Posudky závěrečné kvalifikační práce

Posudek vedoucího

Brázda, Václav

Studentka se seznámila s několika základními metodikami používanými v laboratoři. V své diplomové práci zpracovala kvalitní literární řešerši. Díky zvýšenému úsilí ke konci studia získala také celou řadu originálních výsledků, které jsou dobrým podkladem pro obhajobu její diplomové práce, kterou doporučuji k obhajobě.

Dílčí hodnocení
Kritérium	Známka	Body	Slovní hodnocení
Splnění požadavků zadání	B
Studium literatury a její zpracování	C
Využití poznatků z literatury	B
Kvalita zpracování výsledků	C
Interpretace výsledků, jejich diskuse	C
Závěry práce a jejich formulace	B
Využívání konzultací při řešení práce	B
Celkový přístup k řešení úkolů	C

Navrhovaná známka: C

Posudek oponenta

Coufal,, Jan

Předkládaná diplomová práce Bc. Michaely Valchové je zaměřena na analýzu stability DNA v prostředí různých iontů a vybraných proteinů. Cílem práce je sledovat a popsat změny ve stabilitě DNA v závislosti na přítomných jednomocných a dvoumocných iontech a proteinech. V teoretické části studentka na šestnácti stranách popisuje DNA, její strukturu, mechanismy interakcí DNA s ionty a možnosti značení DNA, které jsou v současné době hojně využívány. Následuje popis mikroskopie atomárních sil. Popisují se jednotlivé měřící módy a síly, které jsou při měření využívány. Cíle práce jsou definovány jasně a srozumitelně. Experimentální část obsahuje výsledky z nativní polyakrylamidové elektroforézy, kde si studentka ověřuje úspěšnost hybridizace DNA. Správně nahybridizované vzorky jsou dále zpracovány i pomocí HRM analýz v prostředí různých iontů a nebo proteinů. Dále jsou ukázány i výsledky z AFM, kde studentka sledovala vznik lokálních struktur. Vyhodnocení výsledků je na velmi dobré úrovni. Oceňuji zvláště statistické zpracování a přehledné tabulky. Závěry práce jsou definovány jednoznačně a přehledně. K předkládané práci mám několik výhrad. Text obsahuje velké množství formulačních nepřesností, nejasností a někdy i chyb, které do velké míry snižují jeho čtivost a srozumitelnost. To považuji za největší slabinu celé práce. V teoretické části mi také chybí kapitola o konkrétních proteinech, kterými se autorka v praktické části zabývala. Dále u materiálů a metod jsou sice uvedeny jednotlivé rozpisy pro roztoky, ale u některých rozpisů chybí, v jakém množství vody se dané navážky rozpustily. U výsledků studentka zaměňuje metody, konkrétně u nativní polyakrylamidové elektroforézy někde používá označení SDS PAGE. Také si myslím, že kontroly u pokusů HRM analýzy komplexů proteinů s DNA jsou provedeny špatně. Studentka dříve ukázala stabilizační efekty jednotlivých iontů na DNA a přidávaný protein byl určitě v nějakém pufru, který ionty obsahuje taktéž. Výsledný efekt, který je pomocí HRM pozorován, je tedy tvořen jak přítomnými ionty v pufru, tak proteinem samotným. Správná kontrola by měla místo přidávaného proteinu obsahovat samotný pufr a ne vodu. U citací bych doporučil také dávat si program na to, co citační program dělá. U některých citací jsem našel stejné ISSN a jedna publikace je v seznamu použíté literatury dvakrát. K předkládané práci bych měl také několik otázek.

Dílčí hodnocení
Kritérium	Známka	Body	Slovní hodnocení
Splnění požadavků zadání	C
Logické členění práce	C
Kvalita zpracování výsledků	B
Interpretace výsledků, jejich diskuse	C
Úroveň jazykového zpracování	D
Formální úroveň práce – celkový dojem	D
Využití literatury a její citace	B
Závěry práce a jejich formulace	C

Navrhovaná známka: C

Otázky

1. Na straně 31 autorka píše, že transformované buňky STBL4 byly inkubovány v termostatu po dobu 24 hodin. Obecně se však nedoporučuje delší inkubace než 12 hodin. Víte proč? Pozorovala jste v souvislosti s tak dlouhou inkubací někdy nějaké komplikace?
2. Co znamená zkratka RFU, které je uvedena v grafu na stránce 36?
3. Jaké je složení pufru, ve kterém byl protein p53? Čím větší množství iontů pufr obsahuje, tím větší bude mít efetkt na stabilitu DNA.
4. Co je myšleno pojmem C-motiv? Pojem je uveden na stránce 45.
5. Při diskutování výsledků studetka uvádí, že u dvoumocných iontů sledovala výrazný nárůst stability třicet párů bází dlouhého duplexu DNA, protože tyto ionty stabilizují terciární a kvarterní strukturu v DNA. Je vůbec možné, aby u DNA o takovéto délce vznikala terciární a kvarterní struktura? Dokážete silnější stabilizační vliv dvoumocných iontů vysvětlit i jinak?