COUFAL, P. Využití pokročilých difuzních metod v analýze neurologických onemocnění [online]. Brno: Vysoké učení technické v Brně. Fakulta elektrotechniky a komunikačních technologií. 2025.
Student se zabývá pokročilými metodami zpracování difuzního MRI. Zpracovával data pro studie zaměřené na roztroušenou sklerózu, epilepsii a výzkum funkce glymfatického systému u pacientů s Parkinsonovou chorobou. Studentovým úkolem bylo nastavit procesy pro optimální předzpracování a zpracování difuzních dat za pomoci nejaktuálnějších metod a postupů. Prostudoval dostupné nástroje pro difuzní MRI a po společných konzultacích jsme se rozhodli využít balík nástrojů MRTRIX3. Student navrhl postupy a naprogramoval skripty pro předzpracování a rutinní zpracování difuzních dat. Samostatně navrhl postup a realizoval výpočet ALPS indexů. Odvedl velký díl práce. Průběžně zpracovával data ze tří velkých výzkumných studií s celkem cca 300 subjekty. I díky intenzivní práci studenta je jedna ze studií v recenzním řízení k publikaci a další se k tomu limitně blíží. Práce má logické členění a její teoretická část je velmi dobře zpracovaná, dostatečného rozsahu s minimem nedostatků a nepřesností. V práci podrobně popisuje celý proces, který realizoval osobně, a zmiňuje i navazující kroky a výsledky, za které jsou zodpovědní další členové týmu. Přičemž je zcela jasné, co realizoval on, a co byla zodpovědnost jiných členů týmu. Vzhledem k rozsahu a komplexnosti realizovaných studií práce neobsahuje kompletní statistické vyhodnocení výsledků. Nebylo by to ani možné. Za vyhodnocení bude zodpovídat statistik. Student pravidelně konzultuje a postupem času se stal plnohodnotným členem neurovědního výzkumného týmu na CEITEC, Masarykova univerzita. Oproti původně odevzdané práci se mírně změnila struktura, byl doplněn podrobnější popis postupu zpracování, v práci přibyl vývojový diagram a byly odevzdány přílohy obsahující skripty a doplňující informace. Přibyly subjekty ve studiích a student dál pokračuje ve zpracovávání a vývoji postupů zpracování. Student Bc. Petr Coufal splnil zadání diplomové práce.
Diplomová práce Bc. Petra Coufala se věnuje tématu Využití pokročilých difuzních metod v analýze neurologických onemocnění. V teoretické části se student se zabývá popisem principu magnetické rezonance se zaměřením na difuzně vážené zobrazování, popisem pokročilých technik difusního MRI a přehledem dostupných softwarů pro zpracování dat. Text je přehledný, logicky navazuje, obsahuje relevantní obrázky, práce s citacemi je korektní. Z mého pohledu by bylo vhodné v kapitole Diffusion Kurtosis Imaging uvést konkrétní rovnici, aby bylo zjevné rozšíření vůči modelu popsanému rovnicí (1.7). Drobnou výtku mám k používání termínu „zdravý pacient“ V praktické části měl student zpracovat reálné datasety poskytnuté z výzkumné laboratoře MAFIL CEITEC Masarykovy Univerzity. Student se věnoval práci na třech datasetech, celkem více než 250 subjektů, což je možná příliš ambiciózní úkol. Nicméně všechny tři studie jsou srozumitelně popsány, student se věnuje jednotlivým krokům analýzy, použitým funkcím a jejich parametrům a nastavením. Využití nástrojů knihoven MRtrix3 a FSL odpovídá současné vědecké praxi. Postupy analýzy jsou korektní. Nad rámec provedeného bych očekávala větší zaměření na statistické vyhodnocení výsledků a případnou diskusi. Student objektivně odvedl velké množství práce, už samotné předzpracování difusně vážených MRI dat je komplikovaná a časově i výpočetně náročná záležitost. Jak již bylo napsáno, praktická část je široce rozkročená a výsledky spíše popsané, než diskutované. Z mého pohledu by, pro potřeby DP, bylo vhodnější se do větší hloubky fokusovat na menší oblast zájmu a třeba i hlubší zhodnocení výsledků. Přesto je třeba uznat, že výstupy popsané v DP jsou rozhodně solidním základem pro několik výzkumných studií a budoucí odborné publikace, které je zřejmě i studentovým plánem. Navrhuji hodnocení A, 90 bodů.
eVSKP id 170758