ALIGEROVÁ, Z. Molekulární signatura jako optimální multi-objektivní funkce s aplikací v predikci v onkogenomice [online]. Brno: Vysoké učení technické v Brně. Fakulta elektrotechniky a komunikačních technologií. 2015.
Studentka Zuzana Aligerová vypracovala svoji diplomovou práci pod vedením prof. René Natowicze na ESIEE-Paris, Francie. Hodnocení jednotlivých činností prof. Natowiczem je následující: splnění zadání D, metodologie C, ústní prezentace práce B, text diplomové práce C, celkové hodnocení B-C. Detailní posudek vedoucího je přiložen. Z hlediska hodnocení podle standardů VUT v Brně je nutné konstatovat, že popisu vlastní činnosti studentky je věnována jen kapitola 11, která je přespříliš stručná. Nelze tak vyhodnotit, kolik studentka vykonala vlastní práce na odpovídající úrovni magisterského studia. Z výše uvedeného důvodu lze diplomovou práci hodnotit maximálně stupněm E.
Předložená diplomová práce studentky Zuzany Aligerové se měla zabývat tématikou metod vyhledávání molekulárních signatur pro onkogenomiku. Teoretická část práce má 36 stran včetně obrázků. Třetina této části (kapitola 1) je nadbytečná. Rešerše relevantní problematiky dle zadání práce je značně stručná. Z formálního hlediska trpí rešerše především špatným citováním použitých zdrojů. Odkazy na zdroje v textu jsou ve většině případů nerelevantní, odkazy jsou pomíchané. Část textu (do 10 %) lze považovat za plagiát, některé části vykazují značnou podobnost se zdroji, které nejsou vůbec citovány. Odkazy na zdroje obrázků jsou taktéž špatně a mnohé obrázky jsou pro práci nerelevantní. Jazyk anglického textu, který nevykazuje značnou podobnost se zdroji, má špatnou větnou skladbu, která činí text těžce srozumitelným a množství vět je nesmyslných (převážně od kapitoly 8.2 a dále včetně praktické části). Praktická část práce má pouhých 12 stran textu včetně obrázků. Popis použitých dat je nedostatečný a nesrozumitelný, v textu by byl vhodný příklad textového souboru s daty. V textu je uvedeno, že použitá data jsou součástí elektronické přílohy, bohužel tomu tak není. Kapitola 12 má popisovat programové řešení LDA analýzy dat. V textu chybí popis způsobu načítání dat a v jakém jsou formátu. Uvádění částí programového kódu je zbytečné. Postrádám vývojový diagram či popis jednotlivých kroků analýzy. Text je natolik zmatečný, že není absolutně jasné, jakým způsobem algoritmus pracuje, s čím pracuje a co je výstupem. Studentka se zmiňuje, že využila resamplingu a přikládá obrázky 11 a 12. Není uvedeno, z jakého důvodu se to používá, na jaká data a s jakými parametry. Obrázky nemají popsány osy. Dále je psáno, že pro data byly vypočítány p-hodnoty a proveden statistický Wilcoxon-Mann-Whitney test, na což byly použity toolboxové funkce Matlabu. Uvedené části kódu jsou bez popisu obsahu jednotlivých proměnných, co znamená nastavení parametrů použitých funkcí atd. Nejsou uvedeny žádné výsledky výpočtů p-hodnot ani statistického testu. Následně se mluví o výpočtu senzitivity, specificity a přesnosti. Opět nejsou uvedeny žádné výsledky. Kapitola 13 se zabývá identifikací bimodálních genů z mikroarray dat. K tomuto účelu byla použita funkce z jazyka R. Opět chybí podrobný popis způsobu analýzy. Uvedené histogramy na obrázcích 18 a 19 postrádají slovní popis pro jaká data a jakým způsobem byly zkonstruovány, jejich význam. Následují nevysvětlené části programového kódu. Poslední z prezentovaných výsledků je sloupcový graf na obrázku 20, opět však chybí jakýkoliv popis o co se jedná. K přiloženým programovým kódům není žádný popis, čili jsou prakticky nepoužitelné. Není jasné, co se kterou funkcí řeší a jediný volně spustitelný skript je nefunkční, neboť chybí načítaná data a ještě je na ně odkazováno špatným způsobem. Zadáním práce bylo implementovat alespoň jednu metodu výpočtu molekulární signatury s využitím meta-heuristické optimalizace a navrhnout a statisticky validovat prediktory v onkogenomice. Žádný z bodů zadání nebyl splněn. Uvedená realizace je naprosto nedostatečně popsána, chybí jakékoliv relevantní výsledky. Práce je na velmi nízké úrovni a nedoporučuji ji k obhajobě.
eVSKP id 84463