SCHWARZEROVÁ, J. Genová regulace v Clostridium beijerinckii NRRL B-598 [online]. Brno: Vysoké učení technické v Brně. Fakulta elektrotechniky a komunikačních technologií. 2020.
Studentka Jana Schwarzerová se ve své práci zabývá návrhem genové regulační sítě nemodelového organismu Clostridium beijerinckii NRRL B-598. V rámci teoretické části práce seznamuje čtenáře s nezbytnými pojmy spojenými s genovými regulačními sítěmi, laboratorními technikami k naměření potřebných dat a v neposlední řadě také samotnými přístupy pro odvození sítí z těchto dat. Celá rešerše je založena na velkém množství kvalitních referencí a tvoří solidní základ práce. V rámci praktické části se pak studentka pustila do návrhu vlastních genových regulačních sítí. Přitom sama provedla kompletní zpracování rozsáhlých RNA-Seq datových sad, od surových čtení až po genovou regulační síť. Jedná se o výpočetně náročné kroky, tudíž využívala i národní gridovou infrastrukturu Metacentrum. Nad rámec práce využila RNA-Seq data i k úpravě predikované struktury operonů v genomu C. beijerinckii NRRL B-598, k čemuž vytvořila i vlastní postup. Všechny výpočetní kroky pak shrnula do komplexní pipeline složené z shell, R a Matlab skriptů, které budou využity ke zpřesnění sítě po doměření dalších dat, jelikož analýza ukázala, že současná data jsou pro návrh kvalitní sítě nedostatečná. Nicméně i tak tvoří odvozená síť velmi solidní základ, který využívá poskytnutá data, naměřená ve spolupráci s VŠCHT Praha, v maximální možné míře. Studentka k práci přistupovala svědomitě a práci pravidelně konzultovala. O její nadprůměrné aktivitě může svědčit i fakt, že se zúčastnila studentské konference EEICT. Na druhou stranu i tak trpí práce některými formálními nedostatky, např. seznam zkratek je psán jiným fontem než zbytek práce, stránky příloh pokračují v číslování, jak kdyby se nejednalo o přílohu. Další slabinou je potom samotný jazyk práce. Práce je psaná anglicky, nicméně často českým slovosledem, takže je čtení textu občas problematické. Na druhou stranu oceňuji použití angličtiny jako takové, které je pro diplomovou práci mnohem vhodnější než psaní v češtině. Zadání práce považuji za bezezbytku splněné a i přes uvedené výtky práci hodnotím jako výbornou.
Studentka Jana Schwarzerová se ve své práci zabývá návrhem genové regulační sítě pro Clostridium beijerinckii NRRL B-598. V teoretické části jsou popsány základní pojmy a přístupy pro sestavení genové regulační sítě. Studentka popisuje také laboratorní techniky pro získání dat potřebných k návrhu sítě a zejména RNA-Seq dat, se kterými studentka v praktické části pracuje. Literární rešerše je podložena značným množstvím relevantních zdrojů. V praktické části je velmi podrobně popsán proces zpracování RNA-Seq dat. Nicméně v části vyhodnocení kvality dat popisující HTML soubor chybí uvedený použitý program. Citovaný zdroj v této části odkazuje pouze na obecný popis zpracování RNA-seq dat. Na základě zpracovaných dat byla následně navržena genová regulační sít třemi přístupy, které byly staticky vyhodnoceny, a následně spojeny do finální genové regulační sítě. V práci oceňuji nad rámec zadání provedenou predikci operonů, pro kterou studentka navrhla vlastní přístup. Výsledkem práce je pak vůbec první genová regulační síť pro Clostridium beijerinckii NRRL B-598. Po formální stránce práce si nejde nevšimnout, že se v práci objevují celkem tři různé fonty. Jedním fontem je psána úvodní část práce (abstrakt, bibliografická citace, prohlášení a poděkování). Další font je použit pro seznam zkratek a nadpisy a poslední pro hlavní část práce. Práce je napsána anglicky, ale bohužel srozumitelnost textu je místy snížena dlouhými souvětími, nevhodně použitými slovní spojeními a slovosledem. I přes výše uvedené nedostatky hodnotím práci jako velmi zdařilou a hodnotím stupněm B (88 bodů).
eVSKP id 126847