BORKO, S. Analýza proteinových mutací souvisejících s rakovinou [online]. Brno: Vysoké učení technické v Brně. Fakulta informačních technologií. 2023.
Student byl aktivní, jeho postup byl pravidelně konzultován a projekt byl dotažen do publikační kvality. S přihlédnutím k tomu, že student se na projektu aktivně podílel dva roky, během kterých spolupracoval s týmem z Loschmidtových laboratoří (a projekt byl dále konzultován s molecularním tumor boardem), a že výsledek práce bude převeden do vysoce impaktované publikace nemohu hodnotit jinak než stupněm výborně (A) .
| Kritérium | Známka | Body | Slovní hodnocení |
|---|---|---|---|
| Informace k zadání | Jedná se o náročnější zadání, jelikož kromě samotné implementace nástroje si student musel nastudovat obsáhlou problematiku týkající se proteinů a rakoviny a součástí projektu je také i část používající strojové učení. Bylo nezbytné, aby se student zapojil do rozsáhlého týmu expertů v oblasti bioinformatiky, biologie a medicíny a průběžně s nimi konzultoval svůj postup. Dokončený projekt je navíc aktuálně připravován pro publikaci s impact faktorem. | ||
| Práce s literaturou | Student využíval doporučené zdroje a další vyhledával samostatně. | ||
| Aktivita během řešení, konzultace, komunikace | Student pracoval po celý rok, postup byl pravidelně konzultován a dílčí úkoly vždy splněny. | ||
| Aktivita při dokončování | Jelikož student na projektu pracoval déle než svůj poslední rok studia, práce byla dokončena v předstihu a dostatečně konzultována. | ||
| Publikační činnost, ocenění | Student je jedním z hlavních autorů připravované publikace s impact faktorem. Pravděpodobným cílem je Briefings in Bioinformatics (aktuální IF 13.994). |
Předložená diplomová práce je velmi kvalitní a student prokázal, že je schopen pochopit poměrně náročnou problematiku a vytvořit nový nástroj pro predikci rakovinotvorných mutací, včetně vhodného webového rozhraní. S ohledem na vyšší obtížnost zadání a značný rozsah provedených prací hodnotím stupněm výborně (A) .
| Kritérium | Známka | Body | Slovní hodnocení |
|---|---|---|---|
| Náročnost zadání | Cílem práce bylo vytvořit prediktor rakovinotvorných mutací PredictSNP Onco a doplnit jej o vhodné webové rozhraní. Pro vytvoření požadovaných výstupů bylo potřeba zkombinovat výsledky několika predikčních nástrojů, vytvořit vhodnou datovou sadu, vybrat a natrénovat vhodný model strojového učení a vše doplnit o uživatelsky přívětivé webové rozhraní. S ohledem na rozsah těchto prací považuji zadání za obtížnější. | ||
| Rozsah splnění požadavků zadání | I přes značný rozsah prací student splnil zadání ve všech bodech. | ||
| Rozsah technické zprávy | Text práce tvoří 60 vysázených stran včetně seznamu literatury. | ||
| Prezentační úroveň technické zprávy | 85 | Text diplomové práce je dobře strukturovaný , rozsahy jednotlivých částí textu jsou vyvážené a samotný text je pro čtenáře dobře pochopitelný . | |
| Formální úprava technické zprávy | 85 | Text práce je na velice dobré typografické úrovni . Jazykovou stránku bohužel nejsem schopen posoudit, jelikož je práce psaná ve slovenském jazyce. | |
| Práce s literaturou | 95 | Práce s literaturou je na dobré úrovni. Čerpáno bylo z velice kvalitních časopiseckých publikací z oblasti molekulární biologie a predikce vlivu mutace na různé aspekty struktury a funkce proteinu Převzaté části textu a obrázky jsou řádně označeny a odděleny od vlastního přínosu. | |
| Realizační výstup | 98 | Hlavní realizační výstupy práce tvoří zdrojové kódy: a) prediktoru vlivu mutací v jazyce python, b) jednotlivých modulů výpočetního jádra v jazyce java a c) webového rozhraní využívající knihovny React. Uvedené zdrojové kódy jsou funkční a v souladu s licenčními podmínkami. | |
| Využitelnost výsledků | Předložená práce je spíše experimentálního charakteru a vytvořené výstupy nabízí nový pohled/přístup pro predikci rakovinotvorných mutací. Výsledná webová aplikace byla vytvořena za účelem přímého použití ze strany medicínské komunity a lze tedy očekávat, že bude v budoucnu využívána v praxi. |
eVSKP id 146242