Posudky závěrečné kvalifikační práce

Posudek vedoucího

Schusterová,, Hana

iplomantka Natália Švecová je študentka s vysokým pracovným nasadením a zápalom, ktorá si hneď od začiatku našej spolupráce hľadala literatúru cielenú na kvasinky rodu Cryptococcus, ktorým sa v tejto práci venovala. Pracovala samostatne a literatúru vhodne využívala pri svojej práci jako ju aj zapracovala v diplomovej práci. Svojou usilovnosťou pomohla při spracovaní veľkej skupiny izolovaných kvasiniek z rastlín rastúcich na lúke a v záhrade. K vypracovaniu práce sa postavila zodpovedne - písala a vyhodnocovala postupne.

Dílčí hodnocení
Kritérium	Známka	Body	Slovní hodnocení
Studium literatury a její zpracování	B
Splnění požadavků zadání	A
Využití poznatků z literatury	B
Kvalita zpracování výsledků	A
Interpretace výsledků, jejich diskuse	B
Závěry práce a jejich formulace	A
Využívání konzultací při řešení práce	A
Celkový přístup k řešení úkolů	A

Navrhovaná známka: A

Posudek oponenta

Stratilová,, Eva

Predložená diplomová práca je písaná zaujímavým a pútavým spôsobom, z jej spracovania vyplýva, že sa jej autorka dostatočne venovala a problematiku pochopila v plnom rozsahu. Určené zadanie bolo tak isto splnené. Práca má vhodný rozsah a je doplnená kvalitným výberom referencií (99, z toho cca 34% z posledných desiatich rokov). Vyskytujú sa v nej určité „začiatočnícke“ chyby, ktoré však rozhodujúcim spôsobom jej kvalitu neovplyvňujú. Jediným problémom je výrazný nepomer v kvalite časti týkajúcej sa priamo biotypizácie a ostaných, ktoré sú, ako som už spomenula, dobre čitateľné a najmä korektne vyhodnotené. K práci mám niekoľko otázok a poznámok: 1. Abstrakt - Aké konkrétne „odlišné molekulárne charakteristiky vykazujú jednotlivé druhy rodu Cryptococcus“? - Ako súvisí vplyv metódy prípravy vzorky a použitej matrice s prítomnosťou polysacharidovej kapsule? - 64,5% úspešnosť stanovenia druhu kvasinky je pre biotypizáciu hmotnostnou spektrometriou pomerne nízka – boli dôvodom nekvalitné spektrá alebo nedostupnosť referenčných spektier? Pozn.: anglická a slovenská verzia abstraktu nie sú ohľadom informácie o 79 vzorkách a zaradení na základe mikrobiologických testov identické 2. Obsah - 2.2.2 – nebol by vhodnejší názov Molekulárno-biologické metódy? - 4.2 – Zoznam použitých kvasiniek rodu Cryptococcus na identifikáciu – podľa tohto nadpisu to vyzerá, že sa dopredu vedelo, že izolované kvasinky patria do tohto rodu, je to tak? 3. Teoretická časť - Str. 9 - čo sa myslí výrazom „molekulárne typy“? - Str. 14 – čo sa myslí výrazom „rozmohlo sa používanie testu“? - Str. 15 – čo sa konkrétne myslí tým, že “…stanovenie (autorka myslí zrejme identifikáciu alebo zaradenie kvasinky) zahŕňa rôzne chemikálie alebo biochemické markery, čo predstavuje určitú nevýhodu pri dosahovaní opakovateľnej a reprodukovateľnej identifikácie”? - Str. 16 – „astaxantín z Phaffia rhodozyma sa používa ako doplnok výživy pri chove lososov“ – v prípade, že by sa nepoužil, bola by ovplyvnená farba prípadne kvalita mäsa? - Str. 17 – močovina má enzymatickú aktivitu? Pozn.: v rámci jedného odstavca sa zbytočne opakuje, že močovina je produktom dekarboxylácie aminokyseliny; správny názov pre „karbohydráty“ je v slovenčine „sacharidy“ - Str. 17 – aké je zloženie Wickerhamovho média? Z textu nie je jasné, či napr. Wickerhamova bujónová technika patrí medzi „auxanogramy“ – táto časť je pomerne zmätočná Pozn.: Str. 18 – vhodnejšie by bolo „bis-triazolové antimykotikum substituované fluórom“, str. 21 - výraz „počas tejto metódy“ tiež nie je najvhodnejší - Str. 22 – „MALDI nie je vhodná pre zlúčeniny s nízkou molekulovou hmotnosťou“ – čo v tomto prípade považuje autorka za „nízku molekulovú hmotnosť“? Pozn.: Str. 23 – „pretože je to lacné“ - asi tiež nie je vhodné použiť v tejto podobe v záverečnej práci - Str. 25 – využíva lineárny mód, ktorý sa používa na biotypizáciu aj TOF1 aj TOF2, alebo len TOF1? Z čoho a ako sa vypočítava skóre medzi vzorkou a referenčným kmeňom v programe Biotyper (Bruker), ktorý autorka používala? A kde sa používa farebné značenie uvedené v Tab. 1? 