ČERNÝ, Š. Využití multi-echo sekvencí pro DSC-MRI [online]. Brno: Vysoké učení technické v Brně. Fakulta elektrotechniky a komunikačních technologií. 2016.
Diplomová práce je zaměřena na perfusometrickou techniku DSC-MRI, založenou na aplikaci kontrastní látky a rychlém snímání T2/T2* váhovaných obrazů. Moderní zobrazovací sekvence jsou schopny nasnímat scénu s více echo časy v přijatelném časovém rozlišení (cca 1s). Zadání práce se dělilo na teoretickou a praktickou část, která tvoří jádro práce. Z hlediska teorie jsou uvedeny principy MR zobrazování, pulsní sekvence, postup při kontrastním vyšetření a principy odhadů funkčních/perfusních parametrů. Tato část práce působí tak, jako by jí autor příliš nerozuměl, obsahuje místy nelogické a nepřesné formulace. Praktická část se opírá především o dodaná data, naměřená fantomová data a simulace. Načítání MGE sekvencí z MR přístrojů firmy Bruker bylo zprovozněno a bylo implementováno několik modelů aproximující vliv T2* relaxace. Linearizovaný model založený na principu metody nejmenších čtverců byl vybrán jako referenční metoda aproximace obálky T2*. Práce měla za úkol dát odpověď na otázku, zdali má smysl provádět konverzi signálu DSC na základě MGE dat – tj. použití exponenciální aproximace, či zda je lepší tento krok vynechat a spolehnout se na jednoduchý převodní vztah, který se využívá pro konverzi obrazových sekvencí s jednou hodnotou TE času. Z hlediska vyhodnocení je nejlepší varianta použít simulovaných dat, protože známe parametry simulací a můžeme tak kvantitativně vyhodnotit chyby. Byl použit kapilární model, bez extravasační fáze, ovšem v práci toto není vůbec zmíněno. Tato simulace má pro práci dle mého názoru největší váhu. Došlo k nasimulování různých typů tkání a různých poměrů SNR. A byly zpětně odhadnuty perf. parametry. Krabicové grafy odpovídají teoretickým předpokladům. Nerozumím ale autorovu tvrzení, že se vzrůstající hodnotou perfusních parametrů se zhoršuje procentuální úspěšnost odhadu, resp. není mi to, vzhledem k různým měřítkům na osách zřejmé. Dále nechápu, jak mohlo dojít k problému při odhadu T2*, resp. k problému při konverzi jasového signálu, kdy signál klesne pod nulu. To zřejmě nebylo v simulaci dobře. Vyhodnocení chyby by mělo zahrnovat ne odhad T2*, ale sledovaný perfusní. Závěr kapitoly 3.3.2 je zřejmý, není do simulace přidán vliv T1 efektu, nicméně grafy prokazují funkčnost algoritmu jako takového. Vyhodnocení dat králičí hlavy je v podstatě správné, ale chybí mi podrobnosti o parametrech akvizice, zejména časovém rozlišení. Srovnání reálných dynamických myších dat je dle mého soudu chybné, na jedné straně jsou ukázány obrazy T2* a jsou srovnány s obrazy po konverzi na změnu relaxační rychlosti R2*, tedy každý vyjadřuje něco jiného. Po formální stránce je práce na mírně podprůměrné úrovni. Mám výhrady k číslování obrázků a popisu obrázků, těch je v práci takové množství, že jejich unifikovaný popis je naprosto nevhodný, orientovat se jen dle čísla je značně obtížné. Po grafické stránce je hlavním problémem většinou nevhodně volená škála obrazových dat a nedodržení fixních rozsahů os v grafech. Aktivita během řešení práce nebyla rovnoměrná, spíše nárazová. S blížícím se termínem odevzdání byla aktivita horentní. Autor se dostal do časové tísně, což se neblaze projevilo na celistvosti a celkové srozumitelnosti práce. Přes všechno je třeba říci, že vzhledem k tomu, že téma práce bylo poměrně komplikované a zasahující do oblasti výzkumu. Autor se snažil poskytnout co možná nejvíce informací a práce bylo odvedeno poměrně velké množství. Využití literatury je odpovídající tématu. Práci doporučuji k obhajobě a hodnotím E/58b
Předložená práce se zabývá perfuzometrickými metodami DSC-MRI. V úvodní části autor shrnuje teorii MRI a DSC-MRI metodiky z pohledu akvizice a zpracování dat. V praktické části student vytvořil program pro načtení dat z NMR přístroje Bruker, implementoval 6 verzí algoritmů pro kvantifikaci T2* a vytvořil program pro generování syntetických DSC-MRI dat. Tyto programy využil pro vyhodnocení na reálných a syntetických datech. Kapitola 1 popisující principy NMR obsahuje poměrně velké množství nepravdivých tvrzení. Obrázky v této kapitole jsou nekvalitní. Kapitola 2.1 popisující farmakokinetické modely je značně nestrukturovaná a chaotická. Navíc farmakokinetické modely uvedené v kap. 2.7 jsou používané spíše v metodách DCE-MRI. Implementované lineární a nelineární metody odhadu T2* (str. 40) jsou popsány jen názvem funkce v Matlabu, chybí však popis jejich principu. Kapitoly popisující experimentální vyhodnocení algoritmů jsou chaoticky strukturované. Obsahují celou řadu grafů (např. Obr. 25-36 a 61-97), které by mohly být uvedeny kompaktněji nebo částečně přesunuty do přílohy. Postup testování na syntetických i reálných datech se zdá být vcelku správný. Vzhledem k pochopitelné nedostupnosti skutečných hodnot T2* u reálných dat by zde stačilo mnohem stručnější vyhodnocení . Kap. 3.3.2 popisuje experiment, jehož smysl není z popisu jasný: z grafů 37-40 je patrné, že echo čas nemá na přesnost odhadů perfuzních parametrů žádný vliv - to je evidentní i bez uvedeného experimentu a vyplývá to z toho, že autor v simulaci neuvažoval vliv T1. Po formální stránce obsahuje práce mnoho překlepů a nevhodných stylistických obratů a působí dojmem, že byla psána na poslední chvíli. Vzhledem k přijatelnému množství práce odvedeného na diplomním projektu ji přesto hodnotím jako přijatelnou a doporučuji ji k obhajobě.
eVSKP id 93970