JUGAS, R. Metody pro vylepšení genomového sestavení založené na signálovém zpracování [online]. Brno: Vysoké učení technické v Brně. Fakulta elektrotechniky a komunikačních technologií. 2016.
Student Robin Jugas se ve své práci zabývá velmi aktuálním a zároveň komplikovaným problémem vylepšení genomových sestavení. Teoretická část práce postupně pojednává o vlastnostech DNA, sekvenačních technologiích, nástrojích pro genomové sestavování a numerických reprezentacích DNA. Dohromady tvoří tato rešerše velmi hodnotný celek, který je podložen dobrou prací s literaturou. Jedinou drobnější výtku mám k tomu, že by čtenář mohl být lépe připraven na to, jaká data vstupují do dále navrženého algoritmu, zejména co se týče reverzně komplementárních sekvencí. V praktické části student navrhl, realizoval a odzkoušel vlastní metodu pro vylepšení genomového sestavení. Výsledky ukazují, že navržený přístup nepracuje úplně ideálně. Na vině je dle mého názoru až přílišná snaha o zjednodušení výpočetní náročnosti, která má za následek, že překryvy odlišné délky, než je předem nastavená délka okna, jsou detekovány s menší spolehlivostí. Ověření funkčnosti metody je celkem vyhovující, výsledky jsou ale bohužel velmi málo diskutovány. Byť všechny body zadání pokládám za splněné, myslím, že student nevyužil plný potenciál zadání, a to zejména kvůli nižší snaze konzultovat průběžné výsledky. Po formální stránce je práce na průměrné úrovni, je sice logicky členěna, ale obsahuje nezanedbatelné množství překlepů a dalších prohřešků, například latinské názvy nejsou psané kurzívou, v rovnici 4.4 jsou proměnné označeny jako vektory, byť se o vektory nejedná aj. Přes uvedené výhrady musím podotknout, že práce přináší několik poznatků, které jsou na poli genomových sestavení novinkou, a proto práci doporučuji k obhajobě.
Student Robin Jugas se ve své práci zabýval problematikou metod pro sestavování genomů představující zpracování extrémně velkého objemu dat. V předložené diplomové práci je velmi důkladně a přehledně zpracovaná rešeršní část popisující vlastnosti DNA z pohledu molekulární biologie, ale zejména jednotlivé sekvenační technologie členěné podle vývojových generací, dále výpočetní nástroje pro sestavování genomů a krátce také možnosti numerické reprezentace sekvencí popisujících DNA. Experimentální část práce pak popisuje návrh a implementaci vlastní metody pro sestavení genomu řešící některé problémy současných metod. Bez ohledu na dosažené výsledky je nutné konstatovat, že návrh je založen na logickém základě a sleduje zadání diplomové práce, byť vlastní výsledky nejsou přesvědčivé z hlediska efektivity metody. Realizovaná metoda je ověřena a její vlastnosti jsou stručně, ale dostatečně dokumentovány v části výsledků. Postrádám ovšem důkladnou diskusi v samostatné kapitole, kde by byly výsledky zhodnoceny, porovnány se současnými řešeními a zdůvodněna pozitiva a negativa navržené metody. Po formální stránce práce vyhovuje, jen v některých částech jsou k nalezení formulační nedokonalosti, nicméně na akceptovatené úrovni. Oceňuji zejména volbu a využití relevantní literatury a snahu o vytvoření originálního přístupu.
eVSKP id 93530