4. Ciele práce - Je bod 4 naformulovaný správne? 5. Experimentálna časť - Str. 27 – odkiaľ sú referenčné kmene v tabuľke, ktorým nie je priradené CCY číslo? Pozn.: Str. 32 - neviem si predstaviť, v akej kadičke sa rozpúšťala matrica v 1 ml roztoku (príprava SA/FA), str. 37 – “actidionové disky “ sú v slovenčine “aktidionové disky” 6. Výsledky a diskusia - Str. 40 – autorka hneď v prvej vete „prevádza“ identifikáciu kvasiniek na základe porovnávania spektier. Ide priamo o namerané spektrá alebo nejakým spôsobom upravené? - Štyri vzorky sú v Tabuľke 5 označené ako „pravdepodobne zhodné“ – týkalo sa príslušné skóre všetkých troch použitých metód? Alebo sú v tabuľke len výsledky jednej konkrétnej metódy? Pozn.: Vzhľadom na to, že metódy neposkytujú rovnakú úspešnosť stanovenia, ide o esenciálne údaje, ktoré je nevyhnutné uviesť. Ale možno je problém v tom, že najprv sú v práci uvedené sumárne výsledky bez podrobnejších informácií o tom, ako boli získané a až za nimi nasleduje rozbor vplyvu jednotlivých faktorov - Str. 42 – Obrázok 11 (to isté pre Obr. 13 na str. 44) – popis údajov nie je jasný a v dôsledku toho aj celý obrázok – je SB označanie pre sladinový agar, YB pre YPD? Čo sa myslí označením „vyradené“, „zhoda bez identifikácie“, „neurčité“ a „vyradené štandardy“? Má takýto jednoduchý graf zmysel bez toho, aby sme vedeli, čo sa ktorého kmeňa týka? Ešte ma zarazili tie „vyradené štandardy“ – tie spektrá, ktoré sa používali ako referenčné ste si tiež merala sama? Na základe čoho sa robil ich výber? A čo sa myslelo vyjadrením „Kvasinky rastúce na YPD médiu vykazovali neurčitú zhodu so spektrami použitých štandardov, čo značí nedostatočnú kvalitu jednotlivých spektier“? - Str. 43 – Obr. 12 – Čo konkrétne znamenajú rozdielne farby v hornom spektre? Prečo sú v popise obrázku spomenuté (chýba červená), keď nikde nie sú vysvetlené? Za akým účelom počítala autorka rozdiely medzi jednotlivými “skóre zhody” (Tabuľka 6)? Považuje za správne správne vyjadrenie „vyskytla sa aj žltá a nie veľmi určitá zhoda“? Pozn.: V tejto časti práce mi chýba diskusia s predošlými diplomovými prácami autorov Jäger (rozlíšenie patogénnych kmeňov Cr. neoformans a Cr. gattii práve na základe kultivácie na sladine alebo YPD) a Jurnečková (úprava rozsahu spektier pre Basidiomycetes) ako aj literárnymi údajmi, ktoré sa týkajú biotypizácie kapsulárnych kvasiniek, v prípade ktorých sa navrhovalo zníženie hodnôt skóre pre spoľahlivú identifikáciu - Str. 45 – Na základe čoho dospela autorka k názoru, že sedemnásobné premytie vodou by vôbec mohlo rozrušiť bunky kvasiniek alebo rozpustiť mukopolysacharidovú kryptokokálnu kapsulu? Ako si predstavuje pozorovanie vyextrahovaných proteínov AFM? Naozaj si myslí, že etanol a kyselina mravčia by mohli slúžiť na rozpustenie kapsuly? Pozn.: Originálna Bruker metóda využíva ako matricu CHCA, takže záver tejto časti je značne nepresný; to isté sa objavuje aj v legende Obr. 14 - Str. 46 – Čo je „nasadený štandard“? - Str. 47 – Môže sa autorka vyjadriť k tomu, že kmene narastené na YPD spracovala SBSAFA metódou? Okrem toho ako dospela k názoru, že v dendograme sú vzorky vyhodnocované oproti štandardu? Pozn. k Obr.14: Označenie vzoriek pozíciami na platni je zbytočné, lepšie by bolo zväčšiť označenie vzoriek, ktoré je v podstate nečitateľné Str. 50 – Koncentráciu 2% mali médiá alebo cukry? Na základe čoho sa usúdilo, že by niektoré kmene (vzorky) nerástli pri vyšších koncentráciách sacharidov, keď sa nevie, o aké druhy ide? Pozn.: V slovenčine sa používa flukonazol, verikonazol... - Str. 55 – Prečo sa pomocou identifikovaných kmeňov zo Zbierky kultúr kvasiniek neurobili referenčné spektrá druhov, ktoré sú navrhnuté v Tabuľke 11, ale neboli vybrané ako referenčné kmene na začiatku práce? 7. Záver - V práci sa opakovane vyskytuje výraz “rozrušenie bunkovej membrány”. Je si autorka istá, že keďže ide o eukaryotický mikroorganizmus, nemyslí membránou v skutočnosti bunkovú stenu?

