TRNOVÁ, K. Využití konfokální mikroskopie ke studiu degradace organického barviva v buněčné biologii [online]. Brno: Vysoké učení technické v Brně. Fakulta elektrotechniky a komunikačních technologií. 2015.
Studentka nejdříve představuje literární rešerši zaměřenou na hodnocení doby života fluorescence, konfokální mikroskopii a buněčně kultury, které v experimentech využívá. Rešerše je obsahově dostatečná, je podložena dostatečným počtem použité literatury. Po odborné a formální stránce je pouze na průměrné úrovni. Studentce nejen v rešerši, ale i v celé praktické části a v diskusi nad výsledky, často chybí schopnost odborného vyjadřování a schopnost dostatečného rozboru a vysvětlení popisované problematiky. V další části se studentka zabývá vstupními snímky pořízenými konfokálním mikroskopem dvěma odlišnými metodami u několika buněčných kultur, u kterých měla zajistit analýzu. Informace jsou řazeny logicky a ukázky voleny vhodně. Ale vzhledem ke špatné čitelnosti snímků po tisku bylo vhodné snímky uměle zvýraznit nebo zvolit současně obarvení snímků. Uváděné algoritmy využité pro analýzu snímků jsou popsány velice stručně, totéž platí pro programové vybavení, které analýzy umožňuje. Z dostupných ukázek vyplývá, že je programové vybavení strohé a plní pouze nejzákladnější funkce, bez pokročilého grafického prostředí. Např. neumožňuje výběr více oblastí zájmu a jejich vzájemné porovnání, nebo správu prováděné analýzy uživatelskými vstupy s možností změny vstupních podmínek nebo výpočetních parametrů. Výsledky jsou prezentovány jen určitém rozsahu. Chybí doplňující a pokročilejší grafické výstupy, které by pomohly dosažené výsledky lépe interpretovat a proces automatizovat. Vyvození závěrů a hodnocení bylo proto prováděny pouze subjektivně, náhledem na dostupné grafické průběhy. Interpretace proto může být spojena s nemalou mírou nepřesností. Chybí také jakékoli vzájemné porovnání dílčích výsledků. Studentka na práci nepracovala průběžně, výsledků dosahovala s velkým zdržením a výsledy nebyly s dostatečným předstihem konzultovány. To se ve výsledku projevilo i na malém počtu experimentů, které byly provedeny, a na celkově nízké odborné úrovni práce.
Studentka Kateřina Trnová vypracovala diplomovou práci na téma využití konfokální mikroskopie pro hodnocení vlastností fluorescenčních měření, konkrétně změn vlastností fluorescenčních barviv v buněčných experimentech. Z formálního hlediska lze mít výhrady k volbě některých formulací, které jsou často neodborné a nepřesné. Z textu se zdá, že studentka a priori předpokládá znalost protokolu provedených experimentů, nastavení konfokálního mikroskopu, tvaru buněk vybraných k nasnímání, atp. Některé důležité aspekty proto v textu chybí. Například nejsou uvedeny časové údaje, které by přiblížily opakované experimenty a určily časové prodlevy mezi jednotlivými snímky. V kapitole 6 Naměřená data jsou sice uvedeny příklady získaných obrazových dat, nicméně v tištěné i elektronické verzi práce je obtížné (někde nemožné) určit, co se na obrázcích nachází. Například v obrázku 6.5 jsou nepochybně mezenchymální buňky, jejich tvar a umístění však lze sotva tušit. Vhodnější by bylo použít pseudobarevné vyjádření, invertování šedotónové škály nebo alespoň ruční vyznačení obrysů buňky. Podobně „nečitelný“ je obrázek 7.9. Obrázky 5.1, 5.2 a 5.3 se v práci beze změny zbytečně opakují (viz obrázky 6.2, 6.3. a 6.4). V těchto obrázcích by navíc bylo vhodné označit, co je fibroblastem, kardiomyocytem či mezenchymální buňkou, neboť ve výřezu mikroskopického obrazu se nachází řada dalších útvarů (poškozené (zhroucené) buňky, nečistoty v médiu, artefakty), které lze za buňky zaměnit. Z faktického pohledu lze mít výhrady k výsledkům analýzy změn emisního spektra barvených buněk. Například na obrázku 7.2. lze rozpoznat změny emisního spektra v průběhu času, charakterizované vynesením změny maxima spekter v závislosti na čase (obrázek 7.3). Intenzita fluorescence však překvapivě roste a je tedy otázkou zda není časová osa omylem invertována. Obdobně je to vidět na analýze emisních spekter měřených v médiu (autorkou označeno jako „mimo buňku“), např. na obrázku 8.2 b). Analýzu změn fluorescence mezenchymálních kmenových buněk v čase v rámci několika vrstev v buňce a v médiu nebylo nutné provádět a vynášet do grafů (viz obrázek 8.11). Jak autorka správně uvádí, z neidentifikovatelných důvodů byla v tomto případě získána nekvalitní data nevhodná k další analýze. Bohužel ale chybí v zadání požadovaná analýza změny polohy maxima emisního spektra v závislosti na čase, což je důležitá charakteristika. Vzhledem k tomu, že autorka maxima detekovala vlastním programem, určení jejich poloh by mělo již být snadné. V kapitole 8.4 je provedeno srovnání výsledků. Srovnání je bohužel pouze slovní (nekvantifikované) a velmi stručné. Přitom řada z údajů je dostupná z naměřených dat. Přes uvedené výhrady oceňuji snahu o provedení analýzy naměřených dat a práci považuji za akceptovatelnou.
eVSKP id 84456