HAVLÍČKOVÁ, S. In-silico modelování signální dráhy v Arabidopsis thaliana [online]. Brno: Vysoké učení technické v Brně. Fakulta elektrotechniky a komunikačních technologií. 2025.
Studentka Sabina Havlíčková se ve své bakalářské práci zaměřila na velmi aktuální téma propojující rostlinnou biologii a výpočetní modelování – konkrétně na in-silico modelování signálních drah u Arabidopsis thaliana v kontextu odpovědí na abiotický stres. Práce kombinuje literární rešerši, orientaci v databázích biologických interakcí a vlastní tvorbu výpočetních modelů pomocí moderních nástrojů AEON, GINsim a RuleBender. Úvodní část práce nabízí detailní přehled současných poznatků o rostlinné signalizaci s důrazem na kyselinu abscisovou (ABA), jakožto klíčovou komponentu v odpovědi rostlin na sucho a další stresové podněty. V praktické části jsou vytvořeny a analyzovány modely založené na Booleanovské logice i na pravidlech (rule-based modeling), přičemž byly využity relevantní databáze (např. KEGG) a údaje z odborné literatury pro parametrizaci modelů. Z metodického hlediska je nutné ocenit, že studentka zvládla práci s několika specializovanými nástroji, dokázala interpretovat výstupy simulačních modelů a porovnat různé přístupy modelování. Kladně hodnotím i to, že celá práce je napsána v anglickém jazyce – a to nejen formálně, ale odborně přesně, což výrazně zvyšuje její použitelnost pro další vědecké aktivity a možné publikace. Téma je navíc zasazeno do širšího rámce aktuálních globálních výzev (adaptace rostlin na klimatické změny), čímž přesahuje rámec běžné bakalářské práce. Co se týče přístupu studentky – zpočátku často konzultovala, nicméně v pozdější fázi se uchýlila spíše k samostatné práci. Tato autonomie je do jisté míry pozitivní, ale vedla k nedostatečnému zapojení vedoucího při finální revizi modelů a jejich biologickém zhodnocení. Tento krok bude nutné dořešit v navazující vědecké práci, která na tuto bakalářskou naváže – což je samo o sobě známkou kvality a potenciálu předloženého výstupu. Formálně však práce obsahuje řadu nedostatků – nejednotné značení Arabidopsis thaliana, nízká kvalita některých obrázků, nevyvážené formátování (např. osamocený řádek na konci strany) a jiné. Tyto chyby snižují celkový dojem, ale nemají zásadní vliv na odbornou úroveň práce. Práci považuji za logicky vystavěnou, odborně relevantní a pro bakalářskou úroveň velmi ambiciózní. Přináší jedny z prvotních konkrétních výsledků v oblasti čistě výpočetního modelování signálních drah v rostlinách, založené čistě na veřejných databázi a odborné literatuře, a tvoří tak hodnotný základ pro další výzkum. Práci doporučuji k obhajobě a hodnotím ji známkou B – velmi dobře, 80 bodů.
Studentka Sabina Havlíčková vypracovala bakalářskou práci na téma in-silico modelování signálních drah v Arabidopsis thaliana. Cílem práce bylo vytvořit funkční modely signální dráhy kyseliny abscisové (ABA) v rostlinném modelu A. thaliana s využitím nástrojů pro booleovské a pravidlově založené modelování a porovnat výsledky simulací s dostupnou literaturou. Práce je členěna do pěti hlavních kapitol, má celkem 69 stran včetně příloh a obsahuje 58 literárních pramenů. Text je stylisticky dobře strukturován, jazyková úroveň je většinou velmi dobrá. V teoretické části studentka přehledně shrnuje poznatky o rostlinné signalizaci a stresových drahách, přičemž zvláštní důraz klade na ABA signalizaci. Výklad je podložen kvalitními zdroji a vhodně navazuje na praktickou část. V praktické části autorka navrhla a realizovala dvě varianty modelu ABA dráhy – adaptivní a tolerantní – s využitím nástrojů AEON, GINsim a RuleBender. Tyto přístupy vhodně kombinují logické i kvantitativní modelování a výstupy simulací jsou biologicky smysluplné. Modely jsou srozumitelně popsány a zahrnují klíčové prvky signalizace včetně regulačních smyček. Z hlediska inovativnosti je řešení metodicky dobře promyšlené, nicméně nepřináší nové přístupy. Modelované procesy vycházejí z již dobře známých biologických interakcí, a práce tak spíše rekonstruuje existující znalosti. Simulace nebyly využity k hlubším prediktivním analýzám nebo k testování hypotetických scénářů, což by mohlo zvýšit přínos práce. Vhodně nastavené modely by například mohly sloužit k analýze chování systému při poruchách nebo k porovnání různých stresových vstupů. Zadání práce bylo splněno a studentka prokázala schopnost samostatně pracovat s mezioborovými tématy. Práce spojuje biologické a bioinformatické aspekty s modelováním a s velmi dobrou technickou realizací. Přestože zůstává určitý nevyužitý potenciál v oblasti biologické inovace a interpretace výsledků, práce jako celek splňuje požadavky na bakalářskou úroveň. Práci doporučuji k obhajobě a hodnotím ji jako velmi dobrou, B/85.
eVSKP id 167511