% Soubory musí být v kódování, které je nastaveno v příkazu \usepackage[...]{inputenc}

\documentclass[%
%  draft,    				  % Testovací překlad
  12pt,       				% Velikost základního písma je 12 bodů
  a4paper,    				% Formát papíru je A4
%  oneside,      			% Jednostranný tisk (výchozí)
%% Z následujicich voleb lze použít maximálně jednu:
%	dvipdfm  						% výstup bude zpracován programem 'dvipdfm' do PDF
%	dvips	  						% výstup bude zpracován programem 'dvips' do PS
%	pdftex							% překlad bude proveden programem 'pdftex' do PDF (výchozí)
%% Z následujících voleb lze použít jen jednu:
%english,            % originální jazyk je angličtina
czech              % originální jazyk je čeština (výchozí)
%slovak,             % originální jazyk je slovenčina
]{report}				    	% Dokument třídy 'zpráva'

\usepackage[utf8]		%	Kódování zdrojových souborů je Windows-1250
	{inputenc}					% Balíček pro nastavení kódování zdrojových souborů

\usepackage{graphicx} % Balíček 'graphicx' pro vkládání obrázků
											% Nutné pro vložení log školy a fakulty

\usepackage[
	nohyperlinks				% Nebudou tvořeny hypertextové odkazy do seznamu zkratek
]{acronym}						% Balíček 'acronym' pro sazby zkratek a symbolů
											% Nutné pro použití prostředí 'seznamzkratek' balíčku 'thesis'

\usepackage[
	unicode,						% Záložky a informace budou v kódování unicode
	breaklinks=true,		% Hypertextové odkazy mohou obsahovat zalomení řádku
	hypertexnames=false % Názvy hypertextových odkazů budou tvořeny
											% nezávisle na názvech TeXu
]{hyperref}						% Balíček 'hyperref' pro sazbu hypertextových odkazů
											% Nutné pro použití příkazu 'nastavenipdf' balíčku 'thesis'

\usepackage{pdfpages} % Balíček umožňující vkládat stránky z PDF souborů
                      % Nutné při vkládání titulních listů a zadání přímo
                      % ve formátu PDF z informačního systému

\usepackage{enumitem} % Balíček pro nastavení mezerování v odrážkách
  \setlist{topsep=0pt,partopsep=0pt,noitemsep}

\usepackage{cmap} 		% Balíček cmap zajišťuje, že PDF vytvořené `pdflatexem' je
											% plně "prohledávatelné" a "kopírovatelné"

\usepackage{upgreek}	% Balíček pro sazbu stojatých řeckých písmem
											% např. stojaté pí: \uppi
											% např. stojaté mí: \upmu (použitelné třeba v mikrometrech)
											% pozor, grafická nekompatibilita s fonty typu Computer Modern!
\usepackage{multirow}


%% Nastavení českého jazyka při sazbě v češtině.
% Pro sazbu češtiny je možné použít mezinárodní balíček 'babel', jenž
% použití doporučujeme pro nové instalace (MikTeX2.8,TeXLive2009), nebo
% národní balíček 'czech', který doporučujeme ve starších instalacích.
% Balíček 'babel' bude správně fungovat pouze ve spojení s programy
% 'latex', 'pdflatex', zatímco balíček 'czech' bude fungovat ve spojení
% s programy 'cslatex', 'pdfcslatex'.
% Varianta A:
\usepackage    				
  {babel}             % Balíček pro sazbu různojazyčných dokumentů; kompilovat (pdf)latexem!
  										% převezme si z parametrů třídy správný jazyk
\usepackage{lmodern}	% vektorové fonty Latin Modern, nástupce půvoních Knuthových Computern Modern fontů
\usepackage{textcomp} % Dodatečné symboly
\usepackage[T1]{fontenc}  % Kódování fontu - mj. kvůli správným vzorům pro dělení slov
% Varianta B:
%\usepackage{czech}   % Alternativní balíček pro sazbu v českém jazyce, kompilovat (pdf)cslatexem!

\usepackage[%
%% Z následujících voleb lze použít pouze jednu
% left,               % Rovnice a popisky plovoucich objektů budou %zarovnány vlevo
  center,             % Rovnice a popisky plovoucich objektů budou zarovnány na střed (vychozi)
%% Z následujících voleb lze použít pouze jednu
%semestral						%	sazba zprávy semestrálního projektu
bachelor						%	sazba bakalářské práce
%diploma						 % sazba diplomové práce
%treatise            % sazba pojednání o dizertační práci
%phd                 % sazba dizertační práce
]{thesis}             % Balíček pro sazbu studentských prací
                      % Musí být vložen až jako poslední, aby
                      % ostatní balíčky nepřepisovaly jeho příkazy

%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%
%%%%%%      Definice informací o dokumentu             %%%%%%%%%%
%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%

%% Název práce:
%  První parametr je název v originálním jazyce,
%  druhý je překlad v angličtině nebo češtině (pokud je originální jazyk angličtina)
\nazev{Metody predikce genů v prokaryotických genomech}{Methods For Gene Prediction In Prokaryotic Genomes}

%% Jméno a příjmení autora ve tvaru
%  [tituly před jménem]{Markéta}{Nykrýnová}[tituly za jménem]
\autor{Markéta}{Nykrýnová}

%% Jméno a příjmení vedoucího včetně titulů
%  [tituly před jménem]{Denisa}{Maděránková}[tituly za jménem]
\vedouci[Ing.]{Denisa}{Maděránková}