Dílčí hodnocení
Kritérium	Známka	Body	Slovní hodnocení
Splnění požadavků zadání	A
Logické členění práce	A
Kvalita zpracování výsledků	B
Interpretace výsledků, jejich diskuse	B
Využití literatury a její citace	A
Úroveň jazykového zpracování	B
Formální úroveň práce – celkový dojem	B
Závěry práce a jejich formulace	A

Navrhovaná známka: B

Otázky

1. Abstrakt - Aké konkrétne „odlišné molekulárne charakteristiky vykazujú jednotlivé druhy rodu Cryptococcus“? - Ako súvisí vplyv metódy prípravy vzorky a použitej matrice s prítomnosťou polysacharidovej kapsule? - 64,5% úspešnosť stanovenia druhu kvasinky je pre biotypizáciu hmotnostnou spektrometriou pomerne nízka – boli dôvodom nekvalitné spektrá alebo nedostupnosť referenčných spektier? Pozn.: anglická a slovenská verzia abstraktu nie sú ohľadom informácie o 79 vzorkách a zaradení na základe mikrobiologických testov identické
2. Obsah - 2.2.2 – nebol by vhodnejší názov Molekulárno-biologické metódy? - 4.2 – Zoznam použitých kvasiniek rodu Cryptococcus na identifikáciu – podľa tohto nadpisu to vyzerá, že sa dopredu vedelo, že izolované kvasinky patria do tohto rodu, je to tak?
4. Ciele práce - Je bod 4 naformulovaný správne?
5. Experimentálna časť - Str. 27 – odkiaľ sú referenčné kmene v tabuľke, ktorým nie je priradené CCY číslo? Pozn.: Str. 32 - neviem si predstaviť, v akej kadičke sa rozpúšťala matrica v 1 ml roztoku (príprava SA/FA), str. 37 – “actidionové disky “ sú v slovenčine “aktidionové disky”
7. Záver - V práci sa opakovane vyskytuje výraz “rozrušenie bunkovej membrány”. Je si autorka istá, že keďže ide o eukaryotický mikroorganizmus, nemyslí membránou v skutočnosti bunkovú stenu?
3. Teoretická časť I - Str. 9 - čo sa myslí výrazom „molekulárne typy“? - Str. 14 – čo sa myslí výrazom „rozmohlo sa používanie testu“? - Str. 15 – čo sa konkrétne myslí tým, že “…stanovenie (autorka myslí zrejme identifikáciu alebo zaradenie kvasinky) zahŕňa rôzne chemikálie alebo biochemické markery, čo predstavuje určitú nevýhodu pri dosahovaní opakovateľnej a reprodukovateľnej identifikácie”? - Str. 16 – „astaxantín z Phaffia rhodozyma sa používa ako doplnok výživy pri chove lososov“ – v prípade, že by sa nepoužil, bola by ovplyvnená farba prípadne kvalita mäsa? - Str. 17 – močovina má enzymatickú aktivitu? Pozn.: v rámci jedného odstavca sa zbytočne opakuje, že močovina je produktom dekarboxylácie aminokyseliny; správny názov pre „karbohydráty“ je v slovenčine „sacharidy“
3. Teoretická časť II - Str. 17 – aké je zloženie Wickerhamovho média? Z textu nie je jasné, či napr. Wickerhamova bujónová technika patrí medzi „auxanogramy“ – táto časť je pomerne zmätočná Pozn.: Str. 18 – vhodnejšie by bolo „bis-triazolové antimykotikum substituované fluórom“, str. 21 - výraz „počas tejto metódy“ tiež nie je najvhodnejší - Str. 22 – „MALDI nie je vhodná pre zlúčeniny s nízkou molekulovou hmotnosťou“ – čo v tomto prípade považuje autorka za „nízku molekulovú hmotnosť“? Pozn.: Str. 23 – „pretože je to lacné“ - asi tiež nie je vhodné použiť v tejto podobe v záverečnej práci - Str. 25 – využíva lineárny mód, ktorý sa používa na biotypizáciu aj TOF1 aj TOF2, alebo len TOF1? Z čoho a ako sa vypočítava skóre medzi vzorkou a referenčným kmeňom v programe Biotyper (Bruker), ktorý autorka používala? A kde sa používa farebné značenie uvedené v Tab. 1?
