LABANAVA, A. Analýza horizontálního přenosu genetických komponent pomocí statické síťové analýzy [online]. Brno: Vysoké učení technické v Brně. Fakulta elektrotechniky a komunikačních technologií. 2023.
Studentka Anastasiya Labanava se v rámci své bakalářské práce zabývala analýzou horizontálního přenosu genetických komponent pomocí statické síťové analýzy. Studentka v rámci teoretické části řádně popsala a logicky rozčlenila problematiku horizontálního přenosu genů a genetických komponent. Konkrétně se jednalo o laboratorní techniky používané v sekvenaci dat a pomocí postupu, který sama navrhla, vytvořila tři vhodné datasety zastupující Actinobacteria, Bacteroidetes a Firmicutes, ve kterých následně provedla detailnější analýzu detekci mobilních genetických komponent. A na závěr práce i základní statickou analýzu sítí, které studentka sama zrekonstruovala. Do teoretické části práce studentka navíc zaimplementovala přehled současného výzkumu horizontálního genetického přenosu, čímž práci dodala kvalitní základ pro navazující vědecké studie. Práci a výsledky studentka řádně konzultovala i s dalšími odborníky v této vědecké oblasti, čímž práce získala kvalitní interdisciplinární charakter. Avšak, práce obsahuje gramatické nedostatky, které jsou převážně způsobeny ucelením textové podoby práce až během posledních dnů před odevzdáním. Celkově studentka k práci přistupovala svědomitě. Přes uvedené výtky ovšem studentka pracovala velmi aktivně během celého akademického roku a výsledky průběžně konzultovala. Díky tomu se studentka stihla v tématice zorientovat a odhalit zajímavé výsledky v rámci horizontálního přenosu v její bakalářské práci, které jsou velmi užitečné pro další analýzy. Práci hodnotím známkou výborně (B – 88 bodů).
Studentka vypracovala bakalářskou práci zabývající se analýzou horizontálního přenosu genetických komponent pomocí statické síťové analýzy. Práce je vypracována na 23 stranách od úvodu po závěr a čtenáře hned na úvod zmate číslováním, které začíná na úvodní straně a to číslem 7. V teoretické části studentka velice podrobně popisuje způsoby přenosu genetické informace. To samé bohužel neplatí o následující kapitole o sekvenačních technikách, která je napsána velice povrchně. Použitý dataset je také uveden velice stroze bez bližšího popisu charakteru dat. V praktické části studentka představuje použitý postup pro identifikaci horizontálně přenesených genů. Zde se oproti první kapitole v rámci popisu použitého postupu objevuje řada neodborných nebo nepřesných vyjádření. V rámci kapitoly 3.2 studentka popisuje vlastní algoritmus pro dílčí část analýzy pro identifikace MGE. Tuto zkratku studentka blíže nevysvětluje. Popis algoritmu je uveden na obrázku 9 a v kapitole 3.3. Z tohoto popisu není jednoznačně patrné, v jakém pořadí se provádí jednotlivé kroky algoritmu či jaké je vstupně výstupní rozhraní jednotlivých funkcí. Funkčnost a správnost tohoto postupu nelze ověřit, protože vstupní soubory ve formátu *.tsv nejsou součástí příloh práce. Také v práci postrádám zdůvodnění toho, proč byly v práci analyzovány tři kmeny bakterií, přičemž v kapitole 2.2 studentka zmiňuje, že vstupní dataset obsahuje osm kmenů bakterií. V závěru práce je provedena statická analýza třech sítí vytvořených v programu Cytoscape. V práci jsou následně prezentovány pouze dvě sítě, jedna pro kmen Actinobacteria a druhá pro kmen Firmituces. Studentka v práci uvádí základní parametry vytvořených sítí a na základě velkého množství hran mezi vrcholy grafu diskutuje možnost jejich filtrace s příkladem pro kmen Firmicutes. To se jeví jako správný krok, ale chybí zde porovnání všech sítí před a po filtraci i s ohledem na základní parametry sítí a diskuze tohoto kroku pro všechny sítě. V předposledním odstavci práce je uvedeno tvrzení o výskytu HGT genů u kmenu Bacteroidetes, které ale není podložené žádnými konkrétními výsledky v rámci bakalářské práce. Po formální stránce je práce na přijatelné úrovni obsahující několik typografických prohřešků, nedostatečné popisy obrázků či nejednotný citační styl u literatury. Předložená práce splňuje všechny body zadání a vzhledem k výše uvedenému ji hodnotím stupněm uspokojivě / D (68 bodů).
eVSKP id 150811