URBÁNKOVÁ, K. Vyhledávání CpG ostrůvků v genomu eukaryotických organismů [online]. Brno: Vysoké učení technické v Brně. Fakulta elektrotechniky a komunikačních technologií. 2012.
Studentka se měla zabývat vyhledáváním CpG ostrůvků v sekvencích DNA eukaryotických organismů a splnila všechny body zadání práce. Teoretický úvod se zaobírá základní strukturou DNA, genomem a CpG ostrůvky. Text má logickou stavbu, a ačkoliv se jedná o širokou tématiku, je stručný. V praktické části práce studentka navrhuje vlastní softwarové řešení vyhledávání CpG ostrůvků a vytvořila uživatelskou aplikaci pracující se standardně používaným formátem FASTA pro DNA sekvence, výstupem aplikace je kromě grafického znázornění nalezených CpG ostrůvku i tabulka jejich pozice exportovaná do xls formátu. Následně pomocí aplikace analyzuje několik sekvencí DNA a výsledky srovnává s volně přístupným internetovým vyhledávačem. Ačkoliv se studentka v předcházející semestrální práci zabývala srovnáním několika internetových vyhledávačů, tuto kapitolu opomněla do bakalářské práce vložit. Po formální stránce je teoretická část práce dobře zpracována. Vytknout mohu poněkud nižší kvalitu převzatých i vlastních obrázků, která je způsobená nevhodným formátem jpg. V uživatelské aplikaci je většina nápisů v češtině, pouze vstupní parametry jsou popsány anglicky. Vhodnější by bylo mít jazyk aplikace sjednocený. V části věnované shrnutí výsledků analýzy bych očekávala detailnější zamyšlení nad důvody rozdílu mezi internetovým vyhledávačem a vyhledávačem studentky.
Studentka Kateřina Přikrylová se ve své práci zabývala problematikou detekce CpG ostrůvků v genomech eukaryotických organismů. Podle zadání se zaměřila na existující algoritmy vyhledávání CpG ostrůvků a porovnání jejich vlastností. Realizovala vybraný algoritmus v prostředí Matlab a ověřila jej na zadaných sekvencích. Nedostatkem práce je kolísající kvalita formulací, které někde působí až familiárním dojmem. Formulace jsou také často nepřesné a čtenáři neznalého oboru by mohly způsobit potíže při pochopení podstaty. Dalším nedostatkem je příliš stručný úvod popisující poměrně širokou a složitou tématiku struktury DNA, genů a genomů. Nepoučený čtenář zde nutně musí ztrácet orientaci. Problematická je rovněž volba popisu řešení zadaného úkolu v kapitole 3 PRAKTICKÁ ČÁST. Ta navazuje přímo na teoretickou část a řešení popisuje formou představení uživatelského rozhraní a vysvětlení ovládání programu. Vytvořený program je jistě hodnotný a jedná se o jeden z cílů projektu, nicméně nejprve mělo být jasně popsáno zvolené řešení a teprve pak jeho implementace v prostředí MATLAB. K vlastnímu grafickému provedení práce lze mít následující připomínky. Vložené obrázky mají velmi nízkou kvalitu zřejmě z důvodu nastavené vysoké komprese, ačkoliv řada z nich byla původně zjevně vygenerována ve formátu vektorové grafiky. To způsobuje nižší srozumitelnost obrázků a vložených textů, např. ve vývojovém diagramu na str. 49. Některé nadpisy jsou zbytečně kapitálkami. Nadpis 3.2.1 je nezvykle dlouhý a obsahuje dokonce kompletní internetovou adresu. Závěrem lze konstatovat, že práce je akceptovatelným technickým řešením a obsahuje užitečné výsledky. Studentka splnila zadání a dosáhla vytčených cílů.
eVSKP id 51824