\chapter{Vývojový diagram programu}

\begin{figure}[!th]
  \begin{center}
    \includegraphics[scale=0.7]{obrazky/code2flow_c5e60}
  \end{center}
\begin{center}
\label{vyvojak}
  \end{center}
\end{figure}


\chapter{Výsledky testování programu}

\begin{table}[!h]
\catcode`\-=12
\centering
\caption{Výsledky predikce programu pro jednotlivé genomy.}
\label{kompletvysledky1}
\begin{tabular}{|c|c|c|c|c|c|}
\hline
\multirow{4}{*}{\begin{tabular}[c]{@{}c@{}}\textit{Escherichia coli} \\ str. K-12 substr.  \\MC410\end{tabular}} & tolerance                      & \begin{math}\pm 3\end{math}&\begin{math}\pm 30\end{math}&\begin{math}\pm 60\end{math}& \begin{math}\pm 90\end{math}  \\ \cline{2-6} 
                                                                                                     & počet správně nalezených genů    & 2042 & 2223 & 2352 & 2438 \\ \cline{2-6} 
                                                                                                     & počet správně nalezených začátků & 2300 & 2391 & 2465 & 2525 \\ \cline{2-6} 
                                                                                                     & počet správně nalezených konců   & 2325 & 2425 & 2494 & 2537 \\ \hline
\multirow{4}{*}{\begin{tabular}[c]{@{}c@{}}\textit{Escherichia coli}  \\ strain JEONG-1266\end{tabular}}       & tolerance                       & \begin{math}\pm 3\end{math}&\begin{math}\pm 30\end{math}&\begin{math}\pm 60\end{math}& \begin{math}\pm 90\end{math}  \\ \cline{2-6} 
                                                                                                     & počet správně nalezených genů    & 2471 & 2687 & 2839 & 2949 \\ \cline{2-6} 
                                                                                                     & počet správně nalezených začátků & 2814 & 2939 & 3030 & 3099 \\ \cline{2-6} 
                                                                                                     & počet správně nalezených konců   & 2843 & 2953 & 3037 & 3100 \\ \hline
\multirow{4}{*}{\begin{tabular}[c]{@{}c@{}}\textit{Escherichia coli}  \\ strain MRE600\end{tabular}}           & tolerance                        & \begin{math}\pm 3\end{math}&\begin{math}\pm 30\end{math}&\begin{math}\pm 60\end{math}& \begin{math}\pm 90\end{math}   \\ \cline{2-6} 
                                                                                                     & počet správně nalezených genů    & 2117 & 2318 & 2450 & 2554 \\ \cline{2-6} 
                                                                                                     & počet správně nalezených začátků & 2477 & 2596 & 2680 & 2745 \\ \cline{2-6} 
                                                                                                     & počet správně nalezených konců   & 2502 & 2605 & 2672 & 2740 \\ \hline
\multirow{4}{*}{\begin{tabular}[c]{@{}c@{}}\textit{Escherichia coli} \\ O111H-str.11128 DNA\end{tabular}}     & tolerance                        & \begin{math}\pm 3\end{math}&\begin{math}\pm 30\end{math}&\begin{math}\pm 60\end{math}& \begin{math}\pm 90\end{math} \\ \cline{2-6} 
                                                                                                     & počet správně nalezených genů    & 2468 & 2684 & 2838 & 2938 \\ \cline{2-6} 
                                                                                                     & počet správně nalezených začátků & 2813 & 2922 & 3005 & 3070 \\ \cline{2-6} 
                                                                                                     & počet správně nalezených konců   & 2789 & 2912 & 3004 & 3073 \\ \hline
\multirow{4}{*}{\begin{tabular}[c]{@{}c@{}}\textit{Finegoldia magna} \\ ATCC 29328 DNA\end{tabular}}          & tolerance                        & \begin{math}\pm 3\end{math}&\begin{math}\pm 30\end{math}&\begin{math}\pm 60\end{math}& \begin{math}\pm 90\end{math} \\ \cline{2-6} 
                                                                                                     & počet správně nalezených genů    & 446  & 473  & 484  & 492  \\ \cline{2-6} 
                                                                                                     & počet správně nalezených začátků & 484  & 498  & 500  & 504  \\ \cline{2-6} 
                                                                                                     & počet správně nalezených konců   & 469  & 483  & 494  & 498  \\ \hline
\end{tabular}
\end{table}

