LACKO, D. Predikce vlivu mutací na imunogenicitu proteinů založená na strojovém učení [online]. Brno: Vysoké učení technické v Brně. Fakulta informačních technologií. 2024.
Jedná se o velmi náročnou práci, jejíž výsledky předčily mé očekávání. Samotná technická zpráva je navíc psaná anglicky na vysoké úrovni. Doporučuji tedy hodnocení stupněm A a návrh na další ocenění.
| Kritérium | Známka | Body | Slovní hodnocení |
|---|---|---|---|
| Informace k zadání | Zadání patří k velmi obtížným. Lidský imunitní systém je jedním z nejsložitějších biologických systémů a student mu musel porozumět do velké hloubky, aby na projektu mohl začít vůbec pracovat. Stejně tak data jsou značně komplexní se širokým spektrem imunitních odezev, epitomů a analýz. | ||
| Práce s literaturou | Student dostal několik vstupních bodů, ostatní literaturu si pak dohledával sám. | ||
| Aktivita během řešení, konzultace, komunikace | Student byl po celý čas řešení aktivní a dodržoval dohodnuté termíny. | ||
| Aktivita při dokončování | Práce byla dokončena v předstihu a dostatečně konzultována. | ||
| Publikační činnost, ocenění | Za připravení datasetu si student vysloužil poděkování v publikaci "Learning to design protein-protein interactions with enhanced generalization", publikované na ICLR (rank A*). Bude navíc spoluautorem dalších dvou připravovaných publikací. |
Jedná se o velmi pěknou diplomovou práci, která se zabývá novým nástrojem pro predikci vlivu mutace na imunogenecitu proteinu. Oceňuji zejména kvalitní návrh a implementaci výsledného nástroje a v neposlední řadě také velmi originální přístup při tvorbě datové sady i samotného nástroje s využitím předtrénovaného modelu ESM2. S přihlédnutím na značně obtížné zadání a kvalitně zpracovanou technickou zprávu hodnotím stupněm výborně (A) a doporučuji komisi zvážit případné ocenění této práce.
| Kritérium | Známka | Body | Slovní hodnocení |
|---|---|---|---|
| Náročnost zadání | Cíle práce bylo vytvořit datovou sadu a nástroj pro predikci vlivu mutace na imunogenecitu proteinu. Zadání považuji za značně obtížné jelikož se jedná o zcela novou oblast, kde prozatím není dostatek experimentálních dat ani nástrojů. Student se tak musel potýkat s řadou nových výzev. | ||
| Rozsah splnění požadavků zadání | |||
| Rozsah technické zprávy | |||
| Prezentační úroveň technické zprávy | 85 | Prezentační úroveň technické zprávy je na velmi dobré úrovni . Struktura i návaznost jednotlivých kapitol jsou v pořádku. Samotný text práce je dobře čitelný a snadno pochopitelný. Jedinou výtku mám k malému počtu použitých obrázků , které by se hodily např. v teoretické části při popisu principů fungování imunitního systému nebo také v praktické části při popisu zakódování vstupních dat, architektury použitého modelu, apod. | |
| Formální úprava technické zprávy | 95 | Text práce je napsán v anglickém jazyce na velmi dobré úrovni. Podobně i po typografické stránce není práci co vytknout. | |
| Práce s literaturou | 95 | Seznam literatury je tvořen primárně z kvalitních časopisecký publikací . Autor používá odkazy na tuto literaturu vhodným způsobem a správně v textu odděluje vlastní přínos od převzatých informací. | |
| Realizační výstup | 100 | Výstupem práce je nová datová sada a nástroj pro predikci vlivu mutace na imunigenecitu proteinu. Návrh i implementace toho nástroje jsou provedeny velmi kvalitně. Oceňuji velmi zajímavý a originální způsob pro získání datové sady a také způsob využití předtrénovaného modelu ESM2. | |
| Využitelnost výsledků | Výstupy práce jsou experimentálního charakteru . Jedná se pravděpodobně o první nástroj tohoto typu na světě , jehož kvalitu bude potřeba dále ověřit na úrovni laboratorních experimentů. Nepochybně však má potenciál být předmětem zájmů jak vědecké komunity, tak i komerčních partnerů. |
eVSKP id 157051