PÁNKOVÁ, O. Výpočet pokročilých difusních parametrů šedé hmoty mozku z DKI MRI obrazů [online]. Brno: Vysoké učení technické v Brně. Fakulta elektrotechniky a komunikačních technologií. 2019.
Práce studentky Olgy Pánkové se zabývá DKI zobrazováním a jeho využitím v diagnostice onemocnění šedé hmoty mozku. K úvodním kapitolám nemám větší výhrady. Kapitola popisující kurtózní parametry obsahuje některá nepřesná vyjádření (např. pojem „počet hodnot kurtózy“). Kladně hodnotím kapitoly, které se věnují rešerši neurologických onemocnění ve vztahu k DKI, možnostem předzpracování difusních MRI dat a rešerši softwarových nástrojů. Studentka si vybrala dva nástroje (ExploreDTI a DKE), se kterými dále pracovala. Vytvoření dokumentace a výsledný skript pro ovládání softwaru DKE považuji za povedené a přínosné pro potenciální nové uživatele, protože tento software sám o sobě není intuitivní a uživatelsky přívětivý. Kapitola 8 obsahuje různé varianty parametrických map, pro lepší možnost subjektivního srovnání by bylo vhodné doplnit rozsah hodnot jasu. Dále se studentka zaměřila na konkrétní využití získaných parametrických map pro možnou diagnostiku Parkinsonovy choroby. V této části práce bylo (nikoliv vinou studentky) k dispozici malé množství dat, s tím se však korektně vyrovnala použitím neparametrického testu. Diskuse je poměrně povrchní a v některých bodech zcela elementární a zasloužila by si rozvést. Rozsahem je práce spíše kratší. Obecně jsem očekávala větší samostatnost a kreativitu studentky při vypracovávání praktické části práce. Během práce studentka několikrát narazila na limity svých znalostí, ať už v pochopení matematických a fyzikálních principů, programování nebo porozumění anglickému textu. Studentka pravidelně chodila na konzultace, spíše se však jednalo o předávání pokynů, než o konstruktivní debatu. Po formální stránce není práce zcela konzistentní, např. zkratky jsou v některých kapitolách psány kurzivou, v jiných ne. Soupis literatury byl automaticky generován citačním manažerem (snad kromě zdroje 23) a obsahuje i internetové zdroje, kdy u většiny z nich bylo možné najít relevantní ekvivalent v odborné literatuře. U některých zdrojů se vyskytují překlepy, vzniklé pravděpodobně při ručním zadávání. Navzdory všem výše zmíněným výtkám je z mého pohledu zadání práce v základním rozsahu splněno. Hodnotím D/65 bodů.
Studentka se ve své práci zabývá výpočtem pokročilých difúzních parametrů z difúzního kurtózního zobrazení magnetickou rezonancí. Hlavním cílem práce by mělo být zvolit, zhodnotit a diskutovat odhady parametrů z volně dostupných softwarů. Součástí práce je teoretický rozbor problematiky DWI, DTI a DKI na průměrné úrovni (kapitoly 1-5), kde bych vytkl hůře přehledný popis uvedených rovnic nebo i nejednoznačnost zavedených proměnných (např. ADC a D_app, které i přes fakt, že se v různých literaturách používá obojí, působí rušivě). Naopak kladně hodnotím text, který je psán čtivě a srozumitelně. Nicméně mi zde chybí přehled a popis metod pro výpočet nejrůznějších parametrů (např. „Multiple Gaussian Compartment Model“). Kladně hodnotím kapitolu 6, kde studentka popisuje předzpracování dat a uvádí přehlednou rešerši o volně dostupných programech pro výpočet DKI parametrů. V kapitole 7 jsou uvedeny návody pro použití dvou studentkou zvolených volně dostupných programů. Dále je navrženo funkční řešení (implementace) jednoho z algoritmů bez využití GUI pomocí příkazového řádku. Zde je uveden dle mého názoru až příliš podrobný popis jednotlivých funkcí (např. transpozice matice). Navíc, i když je vytvoření dokumentace přímo v zadání, by bylo pro lepší přehlednost celou kapitolu spíše zařadit do příloh. Statistické vyhodnocení uvedené v kapitole 8 (Ověření funkčnosti) považuji za nedostatečné, kde studentka v rámci kapitoly 8.1 uvedla na čtyřech stránkách (16 obrázků) ukázky, nicméně v textu se na tyto výsledky odkazuje jen letmým odkazem („mapy byly vytvořeny, viz obrázky 9-24“, pozn. str. 44). Zcela mi chybí jakákoli snaha o subjektivní zhodnocení těchto výsledků, popis jednotlivých obrázků či diskuze jejich rozdílů mezi metodami, nedostatků či chybových částí. V následující kapitole 8.2 studentka uvádí využití těchto vypočítaných parametrů na reálném příkladu – změna difúzních parametrů u osob s Parkinsonovou chorobou (PCh). I když tato část práce není přímo součástí zadání, oceňuji, že studentka využila unikátnosti dostupných dat a provedla toto vyhodnocení (i když výsledné statistické zhodnocení neodpovídá očekávanému výsledku). Zde bych podotkl, že v kapitole 8 zabývající se statistickým vyhodnocením (hlavním cílem práce) je rozsah textu 2,5 stránky, přičemž poměrná část rozsahu tvoří právě analýza příznaků Parkinsonovy choroby, která není oficiálně součástí zadání. Zde bych spíše ocenil rozsáhlejší subjektivní, případně alespoň i pokus o objektivní zhodnocení dvou zvolených softwarů, vliv předzpracování a korekce artefaktů na výsledné odhady parametrů. V této části si myslím, že studentka nevyužila velkého potenciálu pro statistické vyhodnocení rozdílů mezi algoritmy, které nahradila podobně nedotaženou problematikou zabývající se aplikací odhadu parametrů v medicíně. Z tohoto důvodu lze považovat bod 5 ze zadání splněn pouze částečně. Jako závažný nedostatek v předložené práci považuji neúplné citace neodpovídající citační normě, kdy většina citovaných zdrojů neobsahuje všechny povinné údaje o zdroji (např. 15,25). Navíc, studentka cituje nevhodné zdroje (zejména internetové stránky) na místo recenzovaných publikací přímo uváděné autory na zmíněných webových stránkách (např. 35, 38, 41). Závěrem konstatuji, že práce má závažnější výše zmíněné nedostatky zejména v praktické části, která je výrazně na podprůměrné úrovni až na hranici obhajitelnosti. Nicméně práci doporučuji k obhajobě a hodnotím stupněm E 50 bodů.
eVSKP id 118371