ZOURKOVÁ, T. Metagenomická analýza vývoje střevního mikrobiomu dětí [online]. Brno: Vysoké učení technické v Brně. Fakulta elektrotechniky a komunikačních technologií. 2023.
Předložená bakalářská práce na téma “Metagenomická analýza vývoje střevního mikrobiomu dětí” je vypracována na celkem 42 stranách od úvodu po závěr. V práci je citováno 70 zdrojů, především anglicky psané odborné literatury. Práce je po formální a jazykové stránce na dobré úrovni. Práce se zabývá aktuálním tématem analýzy mikrobiomu a jeho genezí v ranných fázích vývoje dětí. Práce sleduje několik subjektů a v přesně stanovených časových bodech zkoumá aktuální složení mikrobiomu. Toto pak porovnává a to v několika rovinách. Porovnání se uskutečňuje jak v rámci subjektu samotného, kde lze sledovat genezi individuálního mikrobiotického prostředí, tak v rámci věkových skupin, kde naopak pozorujeme podobný vývoj. Teoretický úvod práce považuji za dobře zpracovaný a poskytující kvalitní přehled do studované problematiky. V praktické části pak studentka sestavila dataset a navrhla postup řešení a analýzy experimentu. Tento postup je následně implementován a k jeho spouštění studentka využila možností gridového počítání a služeb Metacentra. Diskuse by si zasloužila mírného rozšíření, zejména o podmínkách výběru datasetu a také zevrubnější diskusi zvolených metrik analýzy kompozice a diverzity. Způsob citování jmen autorů v seznamu literatury by mohl být jednotný. Oceňuji zejména reporty a vizualizace ve formě elektronické přílohy práce. Vzhledem k výše zmíněnému považuji práci za dobrou a hodnotím stupněm A/90b.
Studentka Tereza Zourková se ve své práci zaměřila na aktuální téma metagenomické analýzy střevního mikrobiomu dětí od narození do 5 let věku. Rozsah práce je 34 stran textu od úvodu po závěr a je podložena 70 referencemi převážně ze zahraničních zdrojů. Teoretická část práce je logicky řazená a obsahově přiměřená. V praktické části práce studentka zpracovala a vizualizovala v nástroji QIIME2 složení mikrobiomu 7 dětí v šesti životních stádiích. Přestože tímto splnila zadání práce, je metodický popis, analýza, vyhodnocení výsledků i následná diskuze na nízké úrovni. Zejména v části samotné metagenomické profilace studentka používá řadu nástrojů a metod jejichž princip, volbu a nastavení dostatečně nezdůvodňuje. Chybí zde i ukázka mezi výstupů z těchto nástrojů např. vytvořená tabulka vlastností, zkonstruovaný fylogenetický strom, volba hlavních komponent v PCA, neúplný výčet metrik, jež byly použity apod. Pro vyhodnocení jsou k dispozici jen dva nekvalitní „scatter ploty“, které studentka hodnotí zřejmě jen „okometricky“ a jeden nepřehledný, špatně řazený sloupcový graf zastoupení jednotlivých bakteriálních kmenů. Přestože je v práci uvedeno, že další vizualizace je v elektronické příloze, v textu práce není dostatek výsledků pro stanovení závěrů v diskusi, jako je trend růstu variability mikrobiomu s věkem, nebo naopak jeho stagnace mezi 3. a 5. rokem života. Odbornou stránku práce navíc znehodnocuje místy vágní vyjadřování např. „sekvenátor jménem Illumina“ nebo zaměňování sekvenační platformy a metody. Vytýkám i nevhodné citování použitých zdrojů po celých odstavcích namísto po jednotlivých tvrzeních a zbytečné popisování výpočtu parametrů a metrik, které lze nahradit zápisem rovnice. Po formální stránce je práce na přijatelné úrovni s drobným množství překlepů a gramatických chyb, vytýkám jen chybějící značení latinských názvů kurzívou, popisky místo nadpisů tabulek a zbytečně vložené prázdné strany mezi kapitolami. Pro zmíněné nedostatky hodnotím práci stupněm C a 75 body.
eVSKP id 150837