PETROVÁ, V. Studium přímé aplikace nízkoteplotního plazmatu na kvasinky Candida Glabrata a bakterie [online]. Brno: Vysoké učení technické v Brně. Fakulta chemická. 2023.

Posudek vedoucího

Krčma, František

Studentka se ve své práci zaměřila na studium inaktivace společných kultur kvasinek Candida glabrata s vybranými Gram pozitivními i Gram negativními bakteriemi vlivem přímého působení nízkoteplotního plazmatu na kultury na pevném povrchu i v suspenzi. Úkoly specifikované v zadání práce naplnila a získané výsledky podstatně přispívají k celkovému poznání v oblasti působení plazmatu na komplexní mikrobiální kultury. K práci samotné studentka využívala poznatky z nejnovější literatury i konzultace s vedoucím práce a konzultantkou práce. Výsledky práce jsou přehledně zpracovány na očekávané úrovni. Závěry práce pak dávají dobrý náhled do dalšího studia této vysoce aktuální problematiky. Z výsledků získaných během této práce by měla být připravena prezentace na konferenci Akce COST PlasTHER a následně i do časopisecké publikace. Celkově lze hodnotit přístup studentky jako velmi kvalitní a je předpoklad jejího dalšího odborného růstu v rámci doktorského studia. Práci lze tedy doporučit k obhajobě.