\clearpage
\begin{table}[!t]
\catcode`\-=12
\centering
\caption{Úspěšnost programu pro jednotlivé genomy.}
\label{kompletvysledky2}
\begin{tabular}{|c|c|c|c|c|c|}
\hline
\multirow{4}{*}{\begin{tabular}[c]{@{}c@{}}\textit{Escherichia coli}\\ str. K-12 substr. MC410\end{tabular}} & tolerance             & \begin{math}\pm 3\end{math}&\begin{math}\pm 30\end{math}&\begin{math}\pm 60\end{math}& \begin{math}\pm 90\end{math}    \\ \cline{2-6} 
                                                                                                    & senzitivita {[}\%{]} & 50,72 & 55,22 & 58,42 & 60,56 \\ \cline{2-6} 
                                                                                                    & specificita {[}\%{]} & 40,85 & 44,47 & 47,05 & 48,77 \\ \cline{2-6} 
                                                                                                    & přesnost {[}\%{]}    & 45,79 & 49,85 & 52,74 & 54,67 \\ \hline
\multirow{4}{*}{\begin{tabular}[c]{@{}c@{}}\textit{Escherichia coli}\\ strain JEONG-1266\end{tabular}}       & tolerance            & \begin{math}\pm 3\end{math}&\begin{math}\pm 30\end{math}&\begin{math}\pm 60\end{math}& \begin{math}\pm 90\end{math}   \\ \cline{2-6} 
                                                                                                    & senzitivita {[}\%{]} & 45,08 & 49,02 & 51,80 & 53,80 \\ \cline{2-6} 
                                                                                                    & specificita {[}\%{]} & 41,91 & 45,57 & 48,15 & 50,02 \\ \cline{2-6} 
                                                                                                    & přesnost {[}\%{]}    & 43,50 & 47,30 & 49,98 & 51,91 \\ \hline
\multirow{4}{*}{\begin{tabular}[c]{@{}c@{}}\textit{Escherichia coli}\\ strain MRE600\end{tabular}}           & tolerance            & \begin{math}\pm 3\end{math}&\begin{math}\pm 30\end{math}&\begin{math}\pm 60\end{math}& \begin{math}\pm 90\end{math} \\ \cline{2-6} 
                                                                                                    & senzitivita {[}\%{]} & 43,98 & 48,15 & 50,89 & 53,05 \\ \cline{2-6} 
                                                                                                    & specificita {[}\%{]} & 38,99 & 42,70 & 45,13 & 47,04 \\ \cline{2-6} 
                                                                                                    & přesnost {[}\%{]}    & 41,49 & 45,43 & 48,01 & 50,05 \\ \hline
\multirow{4}{*}{\begin{tabular}[c]{@{}c@{}}\textit{Escherichia coli}\\ O111H-str.11128 DNA\end{tabular}}     & tolerance            & \begin{math}\pm 3\end{math}&\begin{math}\pm 30\end{math}&\begin{math}\pm 60\end{math}& \begin{math}\pm 90\end{math}    \\ \cline{2-6} 
                                                                                                    & senzitivita {[}\%{]} & 46,88 & 50,99 & 53,91 & 55,81 \\ \cline{2-6} 
                                                                                                    & specificita {[}\%{]} & 41,93 & 45,60 & 48,22 & 49,92 \\ \cline{2-6} 
                                                                                                    & přesnost {[}\%{]}    & 44,41 & 48,30 & 51,07 & 52,87 \\ \hline
\multirow{4}{*}{\begin{tabular}[c]{@{}c@{}}\textit{Finegoldia magna}\\ ATCC 29328 DNA\end{tabular}}          & tolerance             & \begin{math}\pm 3\end{math}&\begin{math}\pm 30\end{math}&\begin{math}\pm 60\end{math}& \begin{math}\pm 90\end{math}    \\ \cline{2-6} 
                                                                                                    & senzitivita {[}\%{]} & 27,11 & 28,75 & 29,42 & 29,91 \\ \cline{2-6} 
                                                                                                    & specificita {[}\%{]} & 64,27 & 68,16 & 69,74 & 70,89 \\ \cline{2-6} 
                                                                                                    & přesnost {[}\%{]}    & 45,69 & 48,46 & 49,58 & 50,40 \\ \hline
\end{tabular}
\end{table}
\vspace*{\fill}

\chapter{Obsah přiloženého CD}


\begin{itemize}
\item \textbf{tex/} - složka se zdrojovým kódem práce pro systém\,\LaTeX
\item \textbf{matlab/} - zdrojový kód programu \verb#Gene_finder# a skript pro testování účinnosti
\item  \textbf{tests/} - složka s testovanými genomy ve FASTA formátu
\end{itemize}