HEŘMÁNKOVÁ, K. Predikce malých RNA u vybraných bakteriálních producentů bioplastů [online]. Brno: Vysoké učení technické v Brně. Fakulta elektrotechniky a komunikačních technologií. 2024.
Studentka Kristýna Heřmánková se ve své práci zaměřuje na doposud málo probádané téma predikce genů kódujících malé RNA v bakteriálních genomech s využitím sekvenačních dat získaných technikou RNA-Seq. Literární rešerše shrnuje všechna důležitá fakta na dané téma a je zpracována velmi zdařile. Je ale potřeba podotknout, že se opravdu jedná o rešerši, která shrnuje velmi specializované téma, které není ani v bioinformatické komunitě obecně známé. Práce tak nemusí být pro nezasvěceného čtenáře snadno pochopitelná. V rámci praktické části práce se pak autorka zaměřuje na predikci malých RNA v genomech divokého a mutantního kmene bakterie Rhodospirillum rubrum. Protože se jedná o analytickou práci, využívá k tomu dostupný predikční nástroj. Výsledky takové analýzy jsou ovšem závislé od nastavení vstupních parametrů, které ale doposud nebylo řádně zkoumáno. Studentka tedy celý proces doplnila o vlastní metodu predikce vstupních parametrů, která je závislá na charakteru vstupních dat. Díky tomu se jí podařilo predikovat mnoho potenciálních genů pro malé RNA, které dále analyzuje i v souvislosti s fenotypem obou kmenů. K práci přistupovala studentka svědomitě, průběžně ji konzultovala a předložila ke kontrole rozpracovanosti. Text je psaný anglicky a velmi čtivě bez zjevných prohřešků. Skvělá je i práce s literaturou, kdy je odkazováno 74 zdrojů, převážně odborných článků. Výtku tak mohu směřovat pouze ke kratšímu popisu některých částí, který práci činí hůře pochopitelnou pro nezasvěceného čtenáře. Na druhou stranu musím zdůraznit, že práce přináší hodnotné původní výsledky, které jsou součástí rukopisu procházejícího již druhým kolem recenzního řízení v časopise Computational and Structural Biotechnolohy Journal (IF 6) a je tedy pravděpodobné, že rukopis bude přijat k publikování. Práci tedy hodnotím jako výbornou a doporučuji ji k obhajobě.
Studentka Kristýna Heřmánková se ve své práci zaměřila na predikci malých RNA (sRNA) u bakterií s ohledem na vliv jejich exprese na produkci bioplastů. K práci vypracovala hodnotnou literární rešerši zabývající se klasifikací RNA, vysvětlením role sRNA v regulaci genové exprese a představením sekvenačních i nesekvenačních metod jejich detekce. Rešerše je přehledná, dostatečně odborná a podložená 74 referencemi, převážně z renomovaných vědeckých periodik. Pomocí vhodně zvoleného výpočetního nástroje predikovala sRNA u čtyř specifických fenotypů bakterie Rhodospirillum rubrum produkující polyhydroxyalkanoáty. Výsledky detekce zpracovala pomocí pokročilých metod diferenciální exprese a koexpresní analýzy. Protože analyzovala poměrně malý soubor měření, výsledky a na nich stanovené závěry nejsou zcela průkazné. Přesto, díky podrobné diskusi a vícestupňovému srovnání laboratorních dat, může navržený metodický postup být kvalitním základem navazujících analýz vlivu regulace genové exprese na změnu fenotypu. V odborné stránce vytýkám jen drobný výskyt nepřesností jako je nevysvětlený chybějící časový úsek v grafu, nejednotné řazení vzorků, nebo příliš stručný popis použitých parametrů. Po formální stránce je práce na výborné úrovni.
eVSKP id 159751