COUFAL, P. Analýza vlivu odstranění šumu v diffuzně vážených MR obrazech [online]. Brno: Vysoké učení technické v Brně. Fakulta elektrotechniky a komunikačních technologií. 2023.
V práci popisuje základní principy magnetické rezonance a dMRI. Nastudoval typické i méně používané kroky předzpracování dMRI, provedl rešerši metod a nástrojů, které se používají pro odstranění šumu. Navrhnul využít pro hodnocení vlivu odstranění šumu v surových datech kontrolu kvality aplikovanou v Eddy (FSL - FMRIB Software Library), bohužel ji v teoretické části příliš neokomentoval. Pro zpracování dat se rozhodl využít knihovny nástrojů pro dMRI MTRIX3. V praktické části popisuje akviziční parametry a podrobně i postup zpracování dat. Rozebírá jednotlivé kroky předzpracování bez odstranění šumu, s odstraněním šumu s využitím i fázové složky dat. Odstranění šumu s využitím fázové složky se však z grafický výstupů v práci zdá být téměř kontraproduktivní. Student postupoval v souladu s manuálem a v omezeném časovém prostoru se nám nepodařilo najít příčinu neočekávaných výsledků. Student se podílel na nastavení měřícího protokolu, návrhu celého experimentu i vlastní akvizici dat. Postaral se i o celou organizaci (nábor dobrovolníků atd.). Předzpracoval naměřená data a vyhodnotil výstupy kontroly kvality dat. Bakalářská práce je srozumitelně napsaná, s logickou strukturou, úvodní kapitoly a zejména vyhodnocení a závěry by si zasloužily ještě dopracovat. Práce má dílčí nedostatky, které jsou však vzhledem k rozsahu a komplexitě problému v bakalářské práci očekávatelné. Zadání považuji za splněné. Student se práci věnoval svědomitě a průběžně po celou dobu semestru a věnoval jí značné množství času. Navrhuji hodnocení známkou B.
Student Petr Coufal zpracoval problematiku analýzy vlivu odstranění šumu v difuzně vážených MR obrazech. Provedl rešerši existujících softwarových nástrojů pro práci s difuzními daty. Student naměřil přiměřeně velký soubor dat pro následnou analýzu na výzkumném přístroji v laboratoři MAFIL na CEITEC Masarykova univerzita. Rozsah práce, formální a jazyková úroveň textu jsou velmi dobré. Text obsahuje jen minimum chyb (např. str. 29 chybějící překlad názvu kapitoly do češtiny, překlep str. 40: „požitím příkazu“). Student zvládá práci s literaturou, kterou cituje správně a rozsah 31 zdrojů je s ohledem na bakalářskou práci výborný. Abstrakt je psaný velmi obecně, student by zde mohl být více konkrétní (např. zmínit analyzační nástroj MRtrix3, hodnocení kvality dle SNR a CNR parametrů). V kapitole Úvod je text formulován na několika místech nevhodně a může na čtenáře působit zmateně (např. str. 12: „K zobrazování se využívá jevu nukleární magnetické rezonance (NMR) jader vodíku, protože je kvůli velkému obsahu vody v těle hojně zastoupen.“). Podobně formulované věty se objevují i na začátku následující kapitoly č.1 (např. str. 13: „Pro získávání obrazu se na rozdíl od jiných metod využívá systému magnetických polí a vysokofrekvenčních pulzů, které umožní dostat atomy v těle do specifického stavu, který je vhodný pro zpracování počítačem“). V práci jsou několikrát používány předem nedefinované zkratky: „FT“, „DW“, „DG“. Významný nedostatek práce je absence jakékoliv statistiky v kapitole Výsledky měření a diskuse. Prezentace výsledků pomocí spojnicových grafů zde není vhodná. Doporučil bych data vykreslit bodově anebo skupinově pomocí box-plot grafů. Zajímavé by mohlo být srovnání všech pěti „B hodnot“ v jednom grafu přes všechny dobrovolníky. Druhý zásadní nedostatek vidím v obsahu kapitoly Závěr. V kapitole 4.2.3 Výstupní data (str. 37) student popisuje: „U DW obrazů subjektů 1 a 9 s fázovým kódování PA došlo k chybě při zpracování.“. Pokud všechna data byla naměřena i zpracována identicky, neměl by být důvod, aby u některých subjektů nástroj fungoval a u jiných nikoliv. Případně bych očekával alespoň krátké zamyšlení v Závěru nad možným zdrojem problému. Dále ve výsledcích evidentně metoda odstranění šumu s využitím fázové složky nefungovala správně. Pokud je tato metoda v prezentovaných výsledcích zahrnuta, očekával bych i zde hlubší diskusi v rámci Závěru. Bylo by vhodné zamyslet se nad správností dat a možné příčině vzniku problému. Zda chyba není v samotném kódu výpočtu? Zda by bylo možné pro srovnání využít jiný analyzační nástroj vyjmenovaný v této práci? Případně uvažovat o možnosti porovnání s již publikovanou odbornou literaturou.
eVSKP id 150794