\chapter*{Úvod}
\phantomsection
\addcontentsline{toc}{chapter}{Úvod}

Tato bakalářská práce se zabývá metodami pro predikci genů. Pokud máme DNA sekvenci, chceme u ní určit oblasti, které jsou zodpovědné za vznik proteinů, tedy geny. K tomuto účelu slouží programy pro jejich vyhledávání.

Jelikož v dnešní době neustálé narůstá počet osekvenovaných genomů, je potřeba mít vhodné nástroje pro jejich zpracování. Z tohoto důvodu dochází k tvorbě nových programů a ke zlepšení programů již vytvořených, které jsou schopny v genomu najít jednotlivé kódující úseky a odlišit je od úseků nekódujících. Po správné identifikaci a následné anotaci můžeme určit, k čemu jednotlivý gen slouží, což nám pomáhá v~pochopení funkce celého organismu.

Predikce u prokaryotických organismů je o něco snazší než u organismů eukaryotických, jelikož prokaryota mají menší genomy, jednodušší genovou strukturu, neobsahují introny a navíc je u nich osekvenovaný velký počet genomů. 

Cílem teoretické části této práce je seznámit čtenáře s prokaryotickými organismy, jejich genomem a expresí genové informace a poté ho poučit o metodách predikce a vybraných softwarech, kterými jsou GeneMark.hmm, Glimmer a Prodigal. První dva zmíněné programy používají pro predikci metody založené na Markovových modelech a třetí uvedený algoritmus využívá dynamické programování.

V prvním oddíle praktické části je popsáno testování výše uvedených programů. Je zde uvedeno, jak se ovládají a jaké mají výstupy. Následně jsou programy vyhodnoceny z hlediska jejich přesnosti při hledání genů v genomu \textit{Escherichia coli}.

Ve druhém oddíle praktické části je představen vytvořený program Gene\_finder, který byl realizován v prostředí MATLAB R2015a. Jsou zde uvedeny jednotlivé funkce, z kterých se algoritmus skládá, a u každé je stručně vysvětlen její princip. Poté je program otestován na pěti vybraných genomech a vyhodnocen. Nakonec je provedeno srovnání s volně dostupnými softwary.