OWEIS, K. Klasifikace bakterií z numerických reprezentací genomu [online]. Brno: Vysoké učení technické v Brně. Fakulta elektrotechniky a komunikačních technologií. 2019.
Diplomová práce studenta Kamila Oweise se zabývá tématem delineace bakterií, což je laboratorní či výpočetní způsob rozlišení mezi jednotlivými druhy bakterií. Práce má od úvodu po závěr 65 stran textu. Po formální stránce je práce na průměrné úrovni. Je zde množství různých chyb, jako je např. nesprávné číslování stran od úvodu, různá kvalita obrázků (některé obrázky jsou zbytečně moc velké), začátek kap. 5.1.1 je psán jiným fontem, několik nejednoznačných či trochu nepřesných a zavádějících tvrzení. Kvalita samotného textu teoretických kapitol je dobrá, text je srozumitelný. Mám výhrady k některým tvrzením v praktické části práce. Např. na str. 41 student tvrdí, že Euklidovské vzdálenosti se mezi druhy liší v řádech desítek a někdy i desetitisíců, přičemž však takto velkých vzdáleností z normalizovaných diferencí nelze dosáhnout. Student přistupoval k řešení práce aktivně. K řešení práce bylo potřeba nastudovat množství odborné cizojazyčné literatury, s čímž měl student drobné obtíže, avšak problematiku nakonec v dostatečné míře pochopil. Zadání práce bylo splněno, i když byly některé body zpracovány značně minimalisticky, ale i tak práce přinesla několik hodnotných poznatků.
Student Kamil Oweis se ve své diplomové práci zabýval klasifikací bakterií na úrovni druhu. Práce má 65 stran a musím vytknout využití nadbytečných slov, tzv. vaty („trochu si přiblížíme“ apod.), rozepisování jasných věcí (výpočet průměru) a někdy výskyt nesmyslných vět. Rovněž obrázky mají nekonzistentní, někdy velmi nízkou kvalitu a formátování tabulek také není konzistentní. Autor cituje 37 literárních zdrojů převážně časopiseckých. V teoretické části práce bych vytkl nedostatečné vysvětlení principu popisovaných metod pro delineaci, které se omezuje na obecné informace, ale neobsahuje daleko přínosnější detailní popis fungování metod. Kapitola o numerických reprezentací a její praktické realizace by snesly značnou redukci – kapitola 4.1 je zbytečná, grafické znázornění reprezentací mohlo být zahrnuto do kapitoly 3. V praktické části si student vybral několik distančních metrik k vyhodnocení podobnosti mezi genomy. Dále na dostatečném množství genomů s aplikací různých numerických reprezentací vyhodnotil distanční metriky se statistickým výstupem. Klíčovým aspektem delineace bakterií je zvolení prahu, při kterém konstatujeme bakterie za příslušníky stejného rodu/druhu či nikoliv. Zvolením tohoto prahu se autor podrobně zabývá. Výsledky jsou tak dostatečně diskutovány. Student se zabývá srovnáním se state-of-the-art nástrojem GGDC a výsledky jsou dobře diskutovány, škoda jen že nezahrnul i další nástroj pro srovnání, jak bylo požadováno v bodě zadání 6. Zadání diplomové práce však považuji za splněné a v souladu se zvoleným tématem. Práci hodnotím stupněm D (60 b.)
eVSKP id 118345