BRACHTL, M. Fixace biologických vzorků [online]. Brno: Vysoké učení technické v Brně. Fakulta elektrotechniky a komunikačních technologií. 2015.
Student Martin Brachtl se ve své práci měl zabývat testováním fixačních roztoků pro biologické tkáně. V práci se nachází teoretický úvod do problematiky magnetické rezonance, jednotlivých pulsních sekvencí a je zde také popsán princip měření relaxometrie. Práce obsahuje také podrobnou rešerši na téma fixace biologických vzorků. V rámci své práce se student seznámil s ovládáním experimentálního MR přístroje na ÚPT AV ČR. Byly vybrány vhodné biologické vzorky – myší mozky, na kterých student prostřednictvím měření relaxometrie testoval účinnost fixace paraformaldehydu v průběhu několika měsíců. Student díky své důkladné literární rešerši objevil novou fixační látku - Genipin, která by díky nižší toxicitě mohla nahradit dosud běžně používaný paraformaldehyd. Vzhledem k tomu, že ke Genipinu získal student přístup až na konci semestru, nebylo v jeho možnostech zkoumat účinnost této fixace z dlouhodobého hlediska, případně experimet opakovat. Student nad rámec svého zadání vytvořil uživatelské prosteředí v programu Matlab pro analýzu naměřených snímků -T1 kvantifikaci. V rámci analýzy naměřených dat student provedl poměrně rozsáhlou statistickou analýzu, která je v práci velmi podrobně popsána. Práce je logicky členěná s návazností jednotlivých kapitol. Po formální stránce bych vytkla jenom velké množství překlepů a nesrovnalostí v automatických odkazech na citace a obrázky, které snižují dobrý dojem z jinak velmi úhledné práce. Student v průběhu semestru pravidelně docházel na poměrně dlouhá měření na magnetické resonanci. Pracoval samostatně a aktivně přistupoval k řešení dané problematiky. Práci hodnotím jako výbornou.
Předložená diplomová práce je zaměřena na testování postupů fixace tkáně a jejich vyhodnocení pomocí MRI. Rozsah a obsah teoretické části je zvolen poměrně dobře, jen k některým částem popisujícím teorii jevu magnetické rezonance mám výhrady, protože obsahují nepřesnosti. Popis pulsní sekvence RARE mohl být méně stručný, vzhledem k tomu, že se v experimentální části hojně používala. V experimentální části bylo provedeno MRI měření na vzorcích mozků myší v poměrně velkém rozsahu. Student takto získaná data korektně vyhodnotil pomocí softwaru dostupného na konzoli NMR přístroje, aby získal odhady relaxačního času T1 v několika anatomicky definovaných oblastech mozku. Následnou statistickou analýzu provedl v programu Statistica. Histogramy na str. 36 - 39 jsou velmi hrubé, mělo být použito jemnější dělení do více skupin. Z textu nebyly patrné důvody pro některé kroky, viz otázky dole. Výsledky jsou poměrně dobře diskutovány. V diskuzi mohl být uveden ještě další důvod pro náhodný charakter odhadů T1 vzhledem ke stáří vzorku, kterým je velká směrodatná odchylka odhadů pramenící z nízkého poměru signál-šum snímaných obrazů. Po formální stránce obsahuje práce poměrně hodně chyb. Místo odkazů na citované zdroje je na několika místech chybové hlášení. Chybí obraz 4 (str. 7, uveden jen titulek), v textu jsou nesprávně používané odkazy na obrazy, např. "Na prvním Obrázek 36 jsou jasně patrné..." (str. 49). I přes uvedené výtky hodnotím práci jako velmi dobrou, převážně vzhledem k objemu práce, který představuje.
eVSKP id 84404