FIALOVÁ, A. Simulátor čtení pro bakteriální RNA-Seq [online]. Brno: Vysoké učení technické v Brně. Fakulta elektrotechniky a komunikačních technologií. 2024.
Studentka Adéla Fialová se ve své práci zabývá simulováním sekvenačních čtení z techniky RNA-Seq se zaměřením na bakterie. Nástroje pro dolování dat z bakteriálních transkriptomů jsou velmi málo rozvinuté, částečně i kvůli chybějícím nástrojům pro simulaci vhodných dat. Jedná se tedy o velmi aktuální téma. V rámci literární rešerše studentka pojednává o bakteriálních genomech, expresi jejich genetické informace a navazuje sekvenačními platformami a způsoby, jak lze u bakterií expresi měřit. Teoretická část práce je pak zakončena kapitolou, ve které popisuje 7 nástrojů pro simulaci RNA-Seq dat. Rešerše by mohla být možná více odborná, ale myslím, že čtenáře do problematiky bakteriálních transkriptomů uvádí velmi dobře, a to i díky skvělé práci s literaturou, kdy je odkazováno 61 zdrojů, z větší části odborných článků. V rámci praktické části pak studentka navrhla a v jazyce python realizovala balíček, který pro zadaný anotovaný genom dokáže simulovat sekvenaci RNA-Seq. K nástroji je dostupná i přehledná nápověda. Byť je balíček jednodušší než zavedené nástroje, na rozdíl od nich bere v potaz specifika bakteriálního genomu, například formaci polycistronních transkriptů způsobených existencí operonů. Na testovaném genomu tak funguje lépe než zavedený nástroj Polyester, což studentka prokázala porovnáním simulovaných dat s daty z reálného sekvenačního běhu pro bakterii Clostridium beijerinckii. Práci studentka průběžně konzultovala a předložila pro kontrolu rozpracovanosti. O její aktivitě svědčí i fakt, že se s tématem práce zúčastnila soutěžní konference Student EEICT 2024, kde skončila na druhém místě. Po formální stránce je práce také na výborné úrovni, obsahuje pěkné ilustrace a je bez zjevných stylistických a dalších prohřešků. Práci tedy doporučuji k obhajobě a hodnotím jako výbornou.
Bakalářská práce studentky Adély Fialové se zabývá tvorbou nástroje pro simulaci bakteriálních RNA-Seq čtení. Práce má rozsah 49 stran od úvodu po závěr a využívá 61 zejména zahraničních odborných článků. Literární rešerše je zaměřena na přehled základních pojmů spojených s genovou expresí, popis významných sekvenačních platforem a laboratorních metod pro stanovení genové exprese. V práci nechybí ani přehled aktuálně dostupných nástrojů pro simulaci RNA-Seq čtení. V praktické části studentka navrhla a implementovala vlastní nástroj pro simulaci RNA-Seq čtení s důrazem na vhodnou simulaci genové exprese u bakterií včetně polycistronních operonů, kterou ostatní dostupné nástroje nepodporují. Samotný nástroj sice neposkytuje příliš velké množství parametrů, kterými by uživatel mohl simulovat všechny aspekty sekvenačního běhu, ale pro rozsah bakalářské práce je nástroj zcela dostačující. Vytvořený nástroj je také vhodně dokumentován přímo v kódu tak i pomocí podrobného návodu, jak má uživatel simulátor používat. Funkčnost nástroje studentka v práci prokazuje řadou simulací a jejich srovnáním s původními RNA-Seq daty bakterie Clostridium beijerinckii a správně diskutuje možnosti vytvořeného nástroje. Práce je po formální stránce na výborné úrovni až na drobné chyby jako nevysvětlení zkratky RNA-Seq v první větě v úvodu nebo chybějící reference v textu na obr 1.1. Práci doporučuji k obhajobě a hodnotím ji jako výbornou A (92 bodů).
eVSKP id 159688