6. Výsledky a diskusia I - Str. 40 – autorka hneď v prvej vete „prevádza“ identifikáciu kvasiniek na základe porovnávania spektier. Ide priamo o namerané spektrá alebo nejakým spôsobom upravené? - Štyri vzorky sú v Tabuľke 5 označené ako „pravdepodobne zhodné“ – týkalo sa príslušné skóre všetkých troch použitých metód? Alebo sú v tabuľke len výsledky jednej konkrétnej metódy? Pozn.: Vzhľadom na to, že metódy neposkytujú rovnakú úspešnosť stanovenia, ide o esenciálne údaje, ktoré je nevyhnutné uviesť. Ale možno je problém v tom, že najprv sú v práci uvedené sumárne výsledky bez podrobnejších informácií o tom, ako boli získané a až za nimi nasleduje rozbor vplyvu jednotlivých faktorov
6. Výsledky a diskusia II - Str. 42 – Obrázok 11 (to isté pre Obr. 13 na str. 44) – popis údajov nie je jasný a v dôsledku toho aj celý obrázok – je SB označanie pre sladinový agar, YB pre YPD? Čo sa myslí označením „vyradené“, „zhoda bez identifikácie“, „neurčité“ a „vyradené štandardy“? Má takýto jednoduchý graf zmysel bez toho, aby sme vedeli, čo sa ktorého kmeňa týka? Ešte ma zarazili tie „vyradené štandardy“ – tie spektrá, ktoré sa používali ako referenčné ste si tiež merala sama? Na základe čoho sa robil ich výber? A čo sa myslelo vyjadrením „Kvasinky rastúce na YPD médiu vykazovali neurčitú zhodu so spektrami použitých štandardov, čo značí nedostatočnú kvalitu jednotlivých spektier“?
6. Výsledky a diskusia III - Str. 43 – Obr. 12 – Čo konkrétne znamenajú rozdielne farby v hornom spektre? Prečo sú v popise obrázku spomenuté (chýba červená), keď nikde nie sú vysvetlené? Za akým účelom počítala autorka rozdiely medzi jednotlivými “skóre zhody” (Tabuľka 6)? Považuje za správne správne vyjadrenie „vyskytla sa aj žltá a nie veľmi určitá zhoda“? Pozn.: V tejto časti práce mi chýba diskusia s predošlými diplomovými prácami autorov Jäger (rozlíšenie patogénnych kmeňov Cr. neoformans a Cr. gattii práve na základe kultivácie na sladine alebo YPD) a Jurnečková (úprava rozsahu spektier pre Basidiomycetes) ako aj literárnymi údajmi, ktoré sa týkajú biotypizácie kapsulárnych kvasiniek, v prípade ktorých sa navrhovalo zníženie hodnôt skóre pre spoľahlivú identifikáciu
6. Výsledky a diskusia IV - Str. 45 – Na základe čoho dospela autorka k názoru, že sedemnásobné premytie vodou by vôbec mohlo rozrušiť bunky kvasiniek alebo rozpustiť mukopolysacharidovú kryptokokálnu kapsulu? Ako si predstavuje pozorovanie vyextrahovaných proteínov AFM? Naozaj si myslí, že etanol a kyselina mravčia by mohli slúžiť na rozpustenie kapsuly? Pozn.: Originálna Bruker metóda využíva ako matricu CHCA, takže záver tejto časti je značne nepresný; to isté sa objavuje aj v legende Obr. 14 - Str. 46 – Čo je „nasadený štandard“? - Str. 47 – Môže sa autorka vyjadriť k tomu, že kmene narastené na YPD spracovala SBSAFA metódou? Okrem toho ako dospela k názoru, že v dendograme sú vzorky vyhodnocované oproti štandardu? Pozn. k Obr.14: Označenie vzoriek pozíciami na platni je zbytočné, lepšie by bolo zväčšiť označenie vzoriek, ktoré je v podstate nečitateľné
6. Výsledky a diskusia V Pozn. k Obr.14: Označenie vzoriek pozíciami na platni je zbytočné, lepšie by bolo zväčšiť označenie vzoriek, ktoré je v podstate nečitateľné - Str. 50 – Koncentráciu 2% mali médiá alebo cukry? Na základe čoho sa usúdilo, že by niektoré kmene (vzorky) nerástli pri vyšších koncentráciách sacharidov, keď sa nevie, o aké druhy ide? Pozn.: V slovenčine sa používa flukonazol, verikonazol... - Str. 55 – Prečo sa pomocou identifikovaných kmeňov zo Zbierky kultúr kvasiniek neurobili referenčné spektrá druhov, ktoré sú navrhnuté v Tabuľke 11, ale neboli vybrané ako referenčné kmene na začiatku práce?