JEHLIČKOVÁ, J. Vyhodnocení viability u kultivovaných mezenchymálních buněk [online]. Brno: Vysoké učení technické v Brně. Fakulta elektrotechniky a komunikačních technologií. 2013.
Studentka v práci představila rešerši v oblasti konfokální mikroskopie, problematiky měření viability živočišných buněk, zaměřenou na vyhodnocení viability kultivovaných mezenchymálních buněk z mikroskopického obrazu. K tomuto účelu použila řadu literatury a rešerše oblast vytyčenou v zadání plně vystihuje. Chybí mi však část zaměřená na metody obrazového zpracování a analýzy, které studentka využívá v praktické části. V praktické části je vytvořeno grafické prostředí pro načtení, zobrazení snímků při aplikaci obrazového zpracování a analýzy. Obrazové zpracování zahrnuje několik kroků, které jsou účelné vzhledem k charakteru snímků. Studentka jednotlivé kroky popsala a odůvodnila. Následuje krok detekce živých a mrtvých buněk, u této fáze chybí detailnější popis použité metody. Velkým nedostatkem je absence vyznačení nalezených živých a mrtvých buněk v obraze po detekci. Na konec je představen jednoduchý příklad aplikace na zvoleném snímku, výsledek je stručně okomentován. Studentka řešila problematiku samostatně. Prokázala dostatečnou aktivitu během období realizace práce a postup s vedoucím konzultovala. Zadání požaduji za splněné, body 4 a 5 jsou splněny částečně. Z tohoto důvodu a výše zmíněných nedostatků hodnotím práci 70 body.
Předložená bakalářská práce se zabývá analýzou kultivovaných mezenchymálních buněk z obrazů pořízených konfokálním mikroskopem. Studentka se v první části práce zabývá obecnými poznatky o kultivaci buněk, metodami analýzy viability buněk a principu měření buněk pomocí cytometru a zobrazování buněk pomocí konfokálního mikroskopu. Tato úvodní část, která podává jen velice jednoduchý náhled na řešenou problematiku, zabírá v práci necelých 20 stran. Zbylých 15 stran práce je věnováno návrhu experimentu, následné realizaci programu pro analýzu snímku z konfokálního mikroskopu a vyhodnocení výsledků. V zadání práce se požadovalo pořídit dostatečný počet snímků kultivovaných buněk pro následné hodnocení jejich viability. V práci však není vůbec zmíněno, kolik obrazů bylo pro analýzu využito. Dle textu to vypadá, že zřejmě jen jeden. Je navržen velmi jednoduchý postup detekce počtu buněk v obraze s využitím jednoduché úpravy kontrastu, mediánové filtrace a MATLABovské funkce, postavené na principu morfologických operací. Tato funkce, která je v práci nazvaná „operátorem“, umožňuje automaticky detekovat osamocené objekty v obraze. Teoretický popis, jak použitá funkce pracuje a které morfologické operace obsahuje, však v práci chybí. Prezentovaný snímek kultivovaných buněk z konfokálního mikroskopu má již v originální podobě sám o sobě dobrý kontrast a jednotlivé buňky jsou snadno rozeznatelné. Jednoduchá posloupnost zpracování s využitím mediánové filtrace a již implementované funkce z prostředí MATLAB tak umožňuje velice snadnou detekci jednotlivých objektů (buněk). Protože detekce počtu buněk probíhala zřejmě jen na jednom snímku, požadované hodnocení viability ze sady snímků v práci není. Rovněž tedy chybí i statistické vyhodnocení úspěšnosti metody. Po odborné stránce je tedy práce na velmi nízké úrovni. Ačkoliv je samotná implementace navržené metody analýzy velmi triviální, oceňuji však, že bylo vytvořeno alespoň grafické uživatelské rozhraní, čímž studentka realizovala požadovaný úkol. Nicméně, v zadání práce bylo požadováno vytvoření programu, který bude schopný detekovat počty buněk v definované oblasti. Vytvořený program ale pracuje s celým snímkem, nikoliv s předem uvažovanou oblastí. Program rovněž nehodnotí viabilitu buněk, ale pouze vypíše počet buněk detekovaných v jednom načteném snímku. Samotná detekce navíc velmi závisí na manuálním nastavení jasu a velikosti okna mediánového filtru. Tabulka 1 v kap. 7 uvádí doporučené hodnoty parametrů, které je potřeba nastavit, aby byly buňky detekovány správně. Zjištěné doporučení však platí zřejmě pouze pro jeden konkrétní snímek, který byl testován. Po formální stránce je práce na průměrné úrovni. V práci jsem nalezl mnoho překlepů a spojených slov i neodborné formulace. Některé zkratky nejsou vysvětleny, např. MTT nebo DMM. Spousta obrázků je převzata z anglické literatury i s anglickými popisky. V česky psaném textu by cizojazyčné popisy obrázků zřejmě být neměly. Některé obrázky nejsou odkazovány, ani popsány v textu a čtenář tak může mít problém dopátrat se, čeho se daný obrázek vůbec týká. Na závěr musím konstatovat, že lze splnění zadání akceptovat jen s velkými výhradami. Hodnocení: E/55 b.
eVSKP id 65388