyzkoušel několik metod numerické a grafické reprezentace DNA sekvencí na úsecích betaglobinu jedenácti živočišných druhů. V některých případech má však u výsledků napsáno např. PNN křivka lidské DNA, což je zavádějící, protože se jedná pouze o výše zmíněný úsek. Interpretace některých výsledků obsahuje chyby, např. data z tabulek 2 a 3. Teoretická část je dobře zpracovaná. Student musel během řešení nastudovat anglicky psanou odbornou literaturu. U většiny teoreticky popsaných metod je uveden i výsledek praktického odzkoušení metody, které student naprogramoval v Matlabu. Avšak konečnému samostatnému popisu praktických výsledků práce věnuje student pouhé čtyři strany. Je škoda, že student v práci neprezentuje aplikaci a funkce, které dle zadání vytvořil v Matlabu. Avšak přes zmíněné nedostatky student zadání práce splnil i přes to, že se jednalo o téma z části z oboru genomiky, se kterým se student ve svém dřívějším studiu nesetkal.

Posudek oponenta

Kolářová, Jana

Student se věnoval problematice reprezentace genomických a protetických sekvencí. Práce přehledně shrnuje několik různých metod, které jsou srozumitelně popsány a doplněny příkladem použití. Z tohoto pohledu je práce výborná. Toto hodnocení se však týká pouze teoretické části uvedené v kapitole 3 a 4. Teoretický rozbor v kapitole 2 podle mého názoru nesouvisí přímo s tématem (zejména str. 11 a 12). Praktická část není v textu diplomové práce vůbec uvedena. Lze pouze doufat, že všechny příklady uvedené v textu jsou výsledky studentovy práce. Pouze předposlední věta závěru naznačuje, že student naprogramoval metodu Jukes-Cantor. Podle obsahu přiloženého CD je ale patrné, že student naprogramoval všechny v práci uvedené algoritmy. Podle souboru DNA.fig je také patrné, že student všechny programy volá z programové aplikace vytvořené v grafickém rozhraní. Bohužel nepřiložil také soubor DNA.m, který je vlastní programovou aplikací. Nebylo tedy možné program vyzkoušet a ohodnotit praktickou část. V samotném textu práce není popsána aplikace DNA, její používání ani jiná naprogramovaná funkce. Práce neobsahuje ani seznam souboru na CD, který by alespoň naznačoval, že práce obsahuje i praktickou část. Z formálního hlediska práce obsahuje vhodně rozvrženou teoretickou část s příklady. Kromě několika gramatických chyb lze studentovi vytknout např.: Na straně 19 student srovnává metodu PNN s metodou Yao’s, i když metodu Yao’s v práci nepopisuje (zbytečná informace) nebo chybějící odkaz na tabulku 1 v textu. Praktická část není v práci uvedena (popis dílčích praktických výsledků (programů)) nebo není vůbec zdůrazněna (jsou příklady v teorii výsledkem programů?). Na základě výše uvedeného slovního hodnocení, hodnotím diplomovou práci stupněm E/50 bodů a doporučuji k obhajobě.

eVSKP id 34222