TRNĚNÝ, O. Metody vícenásobného zarovnávání nukleotidových sekvencí [online]. Brno: Vysoké učení technické v Brně. Fakulta elektrotechniky a komunikačních technologií. 2013.
Předložená diplomová práce je po formální stránce na nižší úrovni. Student zadání práce sice splnil, ale vypracování je málo kvalitní. Celkově je práce napsána zmatečně bez jasného logického sledu a jasného odlišení teoretické a praktické části. Text práce obsahuje množství zavádějících tvrzení, např. že databáze GenBank je moderovaná. Kapitola věnovaná skórovacím maticím (spíše se používá termín substituční matice) je příliš stručná, i když tyto matice jsou nedílnou součástí vícenásobného zarovnávání a volba substitučních matic zásadně ovlivňuje výsledky zarovnávání. V několika kapitolách se student odkazuje na metodu sumy párů, která však není v práci popsaná. Některá tvrzení student zbytečně několikrát opakuje napříč prací. Vývojový diagram na obr. 6 je spíše blokovým diagramem, ostatní vývojové diagramy neodpovídají plně konvenci jejich tvorby. Pseudokódy pro progresivní zarovnání jsou vloženy bez příslušného slovního popisu, který je uveden až o nějakou stranu dále a význam jednotlivých proměnných není uveden vůbec. Sekvence pro testování nejsou vybrány vhodně. Pro porovnání výsledků zarovnávacích algoritmů nebyly zvoleny stejné skórovací parametry, i když minimálně u 3 z 5 to bylo možné. Prezentace výsledků je v nevhodné formě a zhodnocení výsledků je sotva dostatečné, což odpovídá nízké aktivitě studenta během semestru.
Student Ondřej Trněný se ve své práci zabýval technikami mnohonásobného zarovnání biologických sekvencí. Vypracoval rozsáhlou literární rešerši o této problematice, kde se možná zbytečně příliš věnoval separátně technikám zarovnání dvou, tří a více sekvencí. Následně provedl srovnání online dostupných technik mnohonásobného zarovnání sekvencí a pro svou realizaci si vybral algoritmus progresivního zarovnání sekvencí. Jako prakticky nezbytnou součást programové realizace tohoto algoritmu prezentuje objektové programování, kterému věnuje nadbytečnou část popisu algoritmu a tak se čtenář více dozví o plnění konstruktorů a tvoření typů tříd, než o samotném algoritmu, jehož funkce je tak nepochopitelná. Zarážející pak je, že při srovnání stejných sekvencí je jeho algoritmus asi 10x pomalejší než matlabovská implementace téhož principu progresivního zarovnání. Celkově je vyhodnocení a srovnání realizovaného algoritmu s online programy naprosto nedostatečné. Jako první srovnávací kritérium si zvolil rychlost zpracování, kdy sám tvrdí, že je neporovnatelná kvůli rozdílnému výkonu výpočetního rozhraní. Druhé kritérium je výsledné skóre zarovnaných sekvencí, což je opět neporovnatelné, protože jak sám uvádí, použil „defaultní“ nastavení všech programů, které využívají jiné skórovací matice. Navíc výsledek zarovnání je ve všech případech rozdílný. Po formální stránce je práce na průměrné úrovni, vytknout lze zejména nejednotné formátování textu a nadbytečná obrazová dokumentace (str. 47-58), která by měla patřit do příloh.
eVSKP id 65513