MOKRÝ, M. In silico návrh a validace peptidových derivátů konotoxinu pro nanoterapii neuroblastomu [online]. Brno: Vysoké učení technické v Brně. Fakulta elektrotechniky a komunikačních technologií. 2021.
Předložená diplomová práce se zabývá in silico návrhem a následnou in vitro validací cílících peptidů derivovaných z konotoxinu - MrIA, který vykazuje vysokou afinitu k lidskému norepinefrinovému transportéru, což je protein často vysoce exprimovaný v buňkách neuroblastomu. Svým tématem je práce vysoce ambiciózní a interdisciplinární, což kladlo na studenta velké, nejen časové, nároky. Michal Mokrý pracoval na svojí diplomové práci velmi iniciativně a práci zahájil ihned po dokončení své práce bakalářské, což umožnilo získat velké množství zajímavých výsledků. Práce tak splnila všechny body zadání a rád bych také zdůraznil to, že je předložená v anglickém jazyce na poměrně vysoké jazykové úrovni. Práce čerpá z 64 zahraničních literárních zdrojů a velmi přehledně sumarizuje nejen problematiku neuroblastomu jako takovou, ale také možnosti jeho cílení a samozřejmě možnosti využití výpočetních metod pro návrh selektivních ligandů. Vysokou úroveň dosažených výsledků dokládá i to, že jsou součástí dat, které jsou aktuálně zpracovávány a budou brzy využity pro přípravu impaktovaného publikačního výstupu, na kterém bude Michal Mokrý figurovat v autorském kolektivu. Samotná diplomová práce je sepsána se stejnou pečlivostí, kterou Michal Mokrý prokazoval i v experimentální práci. Ani po formální stránce k práci nemám žádné výtky, a tak je mi potěšením doporučit práci k obhajobě.
Práce Bc. Michala Mokrého se zabývá designem peptidů založených na konotoxinu X-MrIA pomocí molekulárních simulací, jejich syntézou a testováním jejich fyzikálně-chemických a biologických charakteristik. Syntetizované látky jsou využitelné jako coating apoferitinových nanočástic obsahujících protinádorová léčiva. Taktéž tyto biologické vlastnosti byly testovány. Z navrhovaných pěti peptidů na základě molekulární dynamiky a molekulárního dockingu vybrán peptid YKL-6, který byl využit k syntéze a testování. To bylo provedeno metodou cirkulárního dichroismu analýzou zeta-potenciálů. V následné in vitro analýze je testována cytotoxicita a mechanismus vstupu. Ač je detekován obsah elipticinu v buňkách, kolokalizační studie nepoukazuje na to, že by se takto dělo endocytózou. I když v práci není mechanismus vstupu léčiva z nanotransportérů do buněk a mechanismus jeho účinku zcela vysvětlen a práce přináší částečně protichůdné výsledky in silico a in vitro analýz, je práce, za předpokladu vyjasnění těchto nejasností, dobrým výchozím bodem pro přípravu zajímavé vědecké publikace. Práce komplexně ilustruje současnou potřebu vědy o interdisciplinární spolupráci mezi biologickými a bioinformatickými obory – student participoval na široké škále experimentálních technik a nezůstal tak pouze u in silico modelování. Student touto prací nejen splňuje podmínky zadání, ale dokládá schopnost participovat na metodicky heterogenní vědecké studii. Prezentace výsledků je adekvátní, taktéž práce s literaturou a formální úprava je na vhodné úrovni. Hodnotím 98 bodů.
eVSKP id 134423