Tato příloha diplomové práce obsahuje pdf Topologie_site_nnUNet, kterou metoda navrhla pro segmnetaci optického disku
Doporučuje se otevřít pdfko v google chrome nebo jiném prohlížeči. Adobe Acrobat Reader ořeže snímek.

Dále příloha obsahuje složku Diploma_thesis_segmentation_disc_final, kde jsou všechny použité kody a je to zklonovaný repozitář z mého githubu https://github.com/MichalNohel/Diploma_thesis_segmentation_disc_final

Dále příloha obsahuje složku Images_25px, kde je nahrán ukázkový testovací snímek po preprocesingu, na kterém se 
dá vyzkoušet klasický U-Net, kdy zkušební skript je nahrán ve složce Example_segmentace_U-Net.

Pro jeho spuštění by mělo stačit nainstalovat prostředí dle yml souboru env_diplomka_oci.yml, který je ve složce Example_segmentace_U-Net

Postup spuštění:
nainstaloval minicondu a naistalovat prostředi 
conda env create -f env_diplomka_oci.yml

Aktivovat prostředí
conda activate diplomka_oci_test

Spustit spyder
spyder

Otevřít ze složky Example_segmentace_U-Net skript Example_MAIN_interference_Unet_UBMI.py
Zkontrolujte že složka z obrázkem je na správné cestě.
Pak lze rovnou spustit celý skript a měly by vyskočit 2 ploty s výslednou segmentací. 
Masky by se také měly uložit do složky Images_25px/Results

Naučené modely pro nnU-Net jsou z důvodu své velikosti dostupné na úložišti Zenodo na adrese https://doi.org/10.5281/zenodo.7954316

V adresáři Diploma_thesis_segmentation_disc_final/Trained_models_nnUNet_final je readme k nnUNetu
Na uložišti jsou nahrány oba modely a zkušební obrázek po předzpracování do nifti.
Je potřeba si nainstalovat prostředí dle návodu a poté správně nastavit cesty ke složkám a poté lze provést
evaluaci po správném nastavení vstupů a výstupu

V případě jakýchkoliv problémů mě nehávejte kontaktovat





