DOFKOVÁ, K. Analýza genů pro ribozomální RNA u variet Brassica napus (řepka olejka) [online]. Brno: Vysoké učení technické v Brně. Fakulta chemická. 2011.

Posudek vedoucího

Kovařík,, Aleš

-

Posudek oponenta

RNDr.Roman Matyášek, CSc.

• V Úvodu mate větu “Stávají se výborným materiálem pro studium, protože u nich byla popsána řada epigenetických jevů jako je jadérková dominance, metylace DNA, aktivace transposonů, umlčení transgenu a mnoho dalších. Co znamená popsána? Myslíte tím objevena? Všechny tyto jevy s výjimkou jadérkové dominance jsou známy i u diploidů. Proč jsou tedy polyploidní druhy podle Vás tak významné. Byla methylace DNA nebo umlčení transgenu popsána (objevena) u polyploidního druhu? • Podle jakého kriteria byly vybrány variety pro sekvenační a metylační analýzu? Proč například pro sekvenování nebyly zvoleny variety pokud možno co nejvíce odlišné co se týče obsahu rodičovských rodin rDNA. • Odpovídají výsledky sekvenační analýzy výsledkům Southernovy analýzy? • V odstavci 6.2. je věta “Abychom se přesvědčili, že v hybridech jsou oba rodičovské promotory funkční, provedli jsme jejich sekvenační analýzu”. Mě by zajímalo jak lze zjistit ze sekvence zda je promotor daného rRNA genu funkční. • Na obr. 7 (mimochodem v textu uveden jako obr. 6) jsou vyfoceny listy jednotlivých variet. Nevím proč je tento obrázek uváděn když není v textu nijak konkrétně okomentován. Bylo by vhodné alespoň uvést že se jedná o reprezentativní tvar listu dané variety. Já se ptám, zda jsou nějaké statisticky významné rozdíly v morfologii listů jednotlivých variet. • Proč nebyla analyzována variabilita obsahu jednotlivých rodičovských rDNA rodin uvnitř variet? Já si dovedu představit že i uvnitř dané variety může být značný rozptyl (viz Dadejová et al. 2007 – mimochodem proč tato práce není citována?) a pak tvrzení o rozdílném obsahu rodičovských rDNA rodin v jednotlivých varietách nemusí být statisticky opodstatněné. Jestliže bychom chtěli dělat závěry o různém či stejném obsahu rodičovských jednotek rDNA u jednotlivých variet bylo by nutné udělat statistickou analýzu tj. udělat podobnou analýzu jako je na obr. 10 u nejméně pěti jedinců každé variety a vypočítat vhodné statistické parametry ať už popisné nebo srovnávací. • Obr. 10: je zřejmé že se jedná o několik různých elektroforetických gelů které jsou pospojovány do jednoho celku. Tento způsob prezentace není úplně vhodný ba naopak matoucí neboť prostřední proužek se pak zdá být velmi variabilní co do elektroforetické pohyblivosti. Proč nebyly všechny vzorky analyzovány na jednom gelu? Eventuálně měly být jednotlivé gely uvedeny odděleně nejlépe s délkovými standardy. • Co je to částečně homeologní. str. 42 uprostřed • Tab 6.: proč není uvedena koncentrace emPCR produktu? • Který octan tj. sodný nebo amonný se používá při izolaci genomové DNA CTAB metodou a proč? • Odst 2.2. 3odst: ...co se myslí výrokem …a to v zygotě nebo gametách? Další připomínky k jednotlivým odstavcům Abstrakt: • poslední věta česky……mají vyšší hodnotu methylace….by se mohlo vyjádřit výstižněji třeba…….mají vyšší průměrný obsah methylcytosinu…….. • v české versi chybí v druhém odstavci druhá věta (ITS) • první věta anglicky: parentel……parental Obsah • Zbytečné členění kapitol 2.1., 2.3., 2.3.1., 2.3.2, 2.3.3 a 4.3.6. na jedinou podkapitolu 2. Teoretická část • Legenda Obr. 1. Schéma popisující…….Schéma, popisující Z tří…..ze tří 2.2. • 1odst,3věta:……zvířat, ale……živočichů, nicméně…… • 2odst, 4v: použít slovo naopak je nelogické pak by u allopolyploidů muselo logicky dojít ke snížení počtu chromosomů. A dále, u allopolyploidů nejsou zmnoženy chromosomové sady různých druhů nýbrž jsou přidány (spojeny) • Legenda obr. 2: F1 není polyploid proč je ohraničen přerušovanou konturou? • Poslední věta: ……..polyploidizaci byla……..polyploidizace byla……. 