RUMLEROVÁ, T. Návrh analýzy a metodiky měření pro hodnocení dynamických fyziologických změn rostlin [online]. Brno: Vysoké učení technické v Brně. Fakulta elektrotechniky a komunikačních technologií. 2024.
Studentka Tereza Rumlerová pracovala na své diplomové práci především ve firmě PSI a konzultovala potřebnou problematiku s externí vedoucí, jejíž posudek je uveden níže. K odevzdanému textu práce nemám po formální stránce žádné zásadní připomínky. Hodnocení Dr. Kláry Panzarové: Diplomová práce Terezy Rumlerové se zabývá vývojem a implementací inovativního algoritmu pro frekvenční analýzu oscilačních signálů ve fyziologických světelně indukovaných odpovědích rostlin, který je založen na využití Fourierovy transformace. Navržený algoritmus byl speciálně přizpůsoben pro použití v prostředí C# a je integrován do softwaru FluorCam10, který vyvinula společnost PSI, a který je základním SW nástrojem využívaným pro veškeré fluorescenční zobrazovací přístroje vyráběné firmou PSI. V rámci diplomové práce se studentka detailně seznámila s tématem harmonické odezvy fotosyntetických organismů a shrnula veškeré aktuálně dostupné vědecké publikace na dané téma do úvodní literární rešerše včetně úvodu do tématiky chlorofylové fluorescence, automatizované fenotypizace a FFT analýzy. Navržený algoritmus byl detailně otestován a následně implementován do FluorCam10, komerčního SW toolboxu, využívaného jako SW prostředí pro systémovou kontrolu, měření a analýzu fluorescenčních dat v rámci celé produktové řady FluorCam přistrojů. Následně byl celý koncept procesu analýzy včetně parametrizace výstupů měření detailně otestován, optimalizován a finálně implementován do PlantScreenTM Data Analyser toolboxu pro plně automatizované zpracování a analýzu měřených obrazových dat. Významnou částí diplomové práce je samotná experimentální část skládající se ze dvou kapitol. První je návrh, optimalizace a validace systémového měřícího protokolu, který byl specificky navržen pro použití v plně automatizovaných vysokoobjemových fenotypizačních systémech, kde je kladen velký důraz na minimální časovou náročnost měřících postupů a zároveň statistickou významnost výstupních parametrů. Druhá část zahrnovala důkladné otestování navrženého protokolu a celého měřícího postupu v plně automatizovaném režimu fenotypizační linky, v opakovaných biologických testech na několika typech rostlin včetně interpretace dosažených parametrizovaných výsledků. Prezentovaná diplomová práce je koncepčně velmi dobře strukturovaná a zahrnuje detailní popis využité metodiky. Celkově hodnotím práci velmi kladně. Studentka pracovala v průběhu řešení velmi samostatně a ukázala, že umí kriticky hodnotit navržené přístupy, samostatně navrhovat optimalizované měřící protokoly a prezentovat přehledně a strukturovaně výsledná data.
Studentka Tereza Rumlerová vypracovala diplomovou práci na téma vyvoje algoritmu pro analyzu oscilačních signálů ve fyziologickych odpovědích rostlin na dynamicky se měnící světlo. Cílem práce bylo navrhnout algoritmus v C#, implementovat jej do prostředí FluorCam10 a ověřit jeho funkci prostřednictvím studií na rostlinách Arabidopsis thaliana a Solanum lycopersicum. Práce je členěna do 6 kapitol, je psána na celkem 92 stranách a obsahuje 36 literárních pramenů. Text je dobře rozvržený a v teoretické části se soustředí na relevantní odborné oblasti. Některé části by bylo možné minimalizovat pro jejich všeobecnou známost (princip fluorescence, definice Fourierovy transformace). Nedostatky lze najít při plnění bodů 2 a 3 zadání: návrh algoritmu pro frekvenční analýzu oscilačních signálů a implementaci algoritmu v C#. Část je dobře popsána (porovnání a výběr různých knihoven implementujících výpočet FFT), nicméně chybí popis navrženého algoritmu, který má být implementován do prostředí FluorCam10. Zde by bylo vhodné využít blokových schémat a hlavně prezentovat alespoň část implementačního kódu. Nepochybuji, že vše bylo provedeno, ale pro využití textu pro další rozšiřování nebo využití je absencí podrobnějšího popisu komplikováno. Protokol měření realizovaný ve FluorCam10 je však dobře popsán. V poslední části textu je provedena důkladná experimentální validace. Kapitola je sice nazvána jako validace protokolu měření, jedná se však o validaci celého řešení, což je v pořádku. Zde je uvedena řada podrobně popsaných výsledků prokazujících správnost řešení. Na konci této části textu postrádám zevrubnou diskusi řešení. To je částečně provedeno v rámci prezentace výsledků, pro zhodnocení způsobu řešení a jeho efektivity by však standardní diskuse byla nanejvýš vhodná. Z výše uvedených důvodů shledávám práci akceptovatelnou a její výsledky za užitečné. Oceňuji, že se podařil navrhnout a realizovat způsob hodnocení dynamických fyziologických změn u rostlin vyvolaných kolísajícími environmentálními podmínkami. Jde o zadání formulované z praxe se zjevným cílem získat požadovaný nástroj s konkrétním využitím.
eVSKP id 159764