VANCOVÁ, K. Detailní analýza genů rezistence na antibiotika a těžké kovy a znaků horizontálního přesosu genů u zástupců anaerobních bakterií [online]. Brno: Vysoké učení technické v Brně. Fakulta elektrotechniky a komunikačních technologií. 2023.
Předmětem bakalářské práce Kateřiny Vancové byla detailní analýza genomů s cílem vyhledat geny kódující rezistenci na antibiotika, těžké kovy či biocidy a pochopení přenosu těchto genů mezi jednotlivými bakteriemi pomocí mobilních elementů. Jednou z možností přístupu je použít veřejné databáze a na základě sekvenční podobnosti identifikovat příslušné geny a elementy. Žádná tato databáze není všeobjímající, proto měla studentka použít odlišné databáze k hledání příslušných genů u podmnožiny genomů. Výsledky různých přístupů se mohou vyskytovat ve formě tabulek, FASTA sekvencí, textových souborů, apod. Ty je potom důležité sjednotit do jednotného formátu pomoci softwarového nástroje. Na základě výsledků a následné diskuze se pak zvolí konečná kombinace přístupů pro zbylé genomy. Studentka po celou dobu pracovala velmi samostatně, téměř bez konzultací, proto ani nebylo možné diskutovat získané výsledky, i když na nedostatky již byla upozorněna v rámci své semestrální práce. V teoretické části bych pak uvítala přehled dostupných databází, nejen ty, které jsem uvedla já v zadání BP. Body zadání 3) – 5) splněny nebyly, proto doporučuji práci dopracovat. Práci hodnotím jako nedostatečnou (F, 30 bodů).
Studentka Kateřina Vancová se v rámci bakalářské práce zabývala studiem detailní analýzy genů rezistence na antibiotika a těžké kovy a znaků horizontálního přenosu genů u zástupců anaerobních bakterií. Téma práce je velmi důležité a samotné body zadání při správném zpracování mohou poskytnout zajímavé výsledky v návazné práci. V teoretické části se studentka věnuje horizontálnímu přenosu, antibiotické rezistenci a rezistenci na těžké kovy. Práce v rámci teoretické části obsahuje hned několik typografických formálních nedostatků, které by u bakalářské práce být neměly. Již úvod práce nepřipomíná bakalářskou práci, avšak populistický článek, který se neopírá o žádné konkrétní vědecký příklad. Navíc cíle práce jsou v úvodu nejasně shrnuty v rámci posledního odstavce obsahující jednu větu. Název kapitoly 1.3 ‘Trandukce’ je důkazem množství překlepů a gramatických chyb, které značně ztěžují pochopení myšlenek. Další výhrady mám např. k popisku, který je pod obrázkem 1.2, 1.3 atd. kdy není zřetelné, zda se jedná o popisek k obrázku, další odstavec nebo text součástí obrázku jako takového. Na druhou stranu oceňuji správnou práci s referencemi a použití 35 kvalitních literárních podkladů. Praktická část z hlediska bodů definovaných v zadání v rámci bakalářské práce ovšem zcela chybí. Konkrétně bod 3) je zpracován nedostatečně, popis analyzovaného datasetu – bakteriálních izolátů – je zcela nedostatečný. Čtenář nemá možnost zjistit, jaký dataset byl použit. Dále zadání práce předpokládá detekci pomocí různých databází. Autorka poté provedla analýzu pomocí databáze CARD a MobileElementFinder. Implementace vlastní navržené metody ve zvoleném programovacím jazyce (bod 4) a testování této implementace (bod 5) zcela chybí. Práce by si zasloužila dopracovat. Práci lze považovat za slabě vypracovanou do třetího bodu zadání, což odpovídá požadavkům semestrálního projektu, nikoli bakalářské práci. Proto, pro dopracování práce doporučuji odevzdání v následném akademickém roce. Vzhledem k výše uvedeným nedostatkům hodnotím práci stupněm F (30 bodů).
eVSKP id 150834