HRABALOVÁ, V. Charakterizace vybraných bakteriálních kmenů získaných během evolučních experimentů [online]. Brno: Vysoké učení technické v Brně. Fakulta chemická. 2020.

Posudek vedoucího

Obruča, Stanislav

Ve své diplomové práci se Bc. Vendula Chatrná věnovala evolučnímu inženýrství biotechnologicky významných producentů Cupriavidus necator a Halomonas halophila. V rámci dlouhodobých kultivačních experimentů sledovala adaptační strategie obou bakterií vůči vybraným stresovým faktorům. Je na místě poznamenat, že studentka řešila své téma v rámci běžícího projektu GAČR, navázala na předchozí dlouhodobé experimenty a stala se brzy velice platnou součástí projektového týmu. K experimentální práci studentka přistupovala velice klidně, ale zároveň aktivně a samostatně. Brzy si osvojila všechny potřebné dovednosti a postupy a to včetně experimentálně náročných stanovení enzymových aktivit. Studentka tak prokázala nadprůměrnou laboratorní zručnost a dovednost. Velice dobře se studentka popasovala také s vypracováním textové části své diplomové práce. Kladně hodnotím především její schopnost zpracovat velké množství experimentálních dat a to včetně jejich intepretace, diskuze a formulace správných závěrů. Získané výsledky budou využity jako podklad pro vypracování publikace v zahraničním časopise s IF. Proto celkově hodnotím práci a přístup studentky jako výborný a hodnotím ji známkou A.

Posudek oponenta

Sedláček, Petr

Bc. Vendula Chatrná se v předložené diplomové práci zaměřila na aplikaci konceptu evolučního inženýrství na dva bakteriální kmeny produkující polyhydroxyalkanoáty (PHA). Téma práce je bezesporu aktuální a velice zajímavé, což studentka sama v teoretické části práce dokládá odkazem na ocenění studie využívající koncept evolučního inženýrství při vývoji nových léčiv Nobelovou cenou za rok 2018. V rámci experimentální části práce se diplomantka pokusila s využitím strategie sériové kultivace vytvořit kmeny zvolených PHA producentů adaptované na vybrané stresové faktory. Úspěšnost svého snažení studentka hodnotila na základě rozsáhlé komplexní analýzy výsledných kmenů. Především právě rozsahem experimentální náplně považuji práci za výjimečnou, dle mého názoru objem realizovaných experimentů a různorodost i celkové množství získaných dat výrazně převyšuje standardní požadavky kladené na tento typ absolventské práce. Kvalitu praktické části práce nijak nesnižuje fakt, že výsledky provedených analýzy nepotvrdily výraznou změnu růstových či produkčních parametrů výsledných kmenů, ani jejich zvýšenou stresovou odolnost. Předložený text diplomové práce představuje ucelený literární útvar, který poskytuje čtenáři dostatečný vhled do teoretických základů a současného stavu poznatků řešené problematiky i srozumitelnou prezentaci vlastních experimentálních výsledků. V rámci výsledkové části práce kladně hodnotím to, že se studentka neomezuje na prosté konstatování získaných výsledků, ale pokouší se o jejich skutečnou diskusi a o formulaci vlastních závěrů. Z hlediska formální stránky práce budu přece jen o něco kritičtější. Kromě některých typografických chybiček (viz níže) práce trpí jistou stylistickou nevyrovnaností – u některých kapitol (např. popis výsledků metabolomická studie) jde stylistická úroveň tak výrazně nahoru, že se chvílemi zdá, jako by šlo o text jiného autora. Vedle toho v jiných částech práce čtivost textu snižuje větší četnost překlepů, nedokončených vět (např. str. 29: „ …v tlakovém hrnci s uzavřeným.“) a také formulačních přešlapů, často plynoucích z nevhodného překladu cizojazyčných textů (viz např. str. 19: „polymerní materiál…bude mít sklon ke křehkým zlomeninám.“). Konkrétní komentáře a drobné výtky k věcné stránce textu přikládám níže. Práci Bc. Venduly Chatrné považuji za velmi kvalitní diplomovou práci a za bezesporu cenný přínos k současnému stavu poznatků a důležitý odrazový můstek k navazujícímu bádání v oblasti evolučního inženýrství PHA produkujících bakterií. S ohledem na výše uvedené komentáře doporučuji práci k obhajobě a hodnotím ji stupněm „Výborně (A)“. Komentáře k formální a stylistické stránce textu: - Kvalita některých obrázků v textové formě je velmi špatná (např. Obr. 2, 3, 12, 34) - Označení roztoku stopových prvků MES chybí v seznamu zkratek. - Doporučuji vyhýbat se v psaném textu termínům z chemického žargonu („kultury byly sklizeny“, „vzorky byly stočeny“). - Titulky tabulek splývají s textem (vhodné odlišit např. kurzívou). - Pozor na odskoky obrázků a tabulek (např. str. 56) Komentáře k věcnému obsahu práce: - Obecně bych uvítal podrobnější vysvětlení výběru testovaných bakteriálních kmenů a použitých stresových faktorů (včetně jejich dávky), studentka může podrobněji vysvětlit v rámci obhajoby práce. - V experimentální části zcela chybí parametry analýz u chromatografických technik (GC-FID, IC, SEC-MALS). V seznamu použitých chemikálií chybí specifikace standardu PHA pro GC analýzu. - Vysoké hodnoty absorbancí u kalibračních křivek fotometrických metod (Příloha 4, Příloha 6) vzbuzují otázku, zda naměřené absorbance ještě spadají do rozsahu citlivosti techniky. - Text kap. 3.2.2. je matoucí (místo „K bakteriálnímu kmenu …bylo přidáno“ patří „K produkčnímu médiu pro bakteriální kmen… bylo přidáno“). - Ve výsledkové části chybí diskuse velkých rozdílů mezi stanoveným celkovým obsahem proteinů u jednotlivých kmenů (kap. 4.5.1). - K barevnému označení odlehlých hodnot u tab. 7 – 10 by bylo vhodné použít nějakou objektivní podmínku spíše než subjektivní hodnocení typu („hodnoty výrazně vyšší“ resp. „mnohem nižší“). - U PCA analýzy by bylo zajímavé a vhodné doplnit informaci o příspěvku jednotlivých proměnných k hlavním komponentám (grafickou nebo tabulkovou formou).

eVSKP id 122777