PAVEL, T. Srovnání genomů analýzou pozice genů [online]. Brno: Vysoké učení technické v Brně. Fakulta elektrotechniky a komunikačních technologií. 2014.
Tato bakalářská práce je po formální stránce na dobré úrovni. Oceňuji schopnost studenta samostatně nastudovat novou problematiku z odborné cizojazyčné literatury, při realizaci student pracoval také převážně samostatně. Text práce je přehledný s logickou návazností jednotlivých kapitol. Praktická realizace práce, především metoda třídění permutačních vektorů, je srozumitelně demonstrována na příkladech. Realizovaná funkce pro vyhledávání shodných úseků mezi dvěma sekvencemi s akceptací bodových mutací a navazující funkce pro setřídění nalezených úseků byly otestovány na vhodně vytvořených umělých sekvencích a také na částečně reálných sekvencích. Velmi kladně hodnotím algoritmus pro třídění permutací s akceptací transpozic. Zadání bakalářské práce bylo splněno ve všech bodech.
Student Tomáš Pavel se ve své práci zabýval srovnáním DNA sekvencí organismů na základě rozdílné pozice genů. K tomuto účelu navrhl vlastní algoritmus lokalizující jednotlivé syntenní bloky z obrazové reprezentace shody dvou sekvencí formou tzv. „dotplotu“, a dále vyhodnocení počtu evolučních kroků vedoucí k jejich přeuspořádání v rámci genomu. Algoritmus implementoval do programu s grafickým uživatelským rozhraním a testoval na dvou sadách dat: zcela uměle vytvořených testovacích vektorech a reálných sekvencích, uměle znehodnocených strukturními mutacemi typu inverze a translokace. Studentovi se nepodařilo algoritmus optimalizovat natolik, aby mohl být využit na detekci a vyhodnocení skutečných chromosomových či genomových aberací. Tento nedostatek pravděpodobně spočívá v neefektivním přístupu zpracování dotplotů. Vzhledem k tomu, že zde není potřeba znát přesnou shodu ani délku jednotlivých syntenních bloků, ale jen jejich vzájemnou pozici, bylo by vhodné vykreslit dotplot v průměrovacím okně a nevyznačovat jednobodové shody, ale shody nukleotidových slov o určité délce. Po formální i odborné stránce je práce na velmi dobré úrovni, vytýkám jen příliš podrobný textový popis jednotlivých kroků algoritmu, který je vzhledem k přítomnosti vývojového diagramu a konkrétních příkladů a ukázek zbytečně duplicitní. 14 použitých literárních zdrojů je na bakalářskou práci pouze průměrný, u takto aktuální problematiky by bylo vhodné zde uvést více současných časopiseckých článků s popisem metod, se kterými by bylo možné výsledky navrženého algoritmu srovnat.
eVSKP id 72855