PAPALA, F. Identifikace rostlinné DNA v komplexní matrici pomocí molekulárních technik [online]. Brno: Vysoké učení technické v Brně. Fakulta chemická. 2020.

Posudek vedoucího

Němcová, Andrea

Bakalářská práce Františka Papaly pojednává o identifikaci rostlinné DNA v komplexní matrici pomocí molekulárních technik. Teoretická část práce stručně definuje danou tematiku, mohla být však víc rozpracována do hloubky. Bylo použito standartní množství odborných publikací, nicméně citovaná literatura není v textu řazena postupně. Experimentální část práce student řešil aktivně a se zájmem, kde prokázal dobré praktické dovednosti a získal hezké množství zajímavých výsledků. Bohužel, vlastní sepisování práce však bylo významně ovlivněno přístupem studenta, který nevyužíval konzultace, někdy odpovídal až po několika urgencích, a tak se dostával do vlastní časové tísně. Vlastní zpracování výsledků, jejich interpretace a diskuze je rovněž zatížena přístupem studenta bez předchozích konzultací. Práce obsahuje řadu formálních a věcných chyb. Zadání práce bylo splněno, práci doporučuji k obhajobě a hodnotím celkovou známkou "uspokojivě (D)".

Posudek oponenta

Langová, Denisa

Předložená bakalářská práce se zabývá detekcí vybraných druhů ovoce v mléčných výrobcích a dětských výživách pomocí PCR. Teoretická část práce je zpracována celkem na 9 stranách. Kapitoly na sebe logicky nenavazují a obsahují celou řadu chyb, nepřesností a neodborných vyjádření. Latinské názvy nejsou uvedeny kurzívou. Na straně 10 je jednotka nanometru uvedena nesprávně. V kapitole 2.5 na straně 13 student hovoří o hodnotách poměru neznečištěné DNA, neuvádí však, čeho se poměr týká. Také uvádí jedno rozmezí hodnot pro znečištění bílkovinami a fenoly, ty však absorbují ve spektru při různých vlnových délkách a znečištění těmito látkami v případě izolované DNA se vyhodnocuje dvěma různými poměry absorbancí. V kapitole 2.6.1 je seznam komponent pro PCR nekompletní, chybí PCR voda a pufr. V kapitole 2.7.1 by bylo vhodnější použít spojení „intenzita zbarvení“, nikoli „velikost zbarvení“. V kapitole 2.8 je, mimo jiné, uvedeno, že „Bylo navrženo několik metod založených na PCR pro identifikaci druhů v potravinách,…“ Jaké druhy máte na mysli? Experimentální část obsahuje opět celou řadu nepřesností a chyb. Seznam přístrojů není uveden správně, názvy přístrojů jsou nekompletní nebo zcela chybí. Seznam chemikálií je také neúplný, není uvedeno, jaký komerční kit byl použit pro izolaci DNA, jak byl připraven pufr pro elektroforézu, ani jaký délkový standard byl použit. V celé práci student tvrdí, že byly použity ,,Primery nespecifické – ITS2“. Toto označení primerů je nesprávné. Primery jsou specifické pro rostlinou DNA. „ITS2“ není označením primerů, ale pojí se s místem, kam tyto primery cílí. ITS je zkratka pro Internal Transcribed Spacer. Při popisu izolace DNA v kapitole 3.5.1 používá student slangových (eppendorfka) a nesprávných výrazů („kopisku“ namísto „kopista“). Také bych doporučila nepoužívat spojení „lehká centrifugace“. V kapitole 3.5.3 je uvedeno, že byla použita DNA z již dříve izolovaných a potvrzených borůvek. Nerozumím tomu, jak byly borůvky potvrzeny. V kapitole 3.5.3.1 nejsou uvedeny všechny sekvence použitých primerů, konkrétně Vm Dreb1 a Vm Dreb12. Ve všech tabulkách v kapitole 3.5.3.2 je nesprávně uvedeno opakování cyklů PCR, protože zahrnuje i iniciační krok, který je navíc nesprávně označen jako „prodloužená“. Postup přípravy gelu v kapitole 3.5.4 je neúplný, není například uvedeno, jaký byl použit pufr. V kapitole 3.5.5 HRM analýza zase chybí popis analyzovaných vzorků, alespoň použitý objem a interkalační barvivo. Výsledky jsou sepsány velmi nepřehledně. Celkově značení vzorků je nekonzistentní a je téměř nemožné dohledat výsledky pro jednotlivé vzorky napříč metodami. Obrázky gelů nejsou vhodně velikostně upraveny a není nikde popsán délkový standard, ani velikost amplikonů. Z Obrázku 11 na straně 34 nelze nic vyčíst, protože je celý rozmazaný. U většiny obrázků, na kterých jsou uvedeny křivky tání, nejsou uvedeny teploty tání amplikonů. Doporučovala bych místo slovního spojení „borůvčí DNA“ používat např. DNA izolovaná z borůvky. Z diskuze výsledků vyplývá, že student plně nepochopil, z jakých parametrů se při spektrofotometrii hodnotí čistota DNA, ani na jakém principu funguje PCR v reálném čase. Práce obsahuje 24 zdrojů. Z toho jsou 3 internetové zdroje. Citace v textu nejdou číselně popořadě a nejsou citovány dle pravidel pro psaní závěrečných prací na FCH. 3 strany z 9 stran teorie jsou ocitovány pouze 2 zdroji. Nikde v textu se mi nepovedlo dohledat zdroje [6] a [14] ze seznamu literatury. Celkově práce neodpovídá pravidlům pro psaní závěrečných prací, v celé práci je různé formátování textu (řádkování, velikost písma, font písma). Cíle práce byly splněny, avšak nebyly dobře zpracovány. Práci hodnotím známkou D - uspokojivě.

eVSKP id 123934