GERŠL, D. Kryo-EM: Vliv EER formátu a super-rozlišení na výsledky SPA [online]. Brno: Vysoké učení technické v Brně. Fakulta strojního inženýrství. 2024.

Posudek vedoucího

Hůlka, Tomáš

Předložená diplomová práce se věnuje problematice vlivu EER formátu a super-rozlišení na výsledky SPA. Student pracoval naprosto samostatně, což je na jednu stranu pozitivní, na druhou stranu se to však mimo jiné projevuje nemalým množstvím typografických, stylistických a gramatických chyb, kterým se dalo předejít a které celkový dojem z diplomové práce kazí. I přes tyto nedostatky však lze konstatovat, že cíle diplomové práce splněny byly a proto práci doporučuji k obhajobě s hodnocením C / dobře.

Posudek oponenta

Dobrovský, Ladislav

Předložená práce uvádí do specifické problematiky elektronové mikroskopie a zpracování obrazu. Rešerše poměrně široce představuje principy fungování a varianty elektronových mikroskopů. Některé fyzikální záležitosti jako je nutná úroveň vakuaa nejsou pro práci důležité. Zdroje literatury jsou poměrně vhodně citovány a základní pojmy jsou zavedeny co se týče fyziky; méně však aplikované informatiky. V práci postrádám jasnější vymezení vlastního řešení a rozdělení na rešeršní a praktickou část. Rozhodně bych práci neoznačil jako čtivou. V částech 3.3.2 a 3.3.3 autor volně přechází k popisu vlastních scriptů v jazyce Python, aby v části 4 o dva odstavce dále se věnoval pokračování rešerše. Diagram na obrázku 12 by mohl lépe ilustrovat, které části procesu autor zpracoval sám a na co používá dostupný software. Také jsem nedostal jasnou představu o náležitostech a obtížnosti propojení s tímto dostupným SW. Velmi bych ocenil rozáhlejší pojednání o vyvinutém SW s ukázkami kódu v textu. Skript ExtractRelionLogs.py se věnuje zpracování textového souboru, jehož ukázka není v textu ani v příloze. Velmi však oceňuji využití regulérních výrazu pro zpracování textových dat. Nesouhlasím s částí "4.6 EER vs TIFF", mezi těmito formáty existuje určitý vztah a zároveň je TIFF nedostatečně popsán a pochopen. Obrázek 21 by bylo vhodné nahradit podobným jako je obrázek 4, který bude vhodně ilustrovat binární formát uložených dat. Autor děkuje Ing. Matěji Horáčkovi, Ph.D. za vedení a pomoc při psaní práce. Vedoucím diplomové práce byl však schválen Ing. Tomáš Hůlka. V poslední větě závěru autor děkuje společnosti Thermo Fisher Scientific. Domnívám se, že by spolupráce s touto společností by měla být upřesněna již v úvodu. Jako například v diplomové práci "RÁKOCZY, Filip. Automatic forms validation with RPA. Brno, 2023.". Doporučuji v referencích na články a uvádět DOI, případně URL. Přestože je práce kompletně v angličtině, v některých referencích se objevuje český text "Přístup získán" následovaný datem s anglicky psaným měsícem. Stejně tak sv. jako sazek a č. jako číslo u sborníků. Zdroj [1] je v práci odkazován celkem 9 krát, jedná se o 800 stránkovou učebnici určenou pro doktorandy a postdoc a považoval bych za vhodné v tomto případě každý odkaz na něj doplnit alespoň číslem kapitoly. Autor konzistentně nesprávně uvádí formát TIF s jedním F v rozporu s odkazovanými zdroji, např. [36] a [52]. V části 4.6 pak přechází na verzi s oběma F a pak je dále střídá. Kapitola 4 nezačíná na začátku stránky což považuji za nevhodné a nerespektuje to doporučenou šablonu. Popisky obrázků a tabulek jsou malým šedým písmem, což také vůbec nerespektuje šablonu. Velikost fontů na některých obrázcích je poměrně malá. Kvalita obrázku 21 je bezdůvodně nízká, když se jedná o ukázkový výpis matice z NumPy a nemusí tedy jít vůbec o obrázek. Jako velký formální nedostatek shledávám nepřítomnost oficiálního zadání v PDF verzi práce a doporučuji autorovi zajistit nápravu v databázi VUT. Domnívám se, že když nejde o faktickou změnu v práci, mělo by to být umožněno. Překlepy: Str. 29: iamge - image, rastr - raster Str. 31: appliyng - applying Str. 33: mentiond - mentioned, tahnks - thanks Str. 56: madnitudes - magnitudes Práci doporučuji k obhajobě.

eVSKP id 161727