BEČIČKA, M. Analýza dat získaných z genotypizačních esejí z real-time PCR [online]. Brno: Vysoké učení technické v Brně. Fakulta elektrotechniky a komunikačních technologií. 2018.
Předmětem práce pana Martina Bečičky byla analýza dat získaných z genotypizačních esejí z real-time PCR, konkrétně seznámení se se standardem RDML a návrh uživatelské aplikace pro zpracování výstupů z PCR přístrojů. První část práce, která se zabývá příslušnou teorií, je kvalitně zpracovaná a představuje problematiku PCR a RT PCR, rovněž představuje strukturu standardu RDML. Druhá část práce se věnuje návrhu programu v prostředí Matlab, který umožňuje práci s importovanými RDML daty a základní analýzy v sestaveném uživatelském prostředí. V této části bych očekával více pasáží věnujících se samotnému popisu programu a zvolených algoritmů. Na to, že se jedná o původní program studenta, je popsán velmi stroze. Navržený software neumožňuje analyzovat výstupy podle strmosti amplifikačních křivek, nicméně zadání práce bylo splněno a výstup práce představuje funkční software, pomocí kterého lze analyzovat výstupy z libovolného stroje, který umožňuje export do RDML. Po formální stránce mám výhrady pouze ke kvalitě a čitelnosti některých obrázků, množství použité literatury považuji vzhledem k charakteru práce za dostačující. Většinu důležitých a potřebných informací získal student konzultací na pracovišti LF MU, pro které bylo téma řešeno. Práci studenta Martina Bečičky navrhuji hodnotit známkou „velmi dobře“ / B.
Student se zaměřoval na metodu real-time PCR a jejím využitím pro genotypizování pomocí hydrolyzačních sond. V první části práce představil úvod do problematiky, kdy vysvětluje základy metody a strukturu dat určených k dalšímu další zpracování. Kapitoly jsou v práci řazeny logicky, text je přehledný a výstižný. Teoretický úsek je dostatečně citován. Jedním z nedostatků je pouze občasně užitý text malých rozměrů nebo grafických prvků malých rozměrů v obrázcích a tím snížená čitelnost obrázků. Nečitelný je např. celý obrázek Obr. 4.3 z praktické části. Pokud jsou tento nebo další snímky v práci přítomny a mají vyjadřovat nějaké informace, měly by jistě být čitelné. Pak poukazuji na užité odkazy na zdroje literatury. Odkazy na citace užité v textu by neměly být přítomny jen “symbolicky” na konci podkapitol nebo delších textových úseků, ale citovány by měly být cíleně konkrétní úseky a převzaté informace. V praktické části bylo vyhotoveno grafické uživatelské prostředí, které obsahuje všechny části potřebné pro načtení dat, extrakci dat, proložení bodů křivkami a vizualizaci křivek, provedení end-point analýzy. Student funkce vhodně doplnil o výběr chybných křivek pro jejich manuální odstranění a o export dat. Programové vybavení ale naopak postrádá vhodné pokročilejší volby parametrů křivek pro zpracování. V grafech vizualizace křivek také chybí popisky os. Dle zadání, konkrétně bodu 5, kdy mělo dojít k testování programu na reálných datech, bych předpokládal, že v práci bude tato případová studie přítomna. Kapitola 5 Diskuse výsledků ale v práci působí jako závěr práce. Mimoto hodnotím zadání jako splněné a práci celkově hodnotím jako velmi dobrou.
eVSKP id 111132