TOMANOVÁ, B. PCR v reálném čase a její využití v potravinářství [online]. Brno: Vysoké učení technické v Brně. Fakulta chemická. 2015.
Předkládaná bakalářská práce si kladla za cíl vypracování literárního přehledu o využití metody polymerázové řetězové reakce v reálném čase v potravinářství. V rámci teoretické části autorka za použití aktuální domácí i zahraniční odborné literatury přehledně zpracovala poznatky o uvedené metodě a jejím využití při analýze komplexních vzorků potravin. Experimentální část práce je věnována izolaci vybraných bakterií z probiotického mléčného výrobku metodou magnetické separace a fenolové extrakce, s následnou kvalitativní a kvantitativní analýzou za použití polymerázové řetězové reakce v reálném čase. Navíc je práce doplněna vysokorozlišovací analýzou křivek tání (PCR-HRM), tedy metodou vhodnou pro specifickou identifikaci mikroorganismů přítomných v testovaném výrobku. V průběhu řešení projevila studentka samostatnost a orientaci v dané problematice, zejména při studiu literárních zdrojů ve formě odborných článků a monografií, jak v českém, tak i anglickém jazyce. Získané teoretické poznatky poté vhodně aplikovala při řešení praktické části práce. Lze říci, že všechny cíle uvedené v zadání bakalářské práce byly splněny. Bakalářskou práci doporučuji k obhajobě a hodnotím ji známkou výborně/A.
| Kritérium | Známka | Body | Slovní hodnocení |
|---|---|---|---|
| Splnění požadavků zadání | A | ||
| Studium literatury a její zpracování | B | ||
| Využití poznatků z literatury | A | ||
| Kvalita zpracování výsledků | A | ||
| Interpretace výsledků, jejich diskuse | B | ||
| Závěry práce a jejich formulace | A | ||
| Využívání konzultací při řešení práce | B | ||
| Celkový přístup k řešení úkolů | A |
Předložená bakalářská práce shrnuje problematiku využití PCR v reálném čase v potravinářství se zaměřením na identifikaci bakterií přítomných v mléčném výrobku Bio Via Natur drink (výrobce Olma a.s.). Práce je logicky a přehledně členěna. Celkový počet stran plně splňuje doporučený rozsah. Řešitelka pracovala s celkem 24 literárními zdroji, citace jsou ve správném formátu. Úroveň jazykového zpracování je dobrá. Autorka se v textu dopouští pouze drobných překlepů a stylistických chyb. V úvodu práce je velmi pěkně pojednáno v teoretické rovině o metodě PCR a jejích modifikacích, které jsou přímo vztažené pro oblast potravinářství. V teoretickém úvodu však chybí informace o detekovaných mikroorganismech, kterých se týká část praktická, čímž nedochází k logickému propojení mezi teoretickou a praktickou částí práce. V teoretickém úvodu bych vytkla pouze jednu nepřesnou informaci a to větu na str.10, ř.21 "PCR v reálném čase probíhá v cykleru, což je obdoba termocykleru." Tato věta je zavádějící, lépe by bylo uvést, že PCR v reálném čase probíhá v termocykléru, který kromě požadovaného cyklování umožňuje i vyhodnocení fluorescence v každém cyklu PCR. Metodická část byla pečlivě zpracována. Drobnou připomínku mám pouze ke kapitole 4.2.4, kde se autorka nezmiňuje o teplotě a času eluce DNA z magnetických částic do TE pufru, než jsou tyto magnetické částice druhý den separovány pomocí magnetu. Sekce 4.3 Výsledky obsahuje dostatek obrázků a tabulek. Nicméně, v kapitole 4.3.2 došlo pravděpodobně ke špatnému vyhodnocení dat z měření koncentrace nukleových kyselin. V Tabulce 11 (udávající hodnoty absorbancí a výsledné koeficienty čistoty a koncetrace DNA) došlo pravděpodobně k chybnému výpočtu, který pravděpodobně mohl ovlivnit další následné downstream aplikace, ve kterých byla vyizolovaná DNA použita. Konkrétně se jedná o prvotní výpočet naředění vzorků DNA na 10ng/ul. Pokud jsou hodnoty naměřených absorbancí správné, došlo k chybnému přepočítání koeficientu A260/A280 a koncentrace nukleové kyseliny ve vzorcích. Hodnoty po správném výpočtu vychází pro koeficient A260/A280 v rozmezí 1,27 - 1,48 a koncentrace v rozmezí 5,95 - 15,4ng/ul, nikoli však jak autorka udává 1,458 - 1,516, resp. 43 - 147ng/ul. I přes chvályhodné použití aktuální literatury v rámci celé bakalářské práce je sekce 4.4 Diskuse na konfrontaci s těmito zdroji chudá. Drobnou připomínku bych měla k tvrzení na str. 34, ř.13-14, kde se autorka vyjadřuje k izolaci DNA pomocí magnetických partikulí a její čistotě. V rámci tohoto experimentu nebylo potvrzeno, že by DNA izolovaná pomocí magnetické separace měla vyšší čistotu, spíše naopak. Toto tvrzení se neopírá ani o žádný relevantní zdroj informací. I přes výše uvedené nedostatky doporučuji tuto bakalářskou práci k obhajobě. Dotazy: V sekci 4.2.5 jsou pěkně vysvětleny koeficienty absorbance 230nm, 260nm a 280nm, co však znamená absorbance 320nm? Proč byly pro experiment použity dvě různé sady primerů specifických pro rod Lactobacillus (jedny pro konvenční PCR a druhé pro PCR-HRM? Uveďte výpočet (vzorec) pro zjištění koncentrace DNA z hodnoty absorbance A260.
| Kritérium | Známka | Body | Slovní hodnocení |
|---|---|---|---|
| Splnění požadavků zadání | B | ||
| Logické členění práce | A | ||
| Kvalita zpracování výsledků | C | ||
| Interpretace výsledků, jejich diskuse | C | ||
| Využití literatury a její citace | B | ||
| Úroveň jazykového zpracování | A | ||
| Formální úroveň práce – celkový dojem | B | ||
| Závěry práce a jejich formulace | B |
eVSKP id 82375