ĎUBAŠÁK, M. Hodnocení kvality kolagenových vzorků v pevné fázi pomocí cirkulárního dichroismu [online]. Brno: Vysoké učení technické v Brně. Fakulta chemická. 2018.

Posudek vedoucího

Vojtová, Lucy

Diplomová práce je vypracována přehledně anglicky i když s drobnými překlepy. Velice podrobně je zpracována literární rešerše a celkem 79 odkazů vypovídá o dobré orientaci v zahraniční literatuře. Krom toho student prokázal velice dobré logické myšlení i naprostou samostatnost práce v laboratoři. Připravil a vyhodnotil pomocí CD v pevné fázi nerozpustné kolagenové filmy. Metodiku pečlivě odladil a ve finále porovnal s běžně používanou FTIR. Během práce velice často výsledky konzultoval, ale interpretace výsledků by mohly být přesnější a výstižnější. Metoda je nicméně velice dobře reprodukovatelná a použitelná pro praxi především pro sledování kvality kolagenových vzorků. Práci hodnotím známkou A/výborně.

Posudek oponenta

Žídek, Jan

Předložená práce pojednává o detekci poměru kolagenu a želatiny v pevném vzorku metodou cirkulárního dichroismu. Práce je napsána srozumitelně. Má dostatečný rozsah pro diplomovou práci a logické členění do kapitol. Práce obsahuje 31 obrázků, 7 tabulek. Rozsah literární rešerše je přiměřený. Práce se odkazuje na 79 citací. Část z toho jsou aktuální citace na odborné články z posledních let. Práce je dostatečně podložena množstvím experimentálních dat a zpracovává aktuální problematiku. Student začal zpracovávat novou problematiku a tak nemohl na nic navázat. Stanovil si adekvátní cíl a rozvrhl aktivity tak, že se mu tento cíl podařilo dotáhnout do konce. Podařilo se mu vyřešit všechny technické problémy spojené s kvalitou vzorku i provedením. Metoda, kterou popsal je technicky odladěná a připravena k využití. Metodika je popsána srozumitelně a analýzu lze podle postupu reprodukovat. S některými závěry lze polemizovat, například v části diskuze u korelace měření z infračerveného spektra (IČ) a cirkulárního dichroismu (CD). Student tvrdí, že IČ metoda je méně přesná vzhledem k dekonvoluci píku. Myslím si, že u IČ spekter je určitá kvalitativní korelace s výsledky z CD. Jen lze pozorovat, že IČ spektrometrie pravděpodobně systematicky nadhodnocuje výsledné koncentrace kolagenu oproti CD. Při správné kalibraci by tedy i IČ spektrum dalo využitelné výsledky. Proč se neprováděla analýza IČ spekter i z kalibračních vzorků? U těch je koncentrace kolagenu známá a bylo by možné detekovat odchylku od skutečné koncentrace. Dále je otázka, proč čísla vzorků z druhé série tvoří nespojitou řadu od 3, 4, 6 … 14. Jaké jsou výsledky vzorků číslo 1, 2, 5, 7, 10, 13 a proč nebyly uvedeny? Do diplomové práce je vhodné udávat i hodnoty, které nevyšly. Dále, zda prokládat kalibrační přímku lineární regresí s úsekem (y=a*x+b), nebo pouhou přímou úměrou (y = a*x). Zde se jedná se o případ, kdy hodnoty v bodě 0 jsou určeny s danou nejistotou. Hodnota pro čistou želatinu má určitou směrodatnou odchylku. Ve statistické odborné literatuře se uvádí, že pokud směrodatná odchylka pro hodnotu x=0 je srovnatelná s úsekem lineární regrese, je hodnota úseku statisticky nevýznamná. Závislost by tedy měla být proložena pouze přímou úměrou y = a*x. V opačném případě je nutné použít lineární regresi s úsekem. Odhadnul bych, že se jedná o první případ, tedy přímá úměra. Co se týče formálního zpracování, v práci jsou překlepy, které by měla odhalit kontrola pravopisu v textovém editoru. Jako další dílčí nedostatek považuji strohou diskuzi. Celá práce je zaměřená na analýzu idealizované dvousložkové směsi kolagenu a želatiny. V praxi však bude metoda sloužit k analýze reálných vzorků, které mají od ideální směsi daleko. Proto by bylo vhodné uvést širší diskuzi, jaké jsou limity pro analýzu u reálných vzorků. Jinými slovy, jak se změní materiál, pokud bude metoda použita pro analýzu reálného skafoldu? Budou tam látky, které tam budou analýzu rušit? Co se stane, pokud se budou analyzovat za jiných podmínek například jiné teploty? Co se stane, pokud budeme mít jiný kolagen? (Viz. otázky). Pokud změníte podmínky, budete muset znovu změřit kalibrační přímku?

eVSKP id 108161