FEDOROV, V. Hodnocení mitochondriální aktivity v živých buňkách s využitím fluorescenčních metod [online]. Brno: Vysoké učení technické v Brně. Fakulta elektrotechniky a komunikačních technologií. 2023.
Představená práce disponuje dobře strukturovanou rešerší dostatečného rozsahu, která je bohatě citována. Rešerše se zaměřuje na hlavní témata práce, zejména na mitochondriální aktivitu. Rešerše však zcela postrádá část popisující metodiku obrazového zpracování, které student uplatňuje v praktické části. V praktické části student nejdříve provádí rozbor mitochondriální struktury na dostupných snímcích z naší laboratoře. Jedná se o malý vzorek, proto by bylo přínosné využít větší množství snímků z dostupných databází. Student následně pro účely segmentace a hodnocení mitochondrií použil metodu H-extrema watershed. Zadání považuji na jedné straně za splněné, na druhé straně nejsou dosažené výsledky plně uspokojivé. Student provádí hodnocení na základě parametrů jako je celková nebo střední plocha, průměr či cirkularita a dalších. Výsledkem je tak tabulka vypočtených hodnot 4.1 pro zvolené parametry, které jsou komentovány. Přestože je zpracováno celkem 16 snímků, tabulka překvapivě disponuje 8 řádky. Jako vhodnější postup považuji hodnocení obrazů až na základě provedené klasifikace různě strukturovaných mitochondrií a s rovnání dosažených výsledků s výsledky v dostupné literatuře. Práce je po formální stránce na přijatelné úrovni. Co se týče jazykové stránky práce, text obsahuje řadu gramatických chyb, což je zřejmě způsobeno jazykovou bariérou. Z pohledu vedoucího práce kladně hodnotím aktivitu studenta během zpracování diplomové práce. Student se práci věnoval průběžně, projevoval aktivitu a zájem o konzultace, informoval o dosaženém postupu v práci. S ohledem na všechny skutečnosti práci hodnotím 68 body.
Předložená práce studenta Vasila Fedorova pojednává o hodnocení mitochondriální aktivity na snímcích z fluorescenčního mikroskopu. Práce je členěna do šesti kapitol na 38 stranách textu. V teoretické části práce jsou popsány základní biologické poznatky o mitochondriích a metody jejich zobrazování. Stěžejní částí teoretického úvodu je kapitola 3, která pojednává o samotném hodnocení mitochondriální aktivity. Bohužel text této kapitoly není za mě vhodně členěn, protože student přeskakuje od fyziologických věcí (3.1, 3.3) k analýze snímků (3.2, 3.4). V rámci praktické části student realizoval nejprve filtraci obrazu mediánovým filtrem. Dále bylo provedena segmentace obrazu pomocí čtyřech metod – metodou rozvodí, prostého prahování, prahování s určením prahu metodou Otsu ve dvou variantách. Výběr těchto metod není nijak diskutován, stejně tak nastavení jejich parametrů. Ukázány jsou pouze výsledky na výřezu jednoho snímku, o tom zda a jak metoda funguje na celém ukázkovém snímku a na skutečných datech se čtenář nic nedozví. Zároveň je zde použit „ukázkový snímek od vedoucího“ nikoli sada 16 snímků, se kterými student dále pracuje. Pro další práci je vybrána metoda „lokální Otsu“ ačkoli v textu práce není jediná zmínka o její implementaci, velikosti lokální oblasti, apod. V další podkapitole 4.4 student na takto vzniklé binární obrazy používá metodu segmentace rozvodím na základě H-maxim. Je provedena diskuze o nastavení prahu „h“, ale ačkoli student uvádí kvantitativní vyhodnocení, žádné kvantitativní parametry neuvádí (viz otázka oponenta). Ani zde se čtenář nedozví nic o použité implementaci metody. V kapitole vyhodnocení je popsána analýza 16 snímků, nicméně tabulka 4.1 obsahuje pouze 8 sad hodnot bez dalšího vysvětlení. Hodnoceny jsou počet mitochondrií, celková plocha, střední plocha, kruhovost, excentricita a obvod, ale není už jasné jak byly hodnoty získány. Navíc jak student sám udává morfologie mitochondrií je různorodá, takže průměrování veličin napříč celým obrazem není nejlepší volbou. U veličiny počet buněk nesedí jednotka ve čtverečních mikrometrech (text na str. 43). Výsledné závěry jsou srovnány vůči teoretickým předpokladům, ale zcela mi v praktické části chybí jakékoli vyhodnocení úspěšnosti použitého algoritmu, což je klíčové pro věrohodnost tabulky 4.1 a závěrů z ní stanovených. Zároveň bych u diplomové práce očekával srovnání s dostupnými algoritmy a dokončenou automatickou klasifikaci detekovaných mitochondrií dle morfologie. Po formální stránce je práce na průměrné úrovni. Ač není student rodilým českým mluvčím, rozhodl se vypracovat závěrečnou práci v češtině. Práce bohužel neprošla jazykovou kontrolou, některé věty tak nedávají smysl, jsou se špatným slovosledem nebo špatnými slovními tvary. Tento fakt celkově ztěžuje orientaci čtenáře v textu. Rovnice (4.1) je nelogicky umístěna v kapitole 3 a nemá popsány jednotlivé členy. Na Obr. 4.5 je žlutá šipka, která není nikde v práci vysvětlena. Práce cituje 63 položek literatury, většinou se jedná o kvalitní odborné publikace. Práci hodnotím známkou dostatečně (E – 55 bodů) a doporučuji ji k obhajobě.
eVSKP id 150841