BARTOŇ, V. Analýza genetické variability v sekvenačních datech treponemálních kmenů [online]. Brno: Vysoké učení technické v Brně. Fakulta elektrotechniky a komunikačních technologií. 2018.
Diplomová práce studenta Vojtěcha Bartoně je vypracována na 43 stranách od úvodu po závěr a tři strany tištěných příloh. Po odborné stránce je práce velmi kvalitní a byly splněny všechny body zadání. Práce byla vypracována v úzké spolupráci s Biologickým ústavem LF MUNI a výsledky budou použity k dalšímu studiu treponemálních kmenů a budou publikovány v odborných článcích. Práce byla prezentována na studentské soutěži EEICT. Práce obsahuje všechny klíčové části, postup řešení je srozumitelný a výsledky dostatečně popsány a diskutovány. Po formální stránce mám pár drobných výtek: v praktické části práce se poněkud nestandardně používá přítomný čas při popisu způsobu analýzy dat, zastaralá forma slova transice místo tranzice, výskyt desetinných teček v tabulkách v přílohách, kvalita některých obrázků (velikosti fontů), ale překlepů a gramatických chyb je málo. Práce s odbornou cizojazyčnou literaturou ve velmi dobrá. Tuto kvalitní práci, jež přinesla velmi hodnotné výsledky, doporučuji k obhajobě s hodnocením A, 95 bodů.
Student Vojtěch Bartoň se ve své diplomové práci zaměřil na vyhodnocení vnitrogenomové variability poddruhů bakterie Treponema pallidum ze sekvenačních dat. Tento úkol není jednoduchý, protože jsou jednotlivé kmeny těchto poddruhů geneticky velmi podobné a je tak problém odlišit co je genetická variabilita a co např. chyba sekvenování. K tomuto účelu je v práci kvalitní rešerše současných sekvenačních technik zohledňující i jejich chybovost a možnosti zvýšení kvality a výtěžnosti získaných dat. Na druhou stranu mi zde chybí jakýkoliv přehled dostupných nástrojů a současných postupů na analýzu genetické variability. Praktická realizace problému pak působí jen jako cílený výběr konkrétních nástrojů k jednomu účelu. Chybí zde zdůvodnění volby nástrojů, nastavení jejich parametrů, jejich vzájemné srovnání, případně srovnání s jiným řešením podobného problému z literatury. Navíc je text práce členěn do příliš mnoha hlavních kapitol. Ztrácí se tak přehled o systematice návrhu řešení a propojení jednotlivých kroků řešení problému. I přes tyto nedostatky hodnotím představené řešení jako inovativní s velkým praktickým přínosem, umožňující zefektivnění léčby nemocí, kterých jsou tyto bakterie původci. Po formální stránce je práce na velmi dobré úrovni s minimem překlepů a gramatickým chyb. Vytýkám jen příliš časté využívání anglické terminologie namísto českých ekvivalentů nebo řádného odlišení těchto pojmů v textu. Celkově hodnotím práci stupněm B – 86 bodů.
eVSKP id 110573