%% Označení oboru studia
% První parametr je obor v originálním jazyce,
% druhý parametr je překlad v angličtině nebo češtině
\oborstudia{Biomedicínská technika a bioinformatika}{Biomedical Technology and Bioinformatics}

%% Označení ústavu
% První parametr je název ústavu v originálním jazyce,
% druhý parametr je překlad v angličtině nebo češtině
\ustav{Ústav biomedicínského inženýrství}{Department of Biomedical Engineering} 

%% Rok obhajoby
\rok{2016}

%% Místo obhajoby
% Na titulních stránkách bude automaticky vysázeno VELKÝMI písmeny
\misto{Brno}

%% Abstrakt
\abstrakt{Tato bakalářská práce se zabývá metodami predikce genů v prokaryotických organismech. V první části je popsána prokaryotická buňka včetně genomu, exprese genetické informace a rozdělení metod pro predikci genů. Dále je zde uveden popis tří vybraných softwarů, které predikci provádějí. V praktické části je rozebráno testování softwarů a vyhodnocení jejich účinnosti na daném genomu. Nakonec je zde popsán vytvořený program pro hledání genů a jsou zde uvedeny výsledky jeho účinnosti.
}{This bachelor thesis deals with methods of gene prediction in prokaryotic genomes. First part of the thesis introduces prokaryotic cell, its genome, expression of genetic information and methods for gene prediction. Following part describes three software products for gene prediction. Chosen software was tested against specific genome and next chapter presents obtained results. The last part describes program called Gene\_finder and its results.
}

%% Klíčová slova
\klicovaslova{predikce genů, prokaryota, gen}%
	{gene prediction, prokaryote, gene }

%% Poděkování
\podekovanitext{Ráda bych poděkovala vedoucí bakalářské práce paní Ing.\ Denise Maděránkové za odborné vedení, konzultace, trpělivost a podnětné návrhy k~práci.}

%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%

%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%
%%%%%%     Nastavení polí ve Vlastnostech dokumentu PDF      %%%%%%%%%%%
%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%
%% Při vloženém balíčku 'hyperref' lze použít příkaz '\nastavenipdf'
\nastavenipdf
%  Nastavení polí je možné provést také ručně příkazem:
%\hypersetup{
%  pdftitle={Název studentské práce},    	% Pole 'Document Title'
%  pdfauthor={Autor studenstké práce},   	% Pole 'Author'
%  pdfsubject={Typ práce}, 						  	% Pole 'Subject'
%  pdfkeywords={Klíčová slova}           	% Pole 'Keywords'
%}
%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%

%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%
%%%%%%%%%%%       Začátek dokumentu               %%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%
%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%
\begin{document}

%% Vložení desek generovaných informačním systémem
\includepdf[pages=1,offset=19mm 0mm]%
  {pdf/student-desky}% název souboru nesmí obsahovat mezery!
% nebo vytvoření desek z balíčku
%\vytvorobalku
\setcounter{page}{1} %resetovani citace stranek - desky se necisluji

%% Vložení titulního listu generovaného informačním systémem
\includepdf[pages=1,offset=19mm 0mm]%
  {pdf/student-titulka}% název souboru nesmí obsahovat mezery!
% nebo vytvoření titulní stránky z balíčku
%\vytvortitulku
   
%% Vložení zadání generovaného informačním systémem
\includepdf[pages=1,offset=19mm 0mm]%
  {pdf/student-zadani}% název souboru nesmí obsahovat mezery!
% nebo lze vytvořit prázdný list příkazem ze šablony
%\stranka{}%
%	{\sffamily\Huge\centering ZDE VLOŽIT LIST ZADÁNÍ}%
%	{\sffamily\centering Z~důvodu správného číslování stránek}

%% Vysázení stránky s abstraktem
\vytvorabstrakt

%% Vysázení prohlaseni o samostatnosti

% nebo lze vytvořit prázdný list příkazem ze šablony
%\stranka{}%
%	{\sffamily\Huge\centering ZDE VLOŽIT LIST ZADÁNÍ}%
%	{\sffamily\centering Z~důvodu správného číslování stránek}
\vytvorprohlaseni

%% Vysázení poděkování

% nebo lze vytvořit prázdný list příkazem ze šablony
%\stranka{}%
%	{\sffamily\Huge\centering ZDE VLOŽIT LIST ZADÁNÍ}%
%	{\sffamily\centering Z~důvodu správného číslování stránek}
\vytvorpodekovani

%% Vysázení obsahu
\obsah

%% Vysázení seznamu obrázků
\seznamobrazku

%% Vysázení seznamu tabulek
\seznamtabulek

%% Vložení souboru 'text/uvod.tex' s úvodem
\include{text/uvod}

%% Vložení souboru 'text/reseni' s popisem reseni práce
\include{text/reseni}

%% Vložení souboru 'text/vysledky' s popisem vysledků práce
\include{text/vysledky}

%% Vložení souboru 'text/zaver' se závěrem
\include{text/zaver}

%% Vložení souboru 'text/literatura' se seznamem literatury
\include{text/literatura}

%% Vložení souboru 'text/zkratky' se seznam použitých symbolů, veličin a zkratek
\include{text/zkratky}

%% Začátek příloh
\prilohy

%% Vložení souboru 'text/prilohy' s přílohami
\include{text/prilohy}

%% Konec dokumentu
\end{document}
