%Funkce pro sestavení assembly z kontigů na základě numerické reprezentace.
%Vstupem funkce jsou povinná pole: DraftAssembler(file, prah_korelace_max, prah_korelace_min, okno, reprezentace)
% file - ve formátu string, cesta k fasta souboru s kontigy
% prah_korelace_max - numerická hodnota popisující požadovanou hodnotu
% korelačního koeficientu (ideálně 0.75)
% prah_korelace_max - numerická hodnota popisující požadovanou hodnotu
% korelačního koeficientu (ideálně 0.50)
% okno - délka konců kontigů se kterými se počítá
% reprezentace - string 'kumul' nebo 'rozbal' pro reprezentaci kumulovanou
% nebo rozbalenou fází
% Výstupem je vektor nejlepšího řešení a pole celkového řešení s dosaženými
% skóre. 
% příklad volání funkce: DraftAssembler('data.fasta',0.75, 0.50, 1000, 'cumul')
% OTESTOVÁNO V MATLAB 2012B 64bit