PETRULA, J. Možnosti systému FLIM v konfokální mikroskopii [online]. Brno: Vysoké učení technické v Brně. Fakulta elektrotechniky a komunikačních technologií. 2014.
Student dostal za úkol zabývat se možností využití pokročilé funkce časového posuvu otevření hybridního detektoru u konfokálního mikroskopu pro realizaci zjednodušené alternativy k metodě FLIM, která umožňuje měřit a hodnotit dobu života fluorescence na buněčných strukturách. Snímáním dat a prvotním zpracováním se zabýval již na počátku. Dokázal vygenerovat pseudobarevný obraz rostlinné struktury na základě algoritmu aplikujícím manuálně nastavenou hodnotu prahu na jednotlivé snímky s odlišným časem snímání a na jejich pixely. Výsledky jsou ve velké míře individuální a odpovídají aktuálně zvolenému prahu. Proto studentovi (mimo jiné také na soutěži EEICT 2014) bylo doporučeno vytvoření pokročilejšího algoritmu s výpočtem adaptivního prahu s ohledem na aktuální vlastnosti jednotlivých snímků a rozsahu intenzity jasu fluorescence v celé sadě snímků z experimentu. Student ale tímto směrem nepokročil. Vyhotovený program za účelem praktičtějšího zpracování nasnímané sady snímků tuto funkci sice zahrnuje, ale zřejmě pouze symbolicky. Student ji v popisu algoritmu nebo v návodu k programu neuvádí. V další fázi byl proveden experiment, kdy byla nasnímána stejná sada snímků u živočišné buňky, aby bylo možné provést porovnání se standardní metodou FLIM v konfokální mikroskopii. Přestože práci student od začátku započal velmi dobře, v dalších fázích projevoval již malou aktivitu. Mimoto ale kladně hodnotím jeho schopnost samostatně řešit problematiku. Práci lze vytknout již zmíněný příliš jednoduchý algoritmus, menší rozsah a popis výsledků. Také nedostatečné porovnání současných výsledků a metody kvazi FLIM se standardním systémem FLIM v poslední kapitole. Zde bych předpokládal uvedení grafického znázornění křivky poklesu doby života fluorescence s časovými úseky otevření detektorů pro obě metody a mnohem rozsáhlejší teoretické i praktické porovnání. Práce má i některé formální nedostatky, chybí mi například docela podstatné uvedení citace u obrázku 31 a konkrétnější popis některých předložených snímků. Zadání lze považovat za splněné na základní úrovni. Vzhledem k uvedeným výtkám hodnotím práci stupněm D a 69 body.
Student se ve své bakalářské práci zabývá tématem měření doby fluorescence buněk. V první části práce se věnuje popisu obecných principů fluorescence a použití fluorescenčních barviv. Dále je popsán princip funkce fluorescenčního a konfokálního mikroskopu. Text je dobře strukturován a je z něj patrné, že si student danou problematiku nastudoval a dokázal se v ní zorientovat. V dalších částech práce se již student věnuje konkrétně metodě FLIM, tedy metodě pro měření doby života fluorescence, což je hlavní téma této práce. Student v rámci provádění experimentů nasnímal sérii snímků při různém nastavení časového okna zaznamenávání vzorkem emitovaného záření. Dalším krokem bylo navrhnout metodu pro vizualizaci doby života fluorescence. K tomuto účelu student vymyslel jednoduchou metodu pseudobarvení nasnímaných obrázků. Z popisu navrženého algoritmu ale není zřejmé, jakým způsobem bylo řešeno automatické stanovení prahu při pseudobarvení. Z toho vyplývá i moje otázka k obhajobě. Dále v práci postrádám alespoň základní rešerši známých metod pseudobarvení. Je možné, že použití nějakého sofistikovanějšího přístupu by přineslo lepší výsledky. Použitá metoda je totiž poněkud triviální. Oceňuji ale, že student vytvořil grafické uživatelské rozhraní, které se zdá být uživatelsky přívětivé a intuitivně použitelné. V závěru práce jsou dosažené výsledky zpracování naměřených snímků vyhodnoceny a je provedeno srovnání s klasickou metodou FLIM. Z mého pohledu však mohlo být diskusi dosažených výsledků věnováno podstatně více prostoru. I srovnání se standardní metodou by mohlo být provedeno více detailně a mohly být diskutovány kladné a záporné stránky navrženého přístupu. V závěru práce mohlo být navíc diskutováno případné další rozšíření a využití této metody. Po formální stránce je práce na relativně dobré úrovni. Text práce je logicky členěný a srozumitelně napsaný. Při čtení jsem narazil jen na minimum překlepů. Výtku mám však ke kvalitě obrázků. Některé obrázky mají dost nízké rozlišení. V tištěné verzi jsou některé obrázky nasnímaných buněk natolik tmavé, že v nich není nic vidět. Obrázky navíc nejsou v textu odkazovány. Jejich umístění je tak v některých místech matoucí. I přes uvedené výtky student vytvořil požadované technické dílo a tím splnil obecně kladené požadavky na bakalářskou práci. Navrhuji hodnocení C/70.
eVSKP id 72857