ČURILLOVÁ, M. Analýza osteolytických nádorů páteře u pacientů s mnohočetným myelomem na datech z CT [online]. Brno: Vysoké učení technické v Brně. Fakulta elektrotechniky a komunikačních technologií. 2024.
Předložená bakalářská práce se zabývá analýzou osteolytických nádorů páteře u pacientů s mnohočetným myelomem na datech z CT. Práce je rozdělena do 8 kapitol na 49 stranách od úvodu po závěr. V rámci teoretické práce se studentka seznámila s onemocněním mnohočetný myelom a jeho diagnostikou. Popisuje principy dual-energy CT a vytváření různých parametrických obrazů. Dále studentka provedla literární rešerši radiomických příznaků v medicínských datech. Teoretickou část považuji za velmi kvalitní a nemám k ní žádné připomínky. V praktické části studentka využila dva datasety. Prvním je veřejně dostupný dataset LumVBCanSeg, jenž obsahuje data lumbální páteře s označenou trabekulární částí obratle. Na tomto datasetu studentka natrénovala s využitím frameworku nnU-Net model konvoluční neuronové sítě pro segmentaci trabekulární části obratle. Úspěšnost modelu vhodně otestovala a vyhodnotila. Model dále využila na druhém datasetu, který obsahoval klinická data pacientů s mnohočetným myelomem, pro jehož získání musela studentka absolvovat týdenní stáž ve FNB, kde se aktivně zapojila do vytváření pacientské databáze. Studentka měla z klinického datasetu dostupné různé parametrické obrazy jako jsou konvenční CT, VMI a snímky s potlačením vápníku. Provedla analýzu lézí z hlediska celých obratlů, kdy využila dva přístupy, a to manuální segmentaci a segmentaci s využitím dříve zmíněného modelu. Z obratlů extrahovala s využitím knihovny PyRadiomics příznaky, která vhodně zpracovala a vizualizovala. Provedla statistické srovnání zdravých a postižených obratlů v závislosti na daných parametrických snímcích. Na omezeném datasetu taktéž analyzovala časový vývoj lézí. Všechny dosažené výsledky, včetně mezivýsledků, vhodně vizualizuje a diskutuje. Po formální i odborné stránce je práce na velmi dobré úrovni a zároveň je psána velmi čtivou formou. Práce cituje 50 položek literatury převážně zahraničních odborných publikací, které v práci řádně cituje. Zdrojové kódy jsou přehledné, komentované a odpovídají normám v programování. Výsledky své práce studentka prezentovala na konferenci EEICT 2024, kde ve své kategorii zvítězila. Celkově studentka pracovala samostatně, byla velmi aktivní, na konzultace chodila pravidelně, vždy s konkrétními dotazy. Všechny body zadání považuji za splněné a celkově hodnotím práci stupněm A (100 bodů).
Předložená práce pojednává o analýze pacientů s mnohočetným myelomem v datech ze spektrálního CT. Práce má logickou strukturu a je členěna do osmi kapitol na 49 stranách. V úvodních teoretických kapitolách je proveden úvod do anatomie páteře, problematika onemocnění mnohočetných myelomů. Dále je proveden úvod do výpočetní tomografie (CT) a problematiky radiomiky. Trochu stranou stojí kapitola o současných trendech v oblasti extrakce příznaků. U této kapitoly bych čekal větší záběr do oblasti CT dat se zaměřením na data ze spektrálních, popř. fotonových CT. Praktická část práce popisuje zvolenou datovou sadu. Samotná práce s daty je velmi dobře zdokumentována. Práce popisuje jak manuální techniky, tak automatické postupy s využitím aktuálních postupů. Diskuze je provedena řádně. U výsledků v Tab. 7.1 mi nesedí střední hodnota (mean) Hausdorffovy vzdálenosti v kontextu následného krabicového grafu téže veličiny na obr. 7.3. Z pohledu využitelnosti je zřejmé, že u prezentovaných dat byly signifikantní rozdíly mezi zdravou a patologickou tkání na všech technikách (konvenční CT, potlačení vápníku, VMI). Analýza vlivu jednotlivých příležitostí je pro bakalářské práce z mého pohledu nadstandardní a hodnotím ji jako vysoce přínosnou v kontextu možného využití v rámci klinické praxe. Posledním krokem je analýza lézí v časových odstupech. U této části bych ocenil zobrazení i lézí B a C v přehledovém obrázku 8.1. Závěry stanovené studentkou jsou správné. Po formální stránce nemám větších výhrad. Pouze u popisku obrázku 7.14 je chybně uveden “medián” místo směrodatné odchylky. Práce cituje 50 položek, jedná se o kvalitní zdroje. Práci hodnotím jako nadstandardní, doporučuji ji k obhajobě a navrhuji hodnocení výborně (A – 96 bodů).
eVSKP id 156819