KRATOCHVILOVÁ, L. Analýza vazby proteinu IFI16 na DNA [online]. Brno: Vysoké učení technické v Brně. Fakulta chemická. 2023.
Ve své diplomové práci se Bc. Libuše Kratochvilová věnovala studiu nádorového supresoru proteinu IFI16 V teoretické části své práce se věnovala zejména nádorovým supresorům, proteinům IFI16 a p53 a také G-kvadruplexovým strukturám, které poté analyzovala ve své experimentální části. Ve výsledkové části přehledně prezentuje své výsledky charakterizace G-kvadruplexových sekvencí a studium vazby proteinu IFI16 na tyto struktury. Protein sama izolovala a zvádla celou řadu pokročilých molekulárně biologických metod od izolace DNA, přes transformace, izolace proteinů a až po využití kvasinkového expresního systému. Získala originální výsledky, které úspěšně zpracovala a prezentuje ve své diplomové práci a které se připravují k publikaci v recenzovaném časopise. Studentka byla v řešení projektu velmi aktivní a prokázala výbornou orientaci ve studované problematice. Celkově hodnotím práci a přístup studentky jako vynikající a hodnotím ji známkou A. (ve všech parametrech).
| Kritérium | Známka | Body | Slovní hodnocení |
|---|---|---|---|
| Splnění požadavků zadání | A | ||
| Studium literatury a její zpracování | A | ||
| Využití poznatků z literatury | A | ||
| Kvalita zpracování výsledků | A | ||
| Interpretace výsledků, jejich diskuse | A | ||
| Závěry práce a jejich formulace | A | ||
| Využívání konzultací při řešení práce | A | ||
| Celkový přístup k řešení úkolů | A |
Tato diplomová práce se zabývá vazbou interferonem gama indukovatelného proteinu 16 (IFI16) na DNA s potenciálem tvorby G-kvadruplexů. Základem teoretické části práce je literární rešerše tvořená celkem 451 citačními zdroji, kterými jsou v práce publikované v zahraničních impaktovaných periodicích. Přehledným a čtivým stylem jsou v této části sumarizovány informace o struktuře a funkci proteinu IFI16, dále úvod do problematiky sekundárních struktur DNA a jejich vazeb na protein, základní charakteristika funkce G-kvadruplexů (G4) a Vybrané metody vhodné pro charakterizace struktur G-kvadruplexů a studium interakcí proteinů s DNA. Experimentální část je zahrnuje charakterizaci sekvence syntetických oligonukleotidů s potenciálem tvorby G-kvadruplexu pomocí CD spektroskopie, ThT vazebným fluorescenčním test a elektroforetickým testem posunu mobility, dále izolovaci proteinu IFI16, který byl následně použit pro in vitro vazebné a kompetitivní vazebné experimenty s charakterizovanými oligonukleotidy a v optimalizaci modelu jednohybridního kvasinkového systému pro studium interakcí proteinu IFI16 in vivo. V závěrečné kapitole jsou výstižně okometovány výsledky experimentů a jsou doplněny o vhodná srovnání s již publikovanými poznatky. Celá práce působí uceleným a hutným dojmem a zejména rozsahem použitých metod a technik přesahuje konvenční rámec diplomové práce. Prezentace výsledků a jejich diskuze svědčí o autorčině erudici v daném tématu a dokresluje tak obraz kvalitně zpracované závěrečné práce. Lehkou kritiku pak zaslouží jen formální stránka práce, a to zejména absence prioritizace citačních zdrojů (451 citací považuji za neúměrné rozsahu práce) a návaznosti řazení citačních zdrojů, které místy působí rušivě a znesnadňuje dohledání zdrojové literatury. Na závěr nicméně lze konstatovat, že výše zmíněné minimální nedostatky nijak neovlivňují kvalitu předložené práce a proto ji doporučuji k obhajobě.
| Kritérium | Známka | Body | Slovní hodnocení |
|---|---|---|---|
| Splnění požadavků zadání | A | ||
| Logické členění práce | A | ||
| Kvalita zpracování výsledků | A | ||
| Interpretace výsledků, jejich diskuse | A | ||
| Využití literatury a její citace | B | ||
| Úroveň jazykového zpracování | B | ||
| Formální úroveň práce – celkový dojem | A | ||
| Závěry práce a jejich formulace | A |
eVSKP id 148004