PLIŠKOVÁ, D. Analýza směrovosti neuritů [online]. Brno: Vysoké učení technické v Brně. Fakulta elektrotechniky a komunikačních technologií. 2021.
Tématem diplomové práce byla segmentace a analýza převládající směrovosti neuritů v obrazech z fluorescenčního mikroskopu. Studentka se v úvodu řešení práce zaměřila na studium nezbytných znalostí z oblasti anatomie a fyziologie neuronů a na možnosti jejich snímání pomocí mikroskopických technik. V rámci literární rešerše se studentka zabývala studiem publikovaných metod segmentace a trasování neuronů. Na základě získaných znalostí studentka sama navrhla a implementovala metodu segmentace neuronů a postup analýzy směrovosti neuritů. V rámci analýzy směrovosti by bylo vhodné zohlednit i přítomnost těla neuronů, potažmo jej segmentovat a úplně odstranit, aby nedocházelo k ovlivnění výpočtu směru u jednotlivých axonů. Celkově mohl být navržený postup analýzy směrovosti popsán v práci detailněji. Implementované algoritmy studentka otestovala na dostupné experimentální databázi dostupné na ÚBMI. Oceňuji, že studentka do své práce zahrnula i anotaci dat, což ji umožnilo zabývat se i klasifikací obrázků do jednotlivých tříd dle převládající směrovosti. Při řešení práce byla studentka aktivní, pravidelně se účastnila konzultací přes platformu MS Teams a konstruktivně přistupovala k řešení dílčích problémů. Na zadání pracovala průběžně celý semestr. Zadání diplomové práce považuji za splněné v plném rozsahu. Hodnocení: B (80 b.)
Studentka se ve své práci zabývala hodnocením směrovostí neuritů s využitím obrazové analýzy snímků fluorescenčně značených neuronů na upraveném podkladu, který umožňuje jejich směrový růst. Cílem bylo směrovost nejen hodnotit, ale i jednotlivé skupiny ovlivněných neuronů od sebe odlišit. Rešerše práce se velice jemně orientována na neurony, jejich zobrazování s využitím fluorescenční mikroskopie. Poté se studentka již detailněji zaměřuje na metody segmentace buněk a neuronů a trasování neuritů. Tato část však obsahuje pouze čtyři strany. Většina témat je řešena jen okrajově. Příkladem je hlavní kapitola 5. Experimental database, která obsahuje pouze dva odstavce popisu a 4 ukázkové snímky. Přitom byla databáze snímků relativně rozsáhlá a není uvedeno, jak bylo s databází pracováno a jakým postupem byly vybrány pouze některé snímky. Rozsah teoretické části práce není příliš velký, bez příloh obsahuje méně než 30 stran, seznam literatury je pouze s 19 tituly. Na druhou stranu je nutné dodat, že téma je vědecky orientováno a využití většího množství literatury a zabíhání do větších detailů při zpracování mohlo být pro studentku magisterského studia náročné. Studentka si pro hodnocení směrovosti neuritů vybrala poměrně základní gradientní analýzu. V práci představila gradientní výstupy a histogramy s distribucí směrů pro jednotlivé skupiny neuritů, poté uvedla rozložení získaných úhlů uplatněných v klasifikaci ve společných grafech. Postupy ve výpočtech a získání úhlů by mohly být popsány do mnohem větších detailů, neboť tvoří jádro studentské práce. Na druhé straně se studentka ve velké míře zabývá klasifikací jednotlivých skupin neuronů, kde jsou dosažené výsledky vhodně graficky a statisticky prezentovány a doloženy daty v přílohách a ukázkami. Tato část je v jisté míře zpracována nad rámec základního zaměření práce. V obou částech ale postrádám zařazení také skupiny přirozeně rostoucích neuronů (bez upravené směrovosti), se kterými mohly být analyzované skupiny s upravenou směrovostí logicky porovnány. Práce je po formální a jazykové stránce v pořádku, řazení kapitol a jejich vzájemná návaznost je logická. Zadání považuji až na zmíněné výtky ve zpracování považovat za splněné.
eVSKP id 134434