ROMANOVÁ, K. Proteomická identifikace enzymů degradující rostlinnou biomasu [online]. Brno: Vysoké učení technické v Brně. Fakulta chemická. 2011.

Posudek vedoucího

Flodrová, Dana

Práce Bc.Kristýny Romanové byla zaměřena na vysoce aktuální problematiku zpracování a využití biomasy pro energetické účely. Prací navazovala na svou bakalářskou práci, kde jejím úkolem bylo ze vzorků zemědělského odpadu (vzorky dodala firma zaměřená na výrobu bioplynu) extrahovat proteiny, které pak následně měla otestovat na jednotlivé vybrané enzymové aktivity a porovnat jejich zastoupení v daném vzorku. Navazující diplomová práce byla postavena na využití proteomických analytických technik pro identifikaci proteinů, které by mohly sloužit pro pochopení a studium degradace rostlinného materiálu. Studentka pracovala na zadaném úkolu samostatně, projevovala od začátku velký zájem o danou problematiku. V experimentální části velice dobře zvládla řadu analytických technik používaných v proteomice, přičemž pracovala velmi pečlivě a svědomitě. Rovněž závěry práce plně vycházejí z uvedených výsledků, jsou výstižné, správně interpretovány a mohou sloužit pro další zkoumání dané problematiky. Podle mého názoru, zadané cíle byly splněny a jako vedoucí bakalářské práce hodnotím na základě uvedených skutečností bakalářku známkou "výborně" - A

Posudek oponenta

Ing.Ondřej Kosík, Ph.D.

Předložená práce diplomantky Bc. Kristýny Romanové, na téma Proteomická identifikace enzymů degradující rostlinou biomasu, zpracovaná pod vedením Ing. Dany Flodrové, Ph.D. si dala za cíl vyextrahovat a identifikovat majoritní hydrolytické enzymy přítomné v rostlinném odpadovém materiálu, využívaném pro výrobu bioplynu, s využitím proteomických metod zahrnující gelovou chromatografii a hmotnostní spektrometrii. Autorka také kvantifikovala čtyři základní hydrolytické enzymové aktivity v těchto vzorcích. K vypracovaní této práce bylo zapotřebí, aby diplomantka porozuměla a zvládla metody kvantifikace vybraných enzymových aktivit; dále extrakci, separaci a identifikaci peptidů z rostlinných matric, aplikovanými proteomickými metodami zahrnující (1D)-PAGE elektroforézu, úpravu a zpracování vzorku zahrnující alkylaci, jeho štěpení trypsinem a Zip Tip purifikaci, a jejich MS (popřípadě MS/MS) analýzu s užitím MALDI metod a následnou identifikaci s využitím NCBInr databáze. Samotná diplomová práce je standardně členěna, má rozsah 93 stran obsahuje vyvážené množství schémat, obrázků a hmotnostních spekter. Práce byla vypracována s užitím dostatečného množství literatury (68 citací), která je kvalitní a aktuální. Obsahovou i grafickou stránku práce hodnotím velmi kladně; jednotlivé statě práce jsou vyvážené, neobsahují faktické chyby, pouze pár typologických překlepů, které se pochopitelně v práci tohoto rozsahu občas vyskytují. Autorku bych chtěl upozornit na nepřesné nebo nedostatečné užití některých termínů jako: „místo štěpení“ (str.16 poslední odstavec; účinek štěpení), „hight-performance liquid chromatography“ (nadpis kapitoly 6.2 a dále v textu), „extrakce na tuhou fázi“ (název a kapitola 6.3). V kapitole 7.3.1, 150 mL jakého tekutého vzorku bylo použito na úpravu vzorků? V názvu kapitoly 7.4.1 bych spíše očekával „Stanovení pektolytické aktivity – stanovení redukujících cukrů“, které je následně popisováno v této kapitole. Také popis pracovního postupu, jako „reakční směs se zastaví ve vodní lázni 10 min varem“ (tabulky 3 a 4) a „temperance substrátu“ (v tabulce 6) není úplně nejvhodnější. Dále bych chtěl autorku upozornit na neexistenci kapitoly 4.5.3 uvedené v textu na str. 42 a neuvedení EC čísla pro pepsin (str. 23 poslední odstavec kapitoly 5.2.2). Obrázky 10, 15, 16 a 21 nebyly přeloženy do češtiny. Obrázkům 16 a 21 navíc chybí citace. Vzorec dodecylsulfátu sodného na obrázku 11 obsahuje pěti vaznou síru. Autorku bych dále požádal o upřesnění, případně opravení následujících výrazů: Jak se stanovuje molekulární hmotnost atomů (str. 30, kapitola 6.4)? Matrice přidaná ke vzorku, opravdu napomáhá jeho odpařování (str. 31, první odstavec)? Co je „celková vzdálenost gelu“ (str. 48, první odstavec)? Uvedené výtky však nesnižují vysokou úroveň a odhodlání studentky, které musela vynaložit při zpracování této diplomové práce. Po prostudování předložené diplomové práce, výsledků provedených analýz, souhlasím s jejich diskusí a závěrečný shrnutím provedeném autorkou a po upřesnění či opravení výše zmíněných připomínek DOPORUČUJI předloženou PRÁCI K OBHAJOBĚ.

eVSKP id 33553