KUBÁČEK, S. Simulace elektrofyziologických experimentů [online]. Brno: Vysoké učení technické v Brně. Fakulta elektrotechniky a komunikačních technologií. 2011.

Posudek vedoucího

Rychtárik, Milan

Hlavním cílem práce studenta bylo modelování bioelektrických jevů u excitabilních buněk a především simulace měření membránových proudů a průběhů impulsů akčních napětí metodami voltage clamp, current clamp a patch clamp. Toretický úvod je dostatečně obsáhlý a zahrnuje všechny oblasti nutné k základnímu pochopení dané problematiky. Na místo převážně vlastních formulací se však tento text omezuje na přepisování a překládání z několika málo zdrojů. Práce s literaturou mohla být tedy výrazně lepší. Student ačkoliv pracoval převážně samostatně, práci ale věnoval méně času než si toto téma zasluhovalo. Ze dvou požadovaných modelů bioelektrické aktivity srdečních buněk tak byl nakonec realizován pouze jeden, bohužel ten jednodušší a to model Luo-Rudy 1991, který byl upraven pro potřeby simulace měření membránových proudů a membránového napětí. Na simulaci měření metodou patch clamp v režimu single channel tak bohužel také nezbyl čas. Vlastní simulační program však považuji v rámci daných možností za celkem zdařilý a nemám k němu větších výhrad. Naopak výhrady mám k popisu vlastního řešení práce, které se v závěru omezuje na pouhé screenshoty bez podrobnějšího popisu a analýzy dosažených výsledků. K formální stránce práce nemám výhrady. Přes uvedené výtky považuji zadání splněné a práci doporučuji k obhajobě.

Posudek oponenta

Provazník, Valentýna

Student Svatopluk Kubáček se ve své práci zabýval modelováním elektrofyziologie izolované buňky s cílem vytvořit vhodné prostředí pro počítačovou simulaci měření elektrických projevů buňky a reprezentaci elektrického modelu buňky. Z textu je zjevné, že student v dostatečné hloubce zvládl náročnou literaturu. Orientoval se sice na základní model buňky pro simulaci membránových proudů a napětí, nicméně pro sestavení simulačního programu je to postačující. Vlastní program je poměrně zdařilý, obsahuje množství nastavení dovolující měnit podmínky simulace a dobře tak reprezentovat chování buňky a její měření. Jediným problémem je méně vhodný způsob popisu řešení modelu buňky slovníkem funkcí Matlabu. Namísto toho by bylo korektnější popsat řešení matematickými formulemi podobně jako vlastní model. Funkce programového simulačního prostředí je dostatečně obrazově dokumentována, což dává představu o jeho funkci. Rovněž je provedeno srovnání s reálnými průběhy proudů a napětí na membráně buňky. Lze konstatovat, že uvedené nedostatky jsou nikoliv zásadního charakteru a nesnižují výrazně kvalitu práce. Práci proto hodnotím stupněm B a doporučuji k obhajobě.

eVSKP id 39551