2.3. • 2.odst.1.v: možná by bylo výstižnější použít “subjaderná struktura” neboť se jedná o jaderný útvar • obr 3. Z obrázku není úplně zřejmý vztah mezi jadérkem, sekundární konstrikcí a NOR (tam není vůbec znázorněn) – tento vztah dobře vystihuje např. obrázek v Pikaard (2002) The Arabidopsis book. 2.3.1. • První věta: …..jev… která směřuje…….. …..jev…který směřuje • 1o,poslední věta: …….neprobíhá nejenom…. ….probíhá nejenom…. • 2o,2v: jestli jsem tento odstavec dobře pochopil tak bych místo „chromosomu“ bych použil „lokus rDNA“ 2.3.1.1. • 2o,poslední v: je potřeba hned na začátku věty říci že se jedná změny v rDNA. Tak jak je to prezentováno by čtenář usoudil spíše že se jedná o přechod celého jednoho genomu na druhý • 1o,2v:……v řadu rozličných událostí…. lépe …..v řadu rozličných konečných stavů….. 2.3.3. • sedmý odstavec je nadbytečný – měl by být buď úplně vypuštěn nebo vhodně spojen s odstavcem 3 ke kterému kontextem náleží • 4.o,poslední v: SAH je kompetitivní inhibitor methylázy. SAH není inhibitorem další metylace protože je odstraňován přítomnou hydrolázou. 2.3.3.1. • allotetraploid Brassica napus • butyrát …možná chemicky lépe…. butanoát 3. Cíle práce • první paragraph: - A a C jednotek čeho? Asi rDNA • třetí paragraf: lépe - mapování pozic mC v IGS………… 4. Experimentální část Tabulka 1. forma jarní a ozimá 4.3.1 • slovosled: Při teplotě 60 C byla….. • obr/min lépe ot/min • octan sodný……. Používá se octan amonný • obsah byl slit……supernatant byl slit (to byste tomu dala kdybyste vyhodila obsah) • v 400…..ve 400 • není popsáno jak probíhala extrakce fenolem • podobně co se dělo po přidání směsi chloroform-izoamylalkohol V diplomové práci je potřeba metodu popsat tak aby se podle popsaného postupu mohlo přímo pracovat a došlo se k výsledku 4.3.2. • proč bylo přidáno 1/10 6x nanášecího pufru? 4.3.3. • koncentrace ……množství • prohozené tabulky 2 a 5 • přidáván po dvou dávkách……..přidáván ve dvou dávkách 4.3.4. • právě jedna …….pro jistotu je lepší zdůraznit jedna a méně protože na tu jedničku se těžko dostanete 4.3.4.3. • vodný roztok diethyletheru… musí být …diethylether nasycený vodou…..což je ta horní fáze 4.3.5.2. • nenašel jsem složení LB ani SOC média • 15-18 hodin ……..15-18 hodinách 4.3.5.3. • klonovaní místo…….klonovací místo • do mikrozkumavek obsahující …….obsahujících • Místo PCR produkty byly detekovány spíše analyzovány • Senvence…….sekvence 4.3.6.1. • není uvedeno pH hybridizačního roztoku 4.3.7. • Složení PCR směsi, která běžela…….? Kdo kam běžel? Objem je patrný z tabulky 5. Výsledky 5.1. • opakování úvodu • poslední věta:…….provedena v různých…… …provedena u různých….. 5.1.1. • první věta je neúplná a nedává moc smysl na to že je úvodní: asi spíše takto: Pro analyzu bylo použito celkem 12 vzorků genomové DNA, z toho 10 variet B. napus a dva rodiče. • Na obr 6 je blot, zřejmě se jedná o obr. 7 • Obr.8. proč není provedena kontrola integrity DNA diploidních rodičů. Dále by bylo vhodné uvést koncentraci gelu asi agarozového – ta není uvedena ani v experimentální části 5.1.2. • O1,v1: nejprve štěpena a pak co? Jestliže použijete slovo nejprve pak čtenář čeká že něco bylo potom. Asi rozdělena elektroforézou že? • O2,v2: …..vyhodnocena v programu….. vyhodnocena programem…… 5.2. • …..z tří variet….. ……ze tří variet…. 6. Diskuse • První odstavec: co to je intra- a intergenové části…….je potřeba použít asi slovo mezerník • Nevím jestli by nebylo možno nalézt více české slovo k marker – délkový standard 6.1. • první věta: ale na obrázku 9 ja znázorněna proba k ITS1 • pátý řádek: co je to „velké bandy“ přece to lze vyjádřit česky třeba jako „různě dlouhé hybridizační proužky“ slovo band by se v češtině neměl vůbec používat 6.2. • str 42 předposlední řádek: …..k přeměně jednoho rodičovský genom… • str 44 předposlední řádek:……a navození jadérkovou dominanci….. • str 42 v každé kapénce může být maximálně jedna molekula templátu nikoliv „maximálně pár“ 7. Závěr • Cílem mojí diplomová práce bylo……… • Možná by bylo lepší místo „analýza promotorů polymerázy I“ použít promotoru pro polymerázu I. Prostě vyjádřit to tak, že nejde o promotor genu pro polymerázu I ale o promotor rRNA genu na který nasedá polymeráza I Seznam literatury • 2. 1938…správně….1983 • 25, 60. beat… správně .. .wheat

eVSKP id 33195