Pro spuštění projektu je třeba mít nainstalovanou knihovnu JDK verze 10.0.2 a knihovnu JCuda.

Spuštění funkce NUFFT lze spuštěním třídy RunDebug.java, která načítá vstupní data z uloženého souboru dat z MATLABu "mData_21_2100". Pro testování ostatních funkcionalit (testy jsou ve třídě zapoznámkované) lze načíst místo tohoto souboru soubor dat "mData_test", kde jsou z MATLABu uloženy i další proměnné. Soubor dat "mData_large" obsahuje data pro výpočet SVD.

Třída Functions.java obsahuje veškeré vypracované implementace kódu rekonstrukčního modelu v jazyce Java.

Třída FunctionsParallel.java obsahuje paralelizovanou implementaci metody NUFFT a pomocné funkce.

Třída Matrix1D.java je pomocná třída pro přístup k matici dat a jejím rozměrům.

Třída MatlabData.java převádí data z programu MATLAB do jednorozměrného vektoru a ten spolu s rozměry původní matice ukládá do Hash mapy.

Třída MatlabInstance.java je pomocná singletonová třída pro zamezení spuštění více instancí programu MATLAB najednou.

Třída SaveMatlabVariables.java slouží k jednorázovému uložení dat z programu MATLAB (spuštěním runCS_rekonstrukce_dynamika_save_data.m) do souboru bez přípony. Je zde možno vybrat potřebné proměnné k uložení a nastavit jméno ukládaného souboru. 