DAŇKOVÁ, M. Analýza mozkových drah pomocí pokročilých difuzních metod [online]. Brno: Vysoké učení technické v Brně. Fakulta elektrotechniky a komunikačních technologií. 2024.
Bakalářská práce se věnuje difuznímu MRI, zpracování difuzně váhovaných obrazů a analýze mozkových drah pomocí pokročilých metod. Hlavním úkolem studentčiny práce je prostudovat současné pokročilé metody zpracování a analýzy difuzně váhovaných obrazů. Probrat se množstvím softwarových nástrojů k tomu sloužících. Na jejich základě sestavit otestovat a popsat „pipeline“ pro zpracování dat vědeckých studí. K dispozici dostala dat pac. s roztroušenou sklerózou. V práci je popsán princip difuzního MRI. Jakožto i rozdíly ve způsobu náběru dat pro různé metody zpracování. Podrobně jsou popsány jednotlivé metody zpracování i jednotlivé softwarové nástroje, jejich výhody a nevýhody atd. Studentka v textu popisuje jednotlivé kroky jejího postupu. K práci jsou přiložené dobře dokumentované skripty pro linuxové prostředí BASH. Popisuje zpracovávaný dataset i podrobně rozebírá jak by měly vypadat výsledky analýzy, až budou provedeny na dostatečně velkém vzorku subjektů. Studentka nastudovala základní principy magnetické rezonance, difuzně váhováného zobrazování i matematickým metodám annalýzy dat. Z časových důvodů provedla celý postup zpracování dat od konverze, přes kompletní pokročilé předzpracování přes aplikaci difuzních modelů až po statistiku na omezeném datasetu. Přičemž půběžně dál pracuje na zpracování celého souboru subjektů. Studentka splnila zadání bezezbytku. Popisuje přehledně a logicky témata nezbytně nutná k pochopení problémů, které ve své práci řeší. Práce má jen dílčí nedostatky, několik překlepů a grafický nedokonalostí, na několika místech postrádám citace (ačkoliv je mi zřejmé odkud čerpá), Studentka se věnovala práci průběžně a věnovala jí značné množství času a úsilí, pravidelně konzultovala. Práce má nadstandardní rozsah i kvalitu textů, proto i přes výše zmíněné nedostatky navrhuji hodnocení známkou A 95bodů.
Předložená práce se zabývá difuzně váženými MRI daty a postupy pro jejich zpracování. Praktická část práce se věnuje vyhodnocení traktografické analýzy u menší skupiny pacientů s roztroušenou sklerózou a zdravých kontrol. Text práce zaujímá 40 stran včetně obrázků a tabulek, což odpovídá požadavkům na bakalářskou práci. V úvodu se práce věnuje literární rešerši podle zadání. Následuje popis traktografické analýzy. Zde mám výhradu ke splnění bodu 4. Součástí zadání je pokyn k vypracování náležité dokumentace k implementaci funkčního řešení analýzy difuzních dat. Náležitá dokumentace by podle mě měla pro přehlednost obsahovat nějaký druh schématu, například vývojový diagram, který ale v práci chybí. Závěr práce obsahuje hodnocení a diskuzi výsledků. Prezentační úroveň práce je dobrá, má ale určité nedostatky. Vytknul bych například chybějící obrázek 2.6 či některé části práce by mohly být umístěny logičtěji. Například popis onemocnění pacientské skupiny použité v práci (kapitola 5.1.1 Relaps-remitentní roztroušená skleróza) by se hodil spíše do teoretické části v úvodu práce, kde jsou další teoretické kapitoly, než do praktické kapitoly 5 „Implementace funkčního řešení pro zpracování dat z DWI metod“. Obrázek 6.1 s výsledky statistického srovnání by se více než do kapitoly Diskuze hodil do kapitoly „5.3 Statistické zhodnocení konektomu“. Kapitola „3.1.3 Preprocessing“ má jen jednu větu, zde bych doporučil ji rozšířit více do hloubky nebo vynechat. Formální úprava technické zprávy je zdařilá, po jazykové stránce se v práci vyskytují v menší míře překlepy a nepřesné formulace. Statistické zhodnocení práce by mohlo být rozhodnější. Poslední věta kapitoly Závěr „Není ovšem jisté, zda tyto výsledky odpovídají realitě a zda budou potvrzeny či vyvráceny po dokončení výpočtů na celém datasetu.“ by měla jednoznačně obsahovat sdělení, že vzhledem k nutnosti použít korekci pro mnohonásobné testování jsou výsledky, pozorované při velmi benevolentním prahu p=0.51 zcela náhodné a z tohoto pozorování určitě nelze nic konstatovat. V práci pozitivně hodnotím, že použitá literatura pochází převážně za zahraničních recenzovaných zdrojů, práce s literaturou by ale měla být důslednější; v kapitolách 2.1.1, 2.2.6, 3.1.2, 3.1.3, 3.1.4 a 3.3.1 citace úplně chybí. Dále tvrzení o nástroji MRtrix3 „Používá nejpokročilejší metody, implementuje a využívá užitečné nástroje z ostatních softwarů a má nejlepší podporu.“ by bylo vhodné podpořit citací či nějakým faktem. Je vidět, že prací stojí spoustu náročné práce. Studentka si osvojila náročné téma zpracování difuzně vážených dat a vyzkoušela větší množství nástrojů. Na druhou stranu by podle mého názoru práce měla být přehledněji prezentována a měla by důsledněji využívat citace. Proto práci hodnotím známkou B, 80 bodů.
eVSKP id 159686