Posudek oponenta

Kodedová,, Marie

Studentka splnila zadání práce. Samotná diplomová práce je dobře logicky členěna na jednotlivé kapitoly, i když některé kapitolky v teoretické části jsou velice krátké (např. jen čtyři řádky) a jejich tematické sloučení by omezilo opakování již zmíněných informací a výskyt propojovacích formulací. Studentka předvedla pilné studium literatury, v práci je citováno celkem 68 zdrojů, bohužel se však nevyvarovala jistých chyb při zpracování informací. Např. na straně 11 uvádí v současné době nesprávné taxonomické zařazení kvasinky Candida glabrata podle publikace z roku 1999 citující ještě o zhruba dalších deset let starší zdroje. Tyto údaje byly vyvráceny v době, kdy byly sekvenovány genomy jednotlivých kvasinkových druhů a následně bylo patřičně upraveno taxonomické zařazení mnoha druhů kvasinek včetně C. glabrata. Ta je nyní řazena do čeledi Saccharomycetaceae a rodu Nakaseomyces (Gabaldón a Carreté, 2016). Dopustila se také mnoha chyb při sepisování seznamu literatury. Nejspíše v důsledku kopírování referencí se ocitla jména autorů u publikací, které však tito autoři nenapsali (ref. 1, 5, 14, 15, 23, 40, 41, 43, 57, 67 a 68). U některých referencí naopak chybí jména autorů a názvy článků (případně jsou chybné) (ref. 9, 13, 23, 36, 44, 52, 61) nebo jsou nesprávné či zcela chybí názvy časopisů (ref. 4, 31, 52). Článek 17 je uveden znovu pod číslem 20, podobně se duplikuje článek 45 pod číslem 58. Vyskytují se taktéž chyby v popisu stránkování článků, tj. rozsah stránek okopírovaný z jiných referencí (ref. 23, 41, 52, 68), či u online vydávaných časopisů, u nichž se uvádí číslo článku místo klasického rozsahu stránek, toto číslo studentka zcela vynechala (ref. 2, 13, 15, 21, 33, 45, 47, 57, 59, 62). Latinská jména kvasinek a bakterií je nutné psát kurzívou i v seznamu literatury (ref. 3, 10 – 15, 17, 19 – 26, 28 – 32, 41, 42, 57). Ani úprava referencí není zcela jednotná – někde jsou pouze iniciály křestních jmen autorů, jinde celá jména; obdobně se na pár místech vyskytují zkratky časopisů, většinou jsou však uváděny plné názvy. Vzhledem k tomu, že se nejedná o bakalářskou, ale diplomovou práci, očekávala bych pečlivější a zkušenější přístup k citování literatury. V kapitole 3.2.1 by bylo vhodné zavést jednoduché označení (zkratku) pro NB médium s glukózou, aby se informace o přidání glukózy nemusela mnohokrát opakovat v následujících kapitolách, navíc s chybou ve skloňování. Bylo by taktéž vhodné v tabulkách 2 – 5 rozepsat složení jednotlivých médií BHI, LB, NB a MacConkey, i když byly zakoupeny jako hotové směsi, podobně jako v tabulce 1 je rozepsáno YPD médium. Pomohlo by to i pro diskusi výsledků, proč se liší výsledky na společném médiu NB a konvenčních médiích pro jednotlivé druhy. Z kapitoly 3.3 neplyne, jaký účel mají mít kalibrační křivky. Jednotka zákalu McFarland by ve větách měla být buď řádně skloňována, nebo uváděna pouze jako zkratka MFU (McFarland units), jak je tomu u jiných jednotek. V kapitole 4 je řada grafů mající popisky os ve formátu 1E+07 apod., což není příliš přehledné. Ve vědecké práci se dává přednost popiskům os ve formátu 107. Obrázky 21, 23, 35 a 36 mají v legendách neoficiální zkratky mikroorganismů (nejsou nikde zavedeny v textu, ani v seznamu zkratek), neshodují se ani s konvenčními zkratkami jako je Cg. Velká písmena CG navíc evokují zápis bází v DNA. Na straně 45 je chybný odkaz na obrázek (Obr. 17 místo 18), na straně 50 (Obr. 11 místo 12). V obrázcích 29 – 34 nejsou zakresleny chybové úsečky, nelze tudíž odhadnout, zda jsou rozdíly v počtu živých buněk signifikantní, či se jedná jen o fluktuace v rámci chyby měření. Jak je možný nárůst počtu živých buněk s rostoucí dobou ošetření plazmatem (Obr. 31 – 34)? Diplomová práce je psána jasně a výstižně s relativně malým výskytem pravopisných chyb, překlepů a anglicismů, avšak někde se vyskytují nedostatky ve skloňování či opakující se slova např. „tak“. Slova obsahující číselný údaj se píší dohromady např. sedmidenní, stonásobné. Formální zpracování práce je celkem zdařilé. Rozhodně bych však doporučila používání klasického odsazení při tvorbě odstavců, končí-li totiž text až na konci řádku, odstavce splynou bez onoho odsazení v jeden. V anglickém abstraktu je nutné psát v číslech desetinnou tečku a ne čárku, jak je tomu v českém abstraktu, aby to vyhovovalo konvencím obou jazyků. Při psaní rozsahů hodnot veličin je vhodné používat mezery např. výkon 8 – 10 W. Latinské názvy organismů je nutné psát kurzívou, i když se vyskytují v názvu kapitol. Druhová jména se píší s malými písmeny Candida glabrata, S. aureus apod. Vhodnější je používání symbolu řeckého písmene místo jeho vypisování v případě -laktamových antibiotik a -laktamázy. Zavedení zkratky CAP by bylo lepší v kapitole 2.1.12.3 (strana 28), kde se často uplatňuje, místo v nadpise kapitoly na straně 21, kde se vůbec nevyužívá. Diplomová práce obsahuje řadu velmi zajímavých výsledků, některé však vyvolávají otázky (viz níže). Bohužel se často dočteme, že vysvětlování jevu bude předmětem další studie. Možná by bylo vhodnější objasnit do detailů pár konkrétních jevů na úkor množství ne zcela dořešených směrů (např. porovnat stanovení živých buněk po působení plazmatu pomocí výsevového testu s barvením propidium jodidem, zvolené organismy rostou velmi rychle, výsledky by byly známy již druhý den). Celkově však hodnotím práci jako zdařilou a vhodnou k obhajobě.

eVSKP id 147928