NYCZOVÁ, A. Analýza lokálních struktur v molekulách DNA [online]. Brno: Vysoké učení technické v Brně. Fakulta chemická. 2021.
Ve své diplomové práci se Bc. Adéla Nyczová věnovala analýze sekvencí nukleových kyselin v genomech virů z čeledi Flaviviridae a Retroviridae. V rámci své práce se nejprve věnovala literární rešerši, ve které zdárně zpracovala jaké lokálni struktury vznikají v molekulách nukleových kyselin a popsala také metody, které použila pro jejich analýzu. Jednak použité bioinformatické nástroje a také atomovou silovou mikroskopii, kterou využila k detekci těchto struktur. V první části výsledků využila několik nástrojů pro analýzu sekvencí tvořících G-kvadruplexy a křížové struktury, které analyzovala celkem u 229 virových genomů a poukázala na jejich nenáhodnou distribuci v jejich genomech. Sekvence tvoříci tyto struktury také analyzovala v plasmidové DNA pomocí atomové silové mikroskopie a získala originální výsledky, které úspěšně zpracovala ve své diplomové práci. Při vypracování své diplomové práce prokázala velmi dobrou orientaci ve studované problematice a vypracovala kvalitní teoretickou část. Dobře také popsala své výsledky, které diskutovala s ohledem na aktuální literaturu. Celkově hodnotím práci a přístup studentky jako výborný a hodnotím ji známkou A.
| Kritérium | Známka | Body | Slovní hodnocení |
|---|---|---|---|
| Využívání konzultací při řešení práce | A | ||
| Celkový přístup k řešení úkolů | A | ||
| Závěry práce a jejich formulace | B | ||
| Interpretace výsledků, jejich diskuse | A | ||
| Kvalita zpracování výsledků | A | ||
| Využití poznatků z literatury | B | ||
| Studium literatury a její zpracování | B | ||
| Splnění požadavků zadání | A |
Cílem předložené diplomové práce bylo analyzovat výskyt sekvencí potenciálně tvořících kvadruplexy a inverzních repetic v genomech virů čeledi Flaviviridae a Retroviridae pomocí bioinformatických nástrojů, vyhledat v genomech virů těchto čeledí sekvence tvořící G-kvadruplexy a křížové struktury a ty následně vizualizovat v plazmidech pomocí atomové silové mikroskopie. Práce je rozdělena na teoretickou a experimentální část. Teoretická část přehledně shrbuje současné poznatky v dané problematice a je logicky i stylisticky dobře členěna. Experimentální část přehledně prezentuje výsledky bioinformatických in silico analýz a vizualizaci G-struktur pomocí AFM mikroskopie. Závěrečná diskuze získaných výsledků je na vysoké úrovni a společně s rozsáhlou literární rešerší a logickým uspořádáním experimentů svědčí o autorčině erudici v daném tématu. Závěrem lze konstatovat, že předložená práce splňuje všechny formální i praktické náležitosti kladené na diplomovou práci a proto ji doporučuji k obhajobě.
| Kritérium | Známka | Body | Slovní hodnocení |
|---|---|---|---|
| Závěry práce a jejich formulace | A | ||
| Formální úroveň práce – celkový dojem | B | ||
| Úroveň jazykového zpracování | A | ||
| Využití literatury a její citace | A | ||
| Interpretace výsledků, jejich diskuse | B | ||
| Kvalita zpracování výsledků | A | ||
| Logické členění práce | A | ||
| Splnění požadavků zadání | A |
eVSKP